PDB-5vld: Crystal Structure of Medicago truncatula L-Histidinol Dehydrogena...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vld

タイトル

Crystal Structure of Medicago truncatula L-Histidinol Dehydrogenase in Complex with L-Histidine and NAD+

要素

Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

キーワード

OXIDOREDUCTASE / histidine biosynthesis / Zn2+ binding protein / NAD binding protein / plant protein

機能・相同性

機能・相同性情報

histidinol dehydrogenase activity / L-histidine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / chloroplast / NAD binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Ruszkowski, M. / Dauter, Z.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structures of Medicago truncatula L-Histidinol Dehydrogenase Show Rearrangements Required for NAD(+) Binding and the Cofactor Positioned to Accept a Hydride.
著者: Ruszkowski, M. / Dauter, Z.

履歴

登録	2017年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vld.cif.gz	1001.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vld.ent.gz	840.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vld.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5vld_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vld_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	5vld_validation.xml.gz	92.7 KB	表示
CIF形式データ	5vld_validation.cif.gz	122.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vld	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vlbC 5vlcC 1kaeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vlc-1 5vlc-3 5vlb-2 5vlb-3 6dvx-d 4l5n-d 5vlb-1 5vlc-2 1nd5-2 2h6t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

B: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

C: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

D: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

E: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

F: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

ヘテロ分子

295 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

B: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, There are three dimers in the asymmetric unit: chains A+B, C+D and E+F
98.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

D: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

F: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.654, 139.095, 103.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	A	A	42 - 473	10 - 441
2	1	ALA	ALA	B	B	42 - 473	10 - 441
1	2	GLU	GLU	A	A	42 - 472	10 - 440
2	2	GLU	GLU	C	C	42 - 472	10 - 440
1	3	ALA	ALA	A	A	42 - 473	10 - 441
2	3	ALA	ALA	D	D	42 - 473	10 - 441
1	4	ALA	ALA	A	A	42 - 473	10 - 441
2	4	ALA	ALA	E	E	42 - 473	10 - 441
1	5	GLU	GLU	A	A	42 - 472	10 - 440
2	5	GLU	GLU	F	F	42 - 472	10 - 440
1	6	GLU	GLU	B	B	42 - 472	10 - 440
2	6	GLU	GLU	C	C	42 - 472	10 - 440
1	7	ALA	ALA	B	B	42 - 473	10 - 441
2	7	ALA	ALA	D	D	42 - 473	10 - 441
1	8	ALA	ALA	B	B	42 - 473	10 - 441
2	8	ALA	ALA	E	E	42 - 473	10 - 441
1	9	ALA	ALA	B	B	42 - 473	10 - 441
2	9	ALA	ALA	F	F	42 - 473	10 - 441
1	10	ILE	ILE	C	C	42 - 471	10 - 439
2	10	ILE	ILE	D	D	42 - 471	10 - 439
1	11	ILE	ILE	C	C	42 - 471	10 - 439
2	11	ILE	ILE	E	E	42 - 471	10 - 439
1	12	ILE	ILE	C	C	42 - 471	10 - 439
2	12	ILE	ILE	F	F	42 - 471	10 - 439
1	13	GLU	GLU	D	D	42 - 472	10 - 440
2	13	GLU	GLU	E	E	42 - 472	10 - 440
1	14	ALA	ALA	D	D	42 - 473	10 - 441
2	14	ALA	ALA	F	F	42 - 473	10 - 441
1	15	GLU	GLU	E	E	42 - 472	10 - 440
2	15	GLU	GLU	F	F	42 - 472	10 - 440

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Histidinol dehydrogenase, chloroplastic / HDH 分子量: 48193.730 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: MTR_2g030520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: G7IKX3, histidinol dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 244分子

#2: 化合物	ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-N^α,3-ジカチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 100 mM MES pH 5.2, 200 mM NaCl, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月7日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→48.89 Å / Num. obs: 76791 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.85 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.59→2.75 Å / 冗長度: 2.68 % / R_merge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 11619 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1kae

