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- PDB-5vic: Crystal structure of anti-Zika antibody Z004 bound to DENV-1 Enve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vic
タイトルCrystal structure of anti-Zika antibody Z004 bound to DENV-1 Envelope protein DIII
要素
  • Dengue 1 Envelope DIII domain
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / Zika / Dengue / recurrent / neutralizing
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / immunoglobulin complex / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral capsid ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / immunoglobulin complex / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / adaptive immune response / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B ...Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / : / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Helicase, C-terminal / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa light chain / Genome polyprotein / Genome polyprotein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Dengue virus type 1 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Keeffe, J.R. / West Jr., A.P. / Gristick, H.B. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Recurrent Potent Human Neutralizing Antibodies to Zika Virus in Brazil and Mexico.
著者: Robbiani, D.F. / Bozzacco, L. / Keeffe, J.R. / Khouri, R. / Olsen, P.C. / Gazumyan, A. / Schaefer-Babajew, D. / Avila-Rios, S. / Nogueira, L. / Patel, R. / Azzopardi, S.A. / Uhl, L.F.K. / ...著者: Robbiani, D.F. / Bozzacco, L. / Keeffe, J.R. / Khouri, R. / Olsen, P.C. / Gazumyan, A. / Schaefer-Babajew, D. / Avila-Rios, S. / Nogueira, L. / Patel, R. / Azzopardi, S.A. / Uhl, L.F.K. / Saeed, M. / Sevilla-Reyes, E.E. / Agudelo, M. / Yao, K.H. / Golijanin, J. / Gristick, H.B. / Lee, Y.E. / Hurley, A. / Caskey, M. / Pai, J. / Oliveira, T. / Wunder, E.A. / Sacramento, G. / Nery, N. / Orge, C. / Costa, F. / Reis, M.G. / Thomas, N.M. / Eisenreich, T. / Weinberger, D.M. / de Almeida, A.R.P. / West, A.P. / Rice, C.M. / Bjorkman, P.J. / Reyes-Teran, G. / Ko, A.I. / MacDonald, M.R. / Nussenzweig, M.C.
履歴
登録2017年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
E: Dengue 1 Envelope DIII domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3273
ポリマ－59,3273
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.225, 74.225, 190.758
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24984.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291
#2: 抗体 Fab light chain / Immunoglobulin kappa light chain EU


分子量: 23552.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX7
#3: タンパク質 Dengue 1 Envelope DIII domain


分子量: 10790.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus type 1 (strain Nauru/West Pac/1974) (デング熱ウイルス)
株: Nauru/West Pac/1974 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17763, UniProt: Q8BE39*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 30% w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→74.23 Å / Num. obs: 15181 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 58.66 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.235 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.247 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.8310.81.7670.5770.5541.85599.6
8.96-74.239.50.0580.9980.0190.06197.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.7 Å69.17 Å
Translation4.7 Å69.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→37.113 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 520 4.66 %
Rwork0.2346 --
obs0.2369 11151 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 239.75 Å2 / Biso mean: 59.0363 Å2 / Biso min: 30.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→37.113 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3904 0 0 0 3904
残基数----513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033995
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6335426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044615
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6192395
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.30170.33121400.296226022742100
3.3017-3.77910.32271250.25542586271197
3.7791-4.75970.29171280.21062631275998
