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- PDB-5vk4: Crystal structure of a phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vk4
タイトルCrystal structure of a phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase from Neisseria gonorrhoeae bound to AMPPNP and magnesium
要素Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
キーワードLIGASE / structural genomics / ATP-dependent / non-hydrolyzable substrate analog / purM / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain ...Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase from Neisseria gonorrhoeae bound to AMPPNP and magnesium
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
B: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0296
ポリマ－75,9682
非ポリマー1,0614
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.250, 79.610, 150.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 15 through 28 or (resid 29...
21(chain B and (resid 15 through 38 or resid 45...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPALAALA(chain A and (resid 15 through 28 or (resid 29...AA15 - 2823 - 36
12LYSLYSARGARG(chain A and (resid 15 through 28 or (resid 29...AA29 - 3037 - 38
13ASPASPANPANP(chain A and (resid 15 through 28 or (resid 29...AA - C15 - 40123
14ASPASPANPANP(chain A and (resid 15 through 28 or (resid 29...AA - C15 - 40123
15ASPASPANPANP(chain A and (resid 15 through 28 or (resid 29...AA - C15 - 40123
16ASPASPANPANP(chain A and (resid 15 through 28 or (resid 29...AA - C15 - 40123
21ASPASPGLYGLY(chain B and (resid 15 through 38 or resid 45...BB15 - 3823 - 46
22ALAALAGLYGLY(chain B and (resid 15 through 38 or resid 45...BB45 - 5053 - 58
23LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 15 through 38 or resid 45...BB51 - 5259 - 60
24ASPASPANPANP(chain B and (resid 15 through 38 or resid 45...BB - E15 - 40123
25ASPASPANPANP(chain B and (resid 15 through 38 or resid 45...BB - E15 - 40123
26ASPASPANPANP(chain B and (resid 15 through 38 or resid 45...BB - E15 - 40123
27ASPASPANPANP(chain B and (resid 15 through 38 or resid 45...BB - E15 - 40123

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / AIR synthase / AIRS / Phosphoribosyl-aminoimidazole synthetase


分子量: 37984.227 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-344 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
遺伝子: purM, WHOG_01214C, WHOG_02062, WHON_01216C, WHON_01605, WHOO_01146C, WHOO_02090
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1D3FYK6, UniProt: Q5F973*PLUS, phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: NegoA.00263.a.B1.PW37900 at 18.3 mg/mL with 3 mM MgCl2 and 3 mM AMPPNP against MCSG1 screen condition B4 which contains 0.2 M MgCl2, 0.1 M BisTris pH 6.5, and 25% PEG 3350, supplemented with ...詳細: NegoA.00263.a.B1.PW37900 at 18.3 mg/mL with 3 mM MgCl2 and 3 mM AMPPNP against MCSG1 screen condition B4 which contains 0.2 M MgCl2, 0.1 M BisTris pH 6.5, and 25% PEG 3350, supplemented with 15% EG as cryo protectant,crystal tracking ID 273610b4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→44.831 Å / Num. obs: 19414 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.003 % / Biso Wilson estimate: 47.64 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 15.35
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.65-2.725.110.6292.6714210.8060.70499.9
2.72-2.795.1480.4843.5113500.8480.54499.8
2.79-2.875.120.4094.0713720.8630.45999.9
2.87-2.965.1170.3424.9613040.9020.38499.5
2.96-3.065.1140.2616.4112600.9340.29499.6
3.06-3.175.0770.2027.8912260.9670.22799.7
3.17-3.295.1120.14510.8411730.9840.16399.4
3.29-3.425.040.11713.2111530.9860.13299.1
3.42-3.575.0320.09915.4110910.9890.11299.2
3.57-3.755.0350.07918.4110440.9940.08999.1
3.75-3.954.990.06620.7810150.9950.07499.3
3.95-4.194.8830.05524.429540.9960.06298.7
4.19-4.484.9570.04828.28750.9960.05598.3
4.48-4.844.9180.04628.438340.9970.05298.2
4.84-5.34.9060.042297800.9980.04799
5.3-5.934.9150.04727.676970.9960.05297.9
5.93-6.844.7640.04327.846390.9980.04999.5
6.84-8.384.7430.03432.75410.9990.03899.6
8.38-11.854.5370.02937.724360.9990.03299.5
11.85-44.83140.02636.082490.9980.02993.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev_2744精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CLI

