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- PDB-5vlm: Crystal structure of EilR in complex with crystal violet -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vlm
タイトルCrystal structure of EilR in complex with crystal violet
要素Regulatory protein TetR
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of biosynthetic process / regulation of primary metabolic process / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CRYSTAL VIOLET / EilR repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter lignolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.403 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Ruegg, T.L. / Chen, J. / Novichkov, P. / DeGiovani, A. / Tomaleri, G.P. / Singer, S. / Simmons, B. / Thelen, M. / Adams, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2018
タイトル: Jungle Express is a versatile repressor system for tight transcriptional control.
著者: Ruegg, T.L. / Pereira, J.H. / Chen, J.C. / DeGiovanni, A. / Novichkov, P. / Mutalik, V.K. / Tomaleri, G.P. / Singer, S.W. / Hillson, N.J. / Simmons, B.A. / Adams, P.D. / Thelen, M.P.
履歴
登録2017年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein TetR
B: Regulatory protein TetR
C: Regulatory protein TetR
D: Regulatory protein TetR
E: Regulatory protein TetR
F: Regulatory protein TetR
G: Regulatory protein TetR
H: Regulatory protein TetR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,65816
ポリマ-173,6788
非ポリマー2,9808
00
1
A: Regulatory protein TetR
B: Regulatory protein TetR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1654
ポリマ-43,4202
非ポリマー7452
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
2
C: Regulatory protein TetR
D: Regulatory protein TetR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1654
ポリマ-43,4202
非ポリマー7452
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17480 Å2
手法PISA
3
E: Regulatory protein TetR
F: Regulatory protein TetR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1654
ポリマ-43,4202
非ポリマー7452
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17820 Å2
手法PISA
4
G: Regulatory protein TetR
H: Regulatory protein TetR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1654
ポリマ-43,4202
非ポリマー7452
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.397, 79.229, 105.579
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Regulatory protein TetR


分子量: 21709.783 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter lignolyticus (バクテリア)
遺伝子: Entcl_2353 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3G817
#2: 化合物
ChemComp-CVI / CRYSTAL VIOLET / N,N-ジメチル-4-[ビス[4-(ジメチルアミノ)フェニル]メチレン]-2,5-シクロヘキサジエニリデンイミニウム


分子量: 372.526 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C25H30N3 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Tri-Sodium Citrate, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2014年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 20683 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 3.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2650: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.403→48.644 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 2019 10.06 %
Rwork0.2049 --
obs0.2115 20065 90.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.403→48.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12000 0 224 0 12224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212459
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49116838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6447316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4028-3.48790.35481200.281110X-RAY DIFFRACTION79
3.4879-3.58220.36941310.28211149X-RAY DIFFRACTION81
3.5822-3.68760.29911310.25971171X-RAY DIFFRACTION84
3.6876-3.80660.34641400.24721197X-RAY DIFFRACTION84
3.8066-3.94250.32641400.24831197X-RAY DIFFRACTION85
3.9425-4.10030.32051350.22971235X-RAY DIFFRACTION87
4.1003-4.28680.25751460.19761265X-RAY DIFFRACTION91
4.2868-4.51270.26921420.19321356X-RAY DIFFRACTION95
4.5127-4.79520.2131610.17841373X-RAY DIFFRACTION97
4.7952-5.1650.23271450.19441383X-RAY DIFFRACTION97
5.165-5.68410.29911580.20421400X-RAY DIFFRACTION97
5.6841-6.5050.31391540.21771393X-RAY DIFFRACTION97
6.505-8.18920.24851580.17861401X-RAY DIFFRACTION97
8.1892-48.64860.19321580.14471416X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.60230.3343-0.56096.918-6.91698.1827-0.7448-1.0776-0.20040.6610.2132-1.14090.02650.06650.34180.6140.0390.021.0089-0.07980.3451-25.30538.65527.0378
24.5366-3.69924.79715.0337-3.71055.09640.05890.1153-0.13780.2455-0.2157-0.25970.0621.37050.25830.37670.1851-0.0420.79830.12050.2605-17.167812.72072.6915
