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万見
- PDB-5viq: Crystal structure of monomeric near-infrared fluorescent protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5viq
タイトルCrystal structure of monomeric near-infrared fluorescent protein miRFP709
要素monomeric near-infrared fluorescent protein miRFP709
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / near-infrared fluorescent protein / biliverdin / phytochrome / RpBphP1
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of visible light / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. ...Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Putative PAS/PAC sensor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Pletnev, S.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Designing brighter near-infrared fluorescent proteins: insights from structural and biochemical studies.
著者: Baloban, M. / Shcherbakova, D.M. / Pletnev, S. / Pletnev, V.Z. / Lagarias, J.C. / Verkhusha, V.V.
履歴
登録2017年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: monomeric near-infrared fluorescent protein miRFP709
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1882
ポリマ－34,6051
非ポリマー5831
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.266, 52.860, 64.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 monomeric near-infrared fluorescent protein miRFP709


分子量: 34604.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3Q7C0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.16 M MgCl2, 0.08 M Tris-HCl pH 8.5, 20% w/v PEG 3350, 3.2% 2,2,2-trifluoroethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→27.54 Å / Num. obs: 55190 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 199515
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.34-1.393.20.5170.8290.3360.620.83297.6
1.39-1.443.50.4180.8890.260.4940.85999.9
1.44-1.513.60.2920.9440.180.3440.928100
1.51-1.593.60.1940.9740.1190.2280.984100
1.59-1.693.70.1380.9850.0840.1621.03100
1.69-1.823.70.0960.9920.0580.1121.022100
1.82-23.70.070.9940.0420.0820.981100
2-2.293.70.0670.9930.0410.0790.945100
2.29-2.893.70.0590.9950.0350.0680.893100
2.89-303.70.0440.9960.0270.0510.85398.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XTQ

4xtq


解像度: 1.34→27.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.556 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.0571 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.058
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1877 1701 3.1 %RANDOM
Rwork0.1357 ---
obs0.1373 53465 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.02 Å2 / Biso mean: 23.532 Å2 / Biso min: 9.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.57 Å2-0 Å2-2.43 Å2
2---1.28 Å2-0 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.34→27.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 0 43 285 2631
Biso mean--13.4 33.09 -
残基数----296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0192553
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.022487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.34823489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.50935715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.785327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.64822.018109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79915433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1511528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02603
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.7835040
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.01574
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.25755179
LS精密化 シェル解像度: 1.335→1.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 107 -
Rwork0.266 3721 -
all-3828 -
obs--93.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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