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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vjy
タイトルCrystal Structure of dUTP pyrophosphatase protein, from Naegleria fowleri
要素dUTP pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / dUTP pyrophosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of dUTP pyrophosphatase protein, from Naegleria fowleri
著者: Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dUTP pyrophosphatase
B: dUTP pyrophosphatase
C: dUTP pyrophosphatase
D: dUTP pyrophosphatase
E: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,32411
ポリマ－84,2165
非ポリマー1,1086
水8,755486
1
A: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子

A: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子

A: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3439
ポリマ－50,5293
非ポリマー8146
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area10970 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15770 Å2
手法PISA
2
B: dUTP pyrophosphatase
C: dUTP pyrophosphatase
D: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1576
ポリマ－50,5293
非ポリマー6283
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11150 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
3
E: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子

E: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子

E: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1576
ポリマ－50,5293
非ポリマー6283
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-y-1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_345-x+y-2,-x-1,z1
Buried area11100 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area15000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.640, 118.640, 98.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-325-

HOH

21A-396-

HOH

31A-404-

HOH

41A-409-

HOH

51E-325-

HOH

61E-333-

HOH

71E-367-

HOH

81E-369-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
dUTP pyrophosphatase / NafoA.01242.a.B1


分子量: 16843.117 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
株: ATCC 30863 / プラスミド: NafoA.01242.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1Z0YU86*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MCSG1 C12: 0.1 M Bis-Tris: HCl, pH 6.5 25 % (w/v) PEG 3350 cryo:15% Ethylene Glycol. PW37974 22.5mg/mL, 0.4+0.4 puck xbp1-2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月15日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.248 Å / Num. obs: 53461 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.912 % / Biso Wilson estimate: 30.44 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 26.77
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.058.9190.5334.1239600.9160.565100
2.05-2.118.9350.4295.1538330.9470.455100
2.11-2.178.9340.3446.4837200.9640.365100
2.17-2.248.9440.2758.0436600.9770.292100
2.24-2.318.9470.2349.5535090.9810.248100
2.31-2.398.9520.18811.833660.9880.199100
2.39-2.488.960.15514.0833180.9910.165100
2.48-2.588.9650.12916.6931540.9940.137100
2.58-2.78.9690.11219.130350.9960.118100
2.7-2.838.9540.08424.6729090.9970.09100
2.83-2.988.9630.06431.0827360.9980.068100
2.98-3.168.930.05337.1126280.9990.056100
3.16-3.388.920.04147.0124560.9990.044100
3.38-3.658.9250.03454.4622910.9990.036100
3.65-48.950.02863.12210910.03100
4-4.478.8910.02469.22191010.026100
4.47-5.168.8690.02372.35170810.025100
5.16-6.328.7860.02570.79141410.026100
6.32-8.948.5890.02372.14112410.025100
8.94-34.2487.5280.02174.9762110.02398.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2733精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MoRDa位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4oop

