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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vj1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Pseudomonas malonate decarboxylase hetero-tetramer in complex with coenzyme A | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / acetyl-CoA carboxylase / coa transferase / acp transferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / carboxy-lyase activity / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / transferase activity / carbohydrate metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.995 Å | ||||||
データ登録者 | Maderbocus, R. / Tong, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Crystal structure of a Pseudomonas malonate decarboxylase holoenzyme hetero-tetramer. 著者: Maderbocus, R. / Fields, B.L. / Hamilton, K. / Luo, S. / Tran, T.H. / Dietrich, L.E.P. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vj1.cif.gz | 455.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vj1.ent.gz | 367.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vj1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vj1_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vj1_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5vj1_validation.xml.gz | 80.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vj1_validation.cif.gz | 110.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vj1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AICKDLEM
#1: タンパク質 | 分子量: 61501.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: mdcA, PA0208 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6T0 #2: タンパク質 | 分子量: 10692.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: mdcC, PFL_5818 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K4F7 #3: タンパク質 | 分子量: 30371.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: madC, mdcD, AO964_31600, AOY09_06294, BH593_13640, PAERUG_E15_London_28_01_14_07061, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_04127, PAMH19_0209 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A071KS24, UniProt: Q9I6S7*PLUS, malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase, methylmalonyl-CoA carboxytransferase #4: タンパク質 | 分子量: 30351.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: madD, AO964_31595, AOY09_06293, PAERUG_E15_London_28_01_14_07062, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_04128 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0C6EV56, UniProt: Q9I6S6*PLUS, malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase |
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-非ポリマー , 2種, 3分子
#5: 化合物 | ChemComp-CL / |
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#6: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% (w/v) PEG3350 and 8% Tacsimate / PH範囲: 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月7日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 63210 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.995→47.901 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.995→47.901 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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