4.7597-37.11550.24051270.22222812293999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1202-0.759-0.55645.7293.5735.6750.15690.04920.2434-0.81070.6195-0.5881-1.08130.9666-0.70470.5086-0.03090.21380.65490.11350.49841.434464.3723233.2686
26.64610.7107-0.1715.81020.6736.9824-0.21130.0197-0.3201-0.24640.3623-0.7448-0.73850.2033-0.06850.29840.01980.07230.25290.01190.34238.951362.0395245.5396
33.3841-1.8226-1.00362.19971.42516.42710.093-0.45060.09940.18560.1401-0.42890.38880.646-0.16740.3269-0.06230.07560.41690.03540.472439.16760.0937241.9885
42.7709-2.36361.20363.8484-2.21953.4141-0.4847-0.00530.17470.1060.24020.1912-0.13210.07270.23920.4558-0.1445-0.01460.34630.00570.393725.858773.4815218.9861
50.97450.5646-0.30726.00651.08026.7138-0.43270.51890.3798-1.2157-0.320.5218-2.4549-0.60780.10321.2622-0.1003-0.33380.39120.11390.908220.807686.2615215.6826
64.7818-4.92532.42746.1988-1.31922.7289-0.52730.20231.6292-0.02350.0461-0.7682-0.81530.32280.48160.6678-0.17290.0190.52360.03470.572630.962578.9795212.8074
73.78651.7832-0.01322.750.22374.37860.06690.09850.0407-0.3491-0.27950.1438-0.2329-1.04150.21950.47590.11030.07930.4935-0.09890.375120.245468.7251250.4377
81.28870.32651.48420.97510.19823.6298-0.3174-0.08430.33520.00460.09370.1603-0.7479-0.4330.19130.45420.1397-0.00620.3983-0.04410.504916.893472.1319235.1278
94.0424-1.02432.61652.2111.89389.0774-0.5230.007-0.13180.40130.04320.56450.7161-1.35740.54780.6598-0.2226-0.00710.5989-0.05030.55555.526669.0893216.9111
106.5644-1.0877-2.66923.0257-0.33836.14-0.42270.47850.5228-0.03980.00510.10240.1708-0.33280.32390.455-0.0263-0.08760.22180.04270.547911.397673.3575215.5617
113.91040.0021-0.17962.4136-0.84494.7417-1.15120.18980.9796-0.41550.49590.1515-0.5212-2.5983-0.01110.76070.0005-0.27921.11810.22350.66881.628977.8977214.9984
128.1065-7.3318-6.24829.83337.06815.8859-1.0574-1.7101-0.9396-0.71190.63320.75490.13492.07040.18650.5967-0.0485-0.01130.81270.10510.561737.631451.7435259.4402
135.7566-1.54841.55632.49861.19371.6221-0.5012-1.6001-0.0340.3138-0.50850.45320.7408-1.26280.77120.89720.19230.3961.20120.11250.926136.390752.2815275.034
142.84280.3765-0.70825.0198-1.11160.48850.21880.6428-0.4860.4448-0.1068-1.1386-0.0250.57760.07530.5741-0.0010.05550.82710.13030.634339.944653.0894261.7473
153.7078-0.3581-0.42691.16730.99453.129-0.5235-0.10671.0349-0.00270.1689-0.14281.09230.34870.19641.27410.2356-0.01220.76490.18451.147538.441845.8577265.9556
162.4264-3.2466-3.14335.31265.47757.40970.2547-1.27690.3595-0.42910.7413-1.61190.25541.5249-0.3480.7848-0.0342-0.10031.27070.16520.915944.862955.3708275.4748
178.1360.36572.2997.0353-4.53039.2344-0.8719-3.04170.96671.9670.63350.8417-2.1972-0.6260.34880.81070.26610.0910.9565-0.08610.811738.402662.0114269.0944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 23 )H1 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 24 through 60 )H24 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 61 through 111 )H61 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 112 through 184 )H112 - 184
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 185 through 203 )H185 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 204 through 214 )H204 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 1 through 61 )L1 - 61
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 62 through 139 )L62 - 139
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 140 through 160 )L140 - 160
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 161 through 197 )L161 - 197
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 198 through 211 )L198 - 211
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 298 through 307 )E298 - 307
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 308 through 327 )E308 - 327
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 328 through 340 )E328 - 340
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 351 through 364 )E351 - 364
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 365 through 376 )E365 - 376
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 377 through 391 )E377 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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