31.63510.41681.76864.881-0.246.571-0.6495-0.4695-0.27040.31680.4007-0.73980.56890.75670.03660.3865-0.0239-0.10250.4490.24890.5303-27.49536.89480.1758
41.17550.4809-0.10460.844-0.43690.24830.1697-0.43570.40690.2026-0.48380.5806-0.0118-0.5280.30351.19310.45630.56041.3519-0.30141.0548-51.238717.51743.3506
53.99640.31361.42092.4655-1.56623.09520.2387-0.24730.0094-0.0013-0.1340.2890.0981-0.1652-0.12910.344-0.04910.04450.4748-0.09370.2323-42.792414.7475-8.3394
66.91243.52640.10235.3672-1.66313.82960.0890.01760.7188-0.0971-0.36720.0690.20610.27670.23570.2918-0.0730.07910.50340.00280.2379-42.511421.916-16.5391
77.5936-0.103-3.54885.5033-3.58085.3892-0.1137-0.60531.02490.664-0.1210.48680.0879-0.0391-0.1410.37130.0140.12350.6614-0.10010.4618-51.873625.5544-13.729
83.7366-0.9072.48845.4961-2.18784.5496-0.50960.46630.4863-0.1111-0.4026-0.1233-0.37470.85370.60960.43870.0863-0.12110.9291-0.08650.531-19.953625.1067-43.9089
92.70010.99-2.79950.8512-1.39013.1882-0.10170.64620.00990.2305-0.3725-0.425-0.88011.27360.19310.5071-0.16490.0710.84450.27060.5893-13.302523.4463-38.1878
103.39021.3667-0.39357.784-1.79486.82350.52520.20540.50330.2601-0.1135-0.3218-0.3373-0.593-0.11410.3160.04090.15140.35670.21370.3964-28.768925.2171-36.5626
110.65580.0918-0.32010.4068-0.09410.1632-0.12260.32180.2311-0.6634-0.11090.5811-0.5497-0.67830.41690.8309-0.1062-0.42231.22640.25580.653-47.741223.1817-43.1088
126.5222-1.60620.37773.28560.18163.46150.45370.36940.4942-0.1826-0.4106-0.0442-0.1715-0.2931-0.07370.27960.02520.01290.5220.10120.1976-40.201223.781-30.9608
134.2131-1.1864-0.92884.44140.08353.11380.1134-0.1171-0.2663-0.2851-0.27840.19080.0579-0.97360.19830.2729-0.09040.0640.4764-0.04620.1991-46.844616.5599-24.3643
147.5436-2.99452.09032.76-3.1678.342-0.09780.3468-0.19360.5115-0.187-0.27530.21270.50610.1310.5175-0.1182-0.02540.5775-0.05650.4427.022328.226810.1055
155.59510.49961.6781.4279-1.28072.87020.2342-0.11770.63050.3554-0.10540.5109-0.1903-0.0388-0.08240.33840.08860.05050.7326-0.09550.5034-7.269237.1869-3.1254
164.63730.52371.07221.8772-0.53733.34180.07030.2671.1746-0.00920.26030.3972-0.3614-0.5202-0.34590.39040.09950.07840.35560.07860.5703-6.695843.8778-12.9436
177.90326.9727-5.86727.1282-5.14987.8331-0.57021.1453-1.086-0.9263-0.0298-0.7520.31431.18250.33310.62840.1601-0.22321.2654-0.13270.698121.953430.5755-38.3628
186.84951.0535-5.85854.2957-2.71029.11470.3974-0.2514-0.7016-0.2664-0.9038-0.28490.15520.6710.45830.37890.1317-0.16930.5408-0.1370.524926.039227.8898-31.1106
195.175-0.4145-1.17546.62261.07273.26940.61510.9778-0.4216-0.0274-0.18610.3341-0.1150.4139-0.17460.4510.0438-0.09880.3519-0.16610.285212.030735.2132-31.4328
206.2881-4.2851-0.57949.61-3.79456.39980.09620.6425-0.1454-0.3394-0.00370.4449-0.2205-0.892-0.13750.39630.1583-0.16080.5556-0.11160.4934-8.84139.1277-37.0249
211.8997-2.8874-1.46914.62082.91563.15760.34920.4497-0.8096-0.0997-0.67520.65470.2518-0.6187-0.23070.36290.052-0.25470.5738-0.24080.597-2.797128.678-31.0701
226.3128-0.3491-0.86534.4862-0.34884.65770.0864-0.0215-0.01070.0238-0.06610.2395-0.2439-0.6331-0.0280.2493-0.0622-0.00910.3283-0.04720.2576-2.794538.2549-23.429
235.19421.2533-0.58523.33260.05622.1506-0.2209-0.1229-0.06720.16820.2578-0.75670.0934-0.253-0.02860.34170.05190.02040.21750.00280.3443-42.920268.7226-12.3649
241.65240.19830.54633.6974-0.59311.9599-0.1369-0.40060.1091-0.73780.18790.12040.3292-0.0015-0.00580.3584-0.14990.04150.5181-0.07130.207-57.971960.5887-24.4817
254.2798-1.19650.19391.88071.41091.39850.11790.41540.967-2.0006-0.5185-1.41650.74560.14260.43231.11820.08230.42641.4592-0.01040.6835-36.183673.5263-59.7118
267.61732.1445-4.3487.945-4.49424.0054-0.23951.28130.52050.42370.3558-1.3541-1.9948-1.0922-0.16521.0105-0.00890.09210.9317-0.03310.756-30.241576.6002-53.1174
270.1968-0.10970.10110.29980.34651.48160.02440.03230.0030.0479-0.04480.0440.0531-0.0132-0.42661.0059-0.34360.17370.5684-0.24090.2775-44.145670.997-50.7177
288.33571.12661.34470.1520.1872.2647-0.01650.1848-0.0998-0.9658-0.04022.27980.8388-0.776-0.1871.2612-0.5598-0.13290.984-0.39651.355-59.228156.6264-55.2395
292.68580.55430.80350.40720.02492.0427-0.2113-0.0593-0.2605-0.37280.2368-0.03220.25560.0377-0.07440.8832-0.29680.04830.7012-0.13070.2846-54.238564.2848-44.1351
305.17361.01421.81690.9354-0.50721.90750.31110.2536-0.9565-0.7143-0.1315-0.18920.7911-0.5143-0.19670.7592-0.20460.0930.4557-0.12970.2624-56.465656.7249-35.2249
315.73213.42923.4093.06990.10868.078-0.6056-1.21821.04050.48020.32111.7475-0.4075-1.20420.15010.7070.24860.13890.96980.26790.9301-13.850753.914-43.3487
327.22331.4577-6.76537.7476-0.32677.7505-0.76281.1432-0.0404-0.05830.57031.7885-0.3802-0.87940.10350.6256-0.0587-0.2630.57590.25970.9126-19.649247.7868-52.3638
