PDB-5vl4: Accidental minimum contact crystal lattice formed by a redesigned...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vl4

タイトル

Accidental minimum contact crystal lattice formed by a redesigned protein oligomer

要素

T33-53H-B

キーワード

DE NOVO PROTEIN / BIONANOTECHNOLOGY / SYMMETRY / BIOMATERIALS / COMPUTATIONAL DESIGN / ROSETTA / SELF-ASSEMBLY / NANOMATERIAL / SOLUBILITY

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.1 Å

データ登録者

Cannon, K.A. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Park, R. / Boyken, S. / King, N. / Yeates, T.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Design and structure of two new protein cages illustrate successes and ongoing challenges in protein engineering.
著者: Cannon, K.A. / Park, R.U. / Boyken, S.E. / Nattermann, U. / Yi, S. / Baker, D. / King, N.P. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2017年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vl4.cif.gz	74.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vl4.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vl4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vl4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vl4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cy5C 1nogS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4b8c-d 5175 3278 6txc-d 5178 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: T33-53H-B

21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: T33-53H-B

x 24

登録者が定義した集合体
505 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_455	-x-1/2,-y,z+1/2	1
crystal symmetry operation	3_554	-x,y+1/2,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	4_545	x+1/2,-y-1/2,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_545	z+1/2,-x-1/2,-y	1
crystal symmetry operation	7_455	-z-1/2,-x,y+1/2	1
crystal symmetry operation	8_554	-z,x+1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_554	-y,z+1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	11_545	y+1/2,-z-1/2,-x	1
crystal symmetry operation	12_455	-y-1/2,-z,x+1/2	1
crystal symmetry operation	13_455	x-1/2,y+1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	14_545	-x,-y-1/2,z	1
crystal symmetry operation	15_455	-x-1/2,y,-z	1
crystal symmetry operation	16_554	x,-y,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	17_455	z-1/2,x+1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	18_554	z,-x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	19_545	-z,-x-1/2,y	1
crystal symmetry operation	20_455	-z-1/2,x,-y	1
crystal symmetry operation	21_455	y-1/2,z+1/2,x+1/2	1
crystal symmetry operation	22_455	-y-1/2,z,-x	1
crystal symmetry operation	23_554	y,-z,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	24_545	-y,-z-1/2,x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.380, 138.380, 138.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

#1: タンパク質	T33-53H-B 分子量: 21029.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Na citrate pH 5.6, 2.5M 1,6-hexanediol, 0.01M manganese chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 4.1→97.85 Å / Num. obs: 3554 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.992 % / B_iso Wilson estimate: 135.49 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_rim(I) all: 0.162 / Χ²: 0.742 / Net I/σ(I): 6.57 / Num. measured all: 21295 / Scaling rejects: 47

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
4.1-4.2	4.983	0.776	2.31	240	0.742	0.865	94.9
4.2-4.32	6.144	0.648	3.06	257	0.864	0.708	99.6
4.32-4.45	6.125	0.532	3.64	255	0.901	0.582	99.6
4.45-4.58	6.126	0.467	4.26	239	0.885	0.512	99.6
4.58-4.73	6.075	0.448	4.25	213	0.89	0.491	98.6
4.73-4.9	5.948	0.404	4.74	233	0.897	0.443	99.6
4.9-5.08	6.06	0.372	4.86	215	0.933	0.408	98.2
5.08-5.29	5.81	0.347	5.14	210	0.923	0.382	98.1
5.29-5.53	5.191	0.334	4.66	199	0.944	0.371	99.5
5.53-5.8	6.151	0.395	4.61	192	0.91	0.433	99.5
5.8-6.11	6.271	0.363	5.05	192	0.944	0.396	99.5
6.11-6.48	6.265	0.246	6.93	170	0.953	0.269	100
6.48-6.93	6.208	0.15	8.92	168	0.989	0.163	99.4
6.93-7.48	6.358	0.117	11.25	151	0.99	0.127	100
7.48-8.2	5.49	0.109	11.89	151	0.99	0.12	98.7
8.2-9.16	6.744	0.096	14.48	129	0.992	0.104	100
9.16-10.58	6.577	0.097	14.73	111	0.992	0.105	99.1
10.58-12.96	6.277	0.074	15.47	101	0.994	0.081	99
12.96-18.33	5.608	0.079	14.52	79	0.991	0.088	97.5
18.33-97.85	6.102	0.064	15.68	49	1	0.078	94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NOG

1nog

解像度: 4.1→97.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.837 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.612

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	355	10 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.215	3551	99 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 300 Å² / B_iso mean: 267.24 Å² / B_iso min: 209.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.54 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 4.1→97.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1179	0	0	0	1179
残基数	-	-	-	-	149

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	437	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	29	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	172	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1195	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	159	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1536	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1195	HARMONIC	2	0.011
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1614	HARMONIC	2	1.24
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.46
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				23.24

LS精密化シェル

解像度: 4.1→4.58 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3242	99	10 %
R_work	0.2792	891	-
all	0.2839	990	-
obs	-	-	98.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -32.2601 Å / Origin y: -18.1027 Å / Origin z: -12.0729 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1781 Å²	-0.0459 Å²	0.0892 Å²	-	0.084 Å²	0.1678 Å²	-	-	0.2918 Å²
L	1.728 °²	1.3039 °²	-3.8645 °²	-	3.9771 °²	-1.0559 °²	-	-	4.2493 °²
S	0.0033 Å °	0.0099 Å °	0.0201 Å °	-0.0143 Å °	0.058 Å °	0.101 Å °	-0.1104 Å °	0.0272 Å °	-0.0613 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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