4oop


解像度: 2→34.248 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1765 2050 3.84 %
Rwork0.1423 --
obs0.1436 53440 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.31 Å2 / Biso mean: 39.7166 Å2 / Biso min: 13.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→34.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4996 0 74 498 5568
Biso mean--47.79 42.35 -
残基数----658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8797231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064817
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005947
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9693218
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.04650.21951390.182133983537
2.0465-2.09770.20051290.171634453574
2.0977-2.15440.22491290.168334063535
2.1544-2.21780.22531390.155633963535
2.2178-2.28930.1931400.15934083548
2.2893-2.37110.19431390.150334383577
2.3711-2.4660.19191250.146434153540
2.466-2.57820.18571540.148134113565
2.5782-2.71410.21411270.161234383565
2.7141-2.88410.19231260.150634273553
2.8841-3.10660.1941470.159234063553
3.1066-3.4190.14971600.143834013561
3.419-3.91310.17231420.134334403582
3.9131-4.92780.14651320.111234573589
4.9278-34.25340.1591220.13835043626
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85631.1252-2.09171.66850.71098.03540.1058-0.7295-0.37750.6430.02620.0640.0889-0.4439-0.12420.58740.0326-0.02440.42630.15110.2678-58.249818.283920.2404
22.49060.29850.74673.04392.82316.34060.0332-0.0859-0.43940.4323-0.00710.23261.20330.0346-0.0170.50630.0093-0.01850.18160.08730.2872-55.67558.7136.4097
35.68222.45090.57367.17742.71875.593-0.052-0.39250.20431.08020.0885-1.64140.23110.3667-0.06720.36270.0913-0.16270.33090.07120.4383-46.390122.224410.7769
41.7979-0.34210.67812.36230.37383.28320.01970.0902-0.17740.02370.0165-0.01620.26350.0616-0.01250.1535-0.00240.00980.13610.00160.1201-56.41619.3606-2.0641
52.92680.5422-1.58192.0577-0.95634.7029-0.0901-0.0608-0.08390.04940.0362-0.19230.02250.13520.02950.13680.0016-0.00150.1117-0.00740.1004-52.662829.0826-1.7673
61.5222-0.29720.01133.5833-1.26516.23570.0509-0.076-0.1337-0.1024-0.03290.07860.07060.119-0.0230.1127-0.0114-0.01220.1275-0.0150.1196-59.758423.3426-2.9864
78.5244-3.94020.54437.52750.89444.5876-0.1780.1323-0.6199-0.45350.1089-0.40820.3680.02480.12160.20090.02150.03720.1604-0.04540.1994-48.723216.641-8.539
84.7583-1.909-4.55666.04975.53428.90960.0008-0.2866-0.25890.13350.0231-0.2058-0.28980.3194-0.10770.20790.0261-0.02870.21260.02190.0664-54.288426.09876.7497
92.71510.05130.92741.2199-1.35265.0245-0.2219-0.90210.72050.43570.39550.3631-0.6502-0.8276-0.16710.38260.04680.10130.4609-0.04430.3194-77.450540.715215.1548
109.66444.2053-0.75342.934-3.54159.44670.1768-0.4427-0.78270.2826-0.5087-0.29680.70340.37280.24860.34220.0185-0.02980.2357-0.01030.3111-58.04260.4843-10.0004
111.85781.4556-1.39546.0651-5.81685.5914-0.11470.0979-0.22250.1857-0.2261-0.8626-0.21430.99760.44960.265-0.03070.06760.3903-0.08430.4346-49.35259.3995-21.4608
123.25730.3591-1.37392.8176-1.30015.24550.02360.14240.3183-0.120.0648-0.1239-0.06190.0918-0.08610.2077-0.0380.02450.2367-0.06350.2862-61.78815.9176-22.8928
133.61080.5409-1.08912.2609-1.50383.9237-0.14810.2579-0.0613-0.59640.0342-0.46250.42310.21870.14440.29080.01250.06650.2258-0.11040.23-59.14876.6329-25.9475
142.78920.50490.37452.7877-0.82382.3176-0.00490.2640.0356-0.08290.07710.02530.21110.0249-0.07150.2348-0.02320.02350.2053-0.08810.2141-66.50549.189-25.2126
153.0180.8844-0.08343.2647-0.99943.6943-0.01920.34370.3935-0.29960.0609-0.0788-0.1490.2641-0.02890.2539-0.01470.04460.2293-0.03640.2722-65.372715.5628-28.4761
164.93941.82592.19796.71243.89955.68330.08260.0531-0.92270.5126-0.12750.50621.0212-0.6411-0.08110.6675-0.1470.10380.33-0.07190.5712-80.3459-16.066-21.4437
174.1288-3.26712.95779.2721-4.92018.6622-0.2896-0.60710.49910.82170.08470.6356-0.098-0.30.18190.3315-0.06010.15610.351-0.16560.5168-86.945615.7342-6.846
180.0871-0.574-0.45887.70073.67652.6297-0.4806-0.0152-0.92440.856-0.16911.04551.0834-0.53380.49760.5141-0.12340.25010.3766-0.16890.9042-91.2134.7176-13.9075
193.3313-0.73130.66692.4485-0.69951.7090.04620.2540.2258-0.1625-0.09320.53770.0627-0.09670.04190.2408-0.0286-0.02970.2565-0.08070.3952-84.293714.5361-23.2633
206.80563.48061.30116.0907-0.70842.997-0.1877-0.6035-0.44930.06180.0969-0.89960.35150.57070.08370.30080.04-0.02870.2506-0.04420.2899-54.67464.1682-13.6018
215.6636-1.30761.23682.0828-1.91782.0392-0.2209-0.2098-0.94820.57290.05660.49320.8908-0.740.12880.6241-0.13360.09820.3593-0.03210.561-79.4455-14.5642-15.5338
224.1737-0.44640.74294.4346-1.60597.408-0.02780.6716-1.0047-0.4619-0.52550.48251.2426-0.81450.28390.5056-0.12570.00010.4928-0.24140.5871-83.4277-16.9345-31.694
234.26164.9935.75766.51436.32948.43090.36210.3175-1.27250.41830.3704-0.45080.50830.1299-0.76330.39390.0289-0.02220.3325-0.12720.428-68.6669-12.1645-25.5602
241.0869-0.26240.5093.2145-0.32052.6301-0.1250.5676-0.3595-0.46250.07880.52440.4172-0.32730.07150.4398-0.136-0.03170.4939-0.19340.4517-80.238-5.4744-34.3538