1cli


解像度: 2.65→44.831 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 978 5.04 %
Rwork0.1846 --
obs0.1876 19411 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 134.55 Å2 / Biso mean: 53.0209 Å2 / Biso min: 17.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→44.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4727 0 64 51 4842
Biso mean--73.63 41.67 -
残基数----654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7586654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6582833
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2776X-RAY DIFFRACTION8.029TORSIONAL
12B2776X-RAY DIFFRACTION8.029TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.65-2.78970.32551360.261925812717100
2.7897-2.96450.32891480.246426002748100
2.9645-3.19330.30091230.233726362759100
3.1933-3.51450.29091340.21292576271099
3.5145-4.02280.2281520.17232621277399
4.0228-5.06720.19241330.14242645277898
5.0672-44.8370.21721520.16352774292699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.9034-1.3013-1.89257.54011.67186.9736-0.3230.7118-0.8298-0.29460.36950.42380.43150.1066-0.03590.2879-0.029-0.06080.2589-0.05170.4703-3.9763-18.3897-9.572
24.9159-0.02222.30865.28730.40883.92150.05210.01240.2529-0.1252-0.10781.1245-0.0667-0.41630.05370.2823-0.0017-0.01150.23250.05260.4465-14.79940.8648-6.0888
33.4264-2.32570.60514.8553-0.25082.1824-0.12270.0765-0.20140.050.09660.00280.1130.06270.01240.2403-0.0160.02080.1660.00260.29030.9373-7.8172-0.7523
41.1241-0.15070.21062.42030.05711.3167-0.2511-0.38490.16390.66320.3602-0.2715-0.0252-0.0853-0.10760.52360.17020.04240.3091-0.00230.3381-6.4216.460215.791
55.9596-0.56531.5598.0933-3.72119.0324-0.1937-0.7863-0.53851.29440.1756-0.592-0.22860.32980.0430.57940.1761-0.05890.54040.02330.474612.7537-13.089919.1556
62.5769-1.02140.00473.56270.67162.5453-0.3425-0.51740.02090.78990.3595-0.0416-0.12750.1083-0.02510.53020.14580.05910.3490.06070.2769-3.34444.022419.5905
73.51530.23211.53842.42551.21061.35-0.1157-0.59171.27230.5903-0.0923-0.2982-0.448-0.13390.26170.5864-0.0102-0.10380.3160.02660.58043.671716.1736-4.3119
88.22680.8633-0.65744.88262.22885.6330.04770.20220.71440.193-0.2990.5989-0.3061-0.63780.32390.3630.01030.07380.26030.07360.2899-11.14396.8016-9.6393
92.6486-0.5523-0.10982.1927-0.14212.7987-0.22090.93940.1282-0.2131-0.128-0.2681-0.27260.74910.24270.2716-0.08880.00950.42430.05030.3178.44863.4967-14.4765
105.81-0.28120.62632.7849-0.85363.52940.17550.3439-0.1013-0.0331-0.261-0.2276-0.29990.43510.08760.3219-0.0313-0.03460.16840.02350.32586.33965.6248-9.6285
112.3960.20920.14111.2097-0.15932.8149-0.02041.255-0.2846-0.40690.08090.42910.39480.2738-0.04670.5991-0.02-0.14530.775-0.10140.4449-3.5542-1.8358-31.2299
122.68991.1827-1.61811.66150.61522.5263-0.05420.9984-0.3327-0.886-0.2536-0.79040.08470.6440.29720.55090.13730.17471.0540.13930.684223.7536-0.3826-28.4621
131.9387-0.2673-0.59661.88520.28292.9501-0.0991.3068-0.4213-0.5065-0.0890.14490.32210.26960.18480.55510.01230.01260.8713-0.10050.36322.913-1.2101-31.6293
144.7201-0.22310.92641.5236-1.22142.70370.24721.5563-0.265-0.4716-0.24030.16740.10870.4792-0.0340.5587-0.0325-0.0261.1204-0.08410.34450.7908-1.4678-35.6371
153.45511.40430.04713.6276-1.092.51460.12451.6682-0.7705-0.39490.0025-0.15241.00280.3862-0.03650.9479-0.0436-0.07461.0031-0.29480.5436-3.3124-6.8075-38.2609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 31 )A15 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 64 )A32 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 166 )A65 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 167 through 191 )A167 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 192 through 215 )A192 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 216 through 344 )A216 - 344
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 15 through 41 )B15 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 42 through 64 )B42 - 64
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 65 through 113 )B65 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 114 through 166 )B114 - 166
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 167 through 191 )B167 - 191
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 192 through 215 )B192 - 215
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 216 through 285 )B216 - 285
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 286 through 320 )B286 - 320
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 321 through 344 )B321 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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