1kae

解像度: 2.59→48.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.84 / SU B: 33.318 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.36 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26437	1152	1.5 %	RANDOM
R_work	0.22147	-	-	-
obs	0.22211	75639	96.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.791 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.78 Å²	-0 Å²	-0.36 Å²
2-	-	-0.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.59→48.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19659	0	350	224	20233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	20470
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	19507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.74	1.974	27818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.666	3	45061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.785	5	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.986	25.148	812
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.302	15	3366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.426	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0	0.021	22906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	4308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.423	2.563	10372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.423	2.563	10371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.474	3.838	12941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.474	3.838	12942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.295	2.716	10098
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.295	2.716	10098
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.273	4.019	14877
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.245	19.986	22248
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.245	19.986	22248
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	50860	0.09
1	2	B	50860	0.09
2	1	A	51368	0.08
2	2	C	51368	0.08
3	1	A	51502	0.07
3	2	D	51502	0.07
4	1	A	51942	0.07
4	2	E	51942	0.07
5	1	A	52006	0.07
5	2	F	52006	0.07
6	1	B	50838	0.09
6	2	C	50838	0.09
7	1	B	50904	0.09
7	2	D	50904	0.09
8	1	B	51222	0.08
8	2	E	51222	0.08
9	1	B	51242	0.09
9	2	F	51242	0.09
10	1	C	51506	0.08
10	2	D	51506	0.08
11	1	C	51828	0.07
11	2	E	51828	0.07
12	1	C	51770	0.07
12	2	F	51770	0.07
13	1	D	51560	0.08
13	2	E	51560	0.08
14	1	D	51896	0.07
14	2	F	51896	0.07
15	1	E	52150	0.07
15	2	F	52150	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.59→2.657 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	71	-
R_work	0.316	4702	-
obs	-	-	82.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9049	-0.4858	-0.0997	0.8476	0.1481	0.0732	0.1866	-0.1683	0.163	-0.2522	-0.1531	0.0203	-0.0065	-0.0265	-0.0335	0.1111	0.0297	-0.0052	0.1731	-0.0456	0.2899	-8.723	79.785	-12.892
2	0.8473	-0.4491	-0.0585	0.8642	0.1005	0.0297	0.0969	-0.1064	-0.0482	-0.2159	-0.1066	0.1182	-0.0141	0.0321	0.0097	0.1085	0.0349	-0.0121	0.1725	0	0.2349	1.724	61.223	-16.285
3	0.2224	-0.274	-0.1489	0.8696	-0.4645	5.321	0.3687	-0.2909	0.0557	-0.2674	0.798	0.1185	-0.8656	0.8165	-1.1666	0.5169	-0.4505	0.2302	0.9188	-0.1741	0.2878	40.543	82.876	7.193
4	0.1226	0.0698	-0.6016	1.1779	-0.1037	3.213	-0.0683	-0.0771	0.1091	0.0349	0.7001	-0.1229	0.5464	0.5812	-0.6318	0.1368	0.1335	-0.1323	0.5288	-0.2031	0.1881	41.001	63.707	16.341
5	1.4002	-0.0081	0.1266	0.5228	0.2053	0.1426	-0.3091	0.0378	-0.0193	0.0939	0.2182	0.0776	-0.0601	0.0908	0.0909	0.2015	-0.016	-0.0345	0.1998	0.0143	0.1644	0.015	81.14	39.904
6	1.302	0.0347	0.3728	0.666	0.2635	0.3407	-0.2232	0.1706	-0.4621	0.1084	0.1906	0.0732	-0.0329	0.0546	0.0326	0.0844	-0.0421	0.0563	0.2012	-0.0394	0.3285	-7.254	61.681	34.49

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 473
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	42 - 473
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	42 - 472
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	42 - 474
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	42 - 473
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	42 - 476

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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