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- PDB-5vkt: Cinnamyl alcohol dehydrogenases (SbCAD4) from Sorghum bicolor (L.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vkt
タイトルCinnamyl alcohol dehydrogenases (SbCAD4) from Sorghum bicolor (L.) Moench
要素Cinnamyl alcohol dehydrogenases (SbCAD4)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cinnamyl alcohol dehydrogenases / CAD / sinapyl alchohl dehydrogenase / SAD / Sorghum / Dehydrogenase / NADP+ / NADPH / p-coumaraldehyde / coniferaldehyde / sinapaldehyde
機能・相同性
機能・相同性情報


cinnamyl-alcohol dehydrogenase / cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity / lignin biosynthetic process / nucleotide binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal ...: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / D-MALATE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / cinnamyl-alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sorghum bicolor (タカキビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.827 Å
データ登録者Walker, A.M. / Jun, S.Y. / Kang, C.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2017
タイトル: The Enzyme Activity and Substrate Specificity of Two Major Cinnamyl Alcohol Dehydrogenases in Sorghum (Sorghum bicolor), SbCAD2 and SbCAD4.
著者: Jun, S.Y. / Walker, A.M. / Kim, H. / Ralph, J. / Vermerris, W. / Sattler, S.E. / Kang, C.
履歴
登録2017年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cinnamyl alcohol dehydrogenases (SbCAD4)
B: Cinnamyl alcohol dehydrogenases (SbCAD4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,19311
ポリマ－75,8562
非ポリマー1,3369
水15,925884
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cinnamyl alcohol dehydrogenases (SbCAD4)
ヘテロ分子

B: Cinnamyl alcohol dehydrogenases (SbCAD4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,19311
ポリマ－75,8562
非ポリマー1,3369
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area4900 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area26400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.597, 74.280, 97.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cinnamyl alcohol dehydrogenases (SbCAD4)


分子量: 37928.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: SORBI_002G195400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: C5XC49, cinnamyl-alcohol dehydrogenase

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非ポリマー , 7種, 893分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#6: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 884 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.23 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2% v/v Tacsimate pH 7.0, 5% v/v 2-Propanol, 0.1 M Imidazole pH 7.0, 8% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.827→45.683 Å / Num. obs: 67962 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 9.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化解像度: 1.827→45.683 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1866 2000 2.94 %
Rwork0.1632 --
obs0.1639 67935 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.827→45.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5178 0 74 884 6136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5687381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8373159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046850
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8271-1.87280.32321080.27623547X-RAY DIFFRACTION74
1.8728-1.92340.27291330.25274412X-RAY DIFFRACTION92
1.9234-1.980.26741440.21844730X-RAY DIFFRACTION98
1.98-2.0440.22731450.19514779X-RAY DIFFRACTION100
2.044-2.1170.20581470.18094832X-RAY DIFFRACTION100
2.117-2.20180.19131450.16834812X-RAY DIFFRACTION100
2.2018-2.3020.19351470.16544816X-RAY DIFFRACTION100
2.302-2.42330.1921460.1594836X-RAY DIFFRACTION100
2.4233-2.57510.19291460.1614838X-RAY DIFFRACTION100
2.5751-2.77390.20861470.15784830X-RAY DIFFRACTION100
2.7739-3.0530.16551470.15514818X-RAY DIFFRACTION100
3.053-3.49470.18081470.15224863X-RAY DIFFRACTION100
3.4947-4.40240.14221480.13314863X-RAY DIFFRACTION100
4.4024-45.69710.15731500.14754959X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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