253.03781.5573-1.7053.8654-2.44813.6093-0.13140.5213-0.1629-0.38880.20480.04250.2486-0.05340.00040.3699-0.0652-0.01220.3189-0.13140.2641-72.37121.4366-31.9109
263.73392.65442.83647.95211.97682.1587-0.07680.1235-0.27530.0841-0.20510.92130.3215-0.61060.24610.2799-0.08630.02510.3603-0.15330.5867-86.2204-4.8563-25.0484
277.33112.36161.94297.6881-1.18244.6177-0.54341.34750.3661-1.19020.0650.1730.0324-0.04750.48750.5438-0.0194-0.06550.5447-0.06230.3224-76.62525.5031-41.456
281.3165-0.32890.25081.58-0.3851.0744-0.43930.6029-0.4851-0.6009-0.12720.11730.178-0.26840.26270.583-0.15520.04130.4198-0.20680.3823-74.5597-5.1604-33.6238
295.1553-1.9695-1.17231.51181.99234.4547-0.2545-0.81630.6360.97450.22770.7976-0.1247-0.25950.08220.5138-0.04720.18180.4354-0.13530.5761-85.910912.6064-5.592
309.37893.01170.23911.9732-0.11942.0308-0.24560.87190.8857-1.6789-0.4564-0.7135-0.54580.21050.73170.7633-0.075-0.00490.45570.14230.5838-111.379213.7125-38.2368
315.5453-1.29522.65229.40083.7323.7139-0.61320.19271.1615-0.64930.5227-0.1836-1.01260.56030.08470.3302-0.07450.0360.30320.07390.7373-105.870622.4069-24.9564
322.96692.2377-1.06164.3898-1.82596.1358-0.0621-0.14560.26740.1463-0.0488-0.3534-0.32950.33260.10550.21510.0153-0.04650.2383-0.01110.5065-108.065211.0106-19.5896
333.9353-1.0073.26544.2256-3.70987.4344-0.0439-0.26280.02950.22710.029-0.2653-0.0697-0.28580.08290.1961-0.0215-0.02280.2344-0.00110.4005-111.15562.5217-17.3809
346.10942.5456-0.50485.1281-2.77958.4733-0.01450.31821.2381-0.21360.09821.0679-0.4531-0.5106-0.10050.23850.0509-0.00440.27380.03210.6444-118.230415.3292-24.8345
357.05174.4092-3.77356.0791-0.63482.95790.6627-1.04940.08980.9252-0.6197-0.3161-0.45520.5876-0.04310.3645-0.0975-0.10.4046-0.00410.397-107.49048.5313-8.6543
369.28782.21756.55055.81642.40064.8466-0.26990.58090.17040.07030.2062-0.4329-0.22040.85450.07130.2312-0.0512-0.00950.29510.02950.3402-110.99185.8394-25.3029
378.03980.1983-1.44924.371.66635.47860.31790.75570.0233-0.2004-0.27431.11220.2929-0.905-0.05560.4065-0.0103-0.20650.46750.00670.5965-138.06250.2639-33.7562
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 7 )A0 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 8 through 16 )A8 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 17 through 26 )A17 - 26
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 27 through 58 )A27 - 58
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 59 through 78 )A59 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 79 through 101 )A79 - 101
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 102 through 108 )A102 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 109 through 117 )A109 - 117
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 118 through 130 )A118 - 130
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 0 through 7 )B0 - 7
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 8 through 16 )B8 - 16
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 17 through 42 )B17 - 42
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 43 through 58 )B43 - 58
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 59 through 90 )B59 - 90
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 91 through 117 )B91 - 117
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 118 through 131 )B118 - 131
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 0 through 16 )C0 - 16
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 17 through 26 )C17 - 26
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 27 through 117 )C27 - 117
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 118 through 131 )C118 - 131
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 0 through 7 )D0 - 7
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 8 through 16 )D8 - 16
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 17 through 26 )D17 - 26
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 27 through 58 )D27 - 58
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 59 through 78 )D59 - 78
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 79 through 90 )D79 - 90
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 91 through 101 )D91 - 101
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 102 through 117 )D102 - 117
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 118 through 130 )D118 - 130
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 0 through 7 )E0 - 7
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 8 through 16 )E8 - 16
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 17 through 58 )E17 - 58
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 59 through 78 )E59 - 78
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 79 through 90 )E79 - 90
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 91 through 108 )E91 - 108
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 109 through 117 )E109 - 117
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 118 through 131 )E118 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る