331.8628-1.8759-0.50443.43930.54471.48160.5304-0.21561.12390.58340.69520.5329-0.4836-0.1055-0.75721.55780.6637-0.09520.8342-0.11461.6881-21.392959.5647-48.3391
344.41813.33813.26947.96491.9289.09970.1994-1.29720.97780.6420.15510.56140.0026-1.3991-0.31280.3121-0.15270.01760.7361-0.00680.6368-5.292151.956-50.0549
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362.7159-0.24410.55042.82060.75243.40630.0831-0.33610.251-0.25090.60940.3511-0.40470.1395-0.36270.4689-0.1559-0.09820.55870.16450.6285.596147.3024-55.2161
376.7542.04751.14122.05730.12023.49460.08590.1056-0.7164-0.21470.0113-0.14990.0972-0.1639-0.16540.6526-0.3087-0.03120.6856-0.03470.18988.091539.4942-62.4416
385.58170.43314.33178.85542.97476.3780.73770.0243-0.91420.22530.1550.39990.1668-0.0805-0.59840.5367-0.2118-0.09820.4861-0.00850.360916.460735.1268-57.5326
397.7191-0.85382.55147.56186.34558.01010.17530.3467-0.6021-0.27-0.8691.93541.4085-0.28070.40521.03420.06790.12990.658-0.08070.6797-8.175136.2263-95.9397
404.8538-0.7911-0.50964.6355-1.08473.7333-0.31560.1925-0.0187-0.68620.1880.29610.2665-0.08250.17690.5417-0.17130.0340.5258-0.02090.2357-9.205437.7725-88.5575
411.96182.34452.18535.29332.41543.4717-0.0350.5095-0.869-0.91450.521-1.42630.02420.4252-0.11840.8993-0.38410.26970.5106-0.25070.749519.905338.6446-87.2605
422.8205-2.71640.54633.66061.10655.24970.1647-0.3018-0.3625-0.03280.3866-0.3148-0.14130.1222-0.5750.4071-0.083-0.07740.22220.00610.39279.544538.5153-75.2469
437.1134-2.05553.0684.0298-1.09163.618-0.3187-0.54331.495-0.47210.6472-1.0315-0.55940.3899-0.20850.4825-0.21760.04380.5003-0.29220.612917.965247.7142-68.8061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 42 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 70 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 78 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 79 through 147 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 148 through 174 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 175 through 192 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 4 through 24 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 25 through 53 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 54 through 70 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 71 through 78 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 79 through 147 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 148 through 192 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 6 through 72 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 73 through 147 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 148 through 192 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2 through 24 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 25 through 51 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 52 through 71 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 72 through 85 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 86 through 94 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 95 through 192 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 5 through 111 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 112 through 192 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 2 through 24 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 25 through 51 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 52 through 70 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 71 through 78 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 79 through 147 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 148 through 192 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 5 through 23 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 24 through 38 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 39 through 51 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 52 through 70 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 71 through 85 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 86 through 147 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 148 through 174 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 175 through 192 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 2 through 24 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 25 through 70 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 71 through 78 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 79 through 168 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 169 through 192 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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