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万見
- PDB-5vip: Crystal structure of Pseudomonas malonate decarboxylase MdcD-MdcE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vip
タイトルCrystal structure of Pseudomonas malonate decarboxylase MdcD-MdcE hetero-dimer
要素
  • MdcD
  • MdcE
キーワードTRANSFERASE / acyl carrier protein / acetyl-CoA carboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase / biotin-independent malonate decarboxylase / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / carboxy-lyase activity / fatty acid biosynthetic process / transferase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Biotin-dependent malonate decarboxylase, gamma subunit / Biotin-independent malonate decarboxylase, beta subunit / Malonate decarboxylase gamma subunit / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Biotin-dependent malonate decarboxylase, gamma subunit / Biotin-independent malonate decarboxylase, beta subunit / Malonate decarboxylase gamma subunit / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Biotin-independent malonate decarboxylase subunit beta / Malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase MADD / Malonate decarboxylase gamma subunit / Malonate decarboxylase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.857 Å
データ登録者Maderbocus, R. / Tong, L.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a Pseudomonas malonate decarboxylase holoenzyme hetero-tetramer.
著者: Maderbocus, R. / Fields, B.L. / Hamilton, K. / Luo, S. / Tran, T.H. / Dietrich, L.E.P. / Tong, L.
履歴
登録2017年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MdcE
B: MdcD
C: MdcE
D: MdcD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,1964
ポリマ－122,1964
非ポリマー00
水3,891216
1
A: MdcE
B: MdcD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0982
ポリマ－61,0982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
2
C: MdcE
D: MdcD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0982
ポリマ－61,0982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.310, 60.076, 91.277
Angle α, β, γ (deg.)89.87, 88.77, 68.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 MdcE / Biotin-independent malonate decarboxylase subunit gamma / Malonate decarboxylase / gamma subunit / ...Biotin-independent malonate decarboxylase subunit gamma / Malonate decarboxylase / gamma subunit / Malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase MADD


分子量: 30632.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: madD, AO964_31595, AOY09_06293, PAERUG_E15_London_28_01_14_07062, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_04128
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0C6EV56, UniProt: Q9I6S6*PLUS, malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase
#2: タンパク質 MdcD / Biotin-independent malonate decarboxylase subunit beta / Malonate decarboxylase subunit beta / ...Biotin-independent malonate decarboxylase subunit beta / Malonate decarboxylase subunit beta / Malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase MADC / Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit


分子量: 30465.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: madC, mdcD, AO964_31600, AOY09_06294, BH593_13640, PAERUG_E15_London_28_01_14_07061, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_04127, PAMH19_0209
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A071KS24, UniProt: Q9I6S7*PLUS, malonyl-S-ACP:biotin-protein carboxyltransferase, methylmalonyl-CoA carboxytransferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.8), 18% (w/v) PEG 3350, and 0.2 M ammonium acetate
PH範囲: 5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 90024 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.857→45.937 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 20.42 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2075 2012 2.28 %
Rwork0.1806 --
obs0.1813 88297 93.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.857→45.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7477 0 0 216 7693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0510313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7142772
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8567-1.90310.24991260.22515371X-RAY DIFFRACTION82
1.9031-1.95460.27731330.21825765X-RAY DIFFRACTION88
1.9546-2.01210.24291450.20635856X-RAY DIFFRACTION89
2.0121-2.0770.22821320.19495944X-RAY DIFFRACTION90
2.077-2.15130.19211370.18376006X-RAY DIFFRACTION92
2.1513-2.23740.22591340.1776116X-RAY DIFFRACTION93
2.2374-2.33920.19861440.1736227X-RAY DIFFRACTION94
2.3392-2.46260.19721620.17446280X-RAY DIFFRACTION96
2.4626-2.61680.21531450.18336371X-RAY DIFFRACTION97
2.6168-2.81880.21011520.18296421X-RAY DIFFRACTION98
2.8188-3.10250.20281540.19186436X-RAY DIFFRACTION98
3.1025-3.55130.21291470.18596501X-RAY DIFFRACTION99
3.5513-4.47360.20131560.16356474X-RAY DIFFRACTION99
4.4736-45.9510.18311450.16996517X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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