PDB-5vg6: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vg6

タイトル

Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase from Xanthobacter autotrophicus Py2 in complex with NADPH and MES.

要素

D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lipowska, J. / Shabalin, I.G. / Kutner, J. / Gasiorowska, O.A. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase from Xanthobacter autotrophicus Py2 in complex with NADPH and MES.
著者: Lipowska, J. / Shabalin, I.G. / Almo, S.C. / Minor, W.

履歴

登録	2017年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vg6.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vg6.ent.gz	1004.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vg6_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vg6_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	5vg6_validation.xml.gz	133.8 KB	表示
CIF形式データ	5vg6_validation.cif.gz	192.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/5vg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/5vg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xa8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1shz-1 5k4q-1 6ik5-1 5k50-1 5k4q-3 5k4y-3 5lc1-6 5k4q-2 5k50-4 5k4y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-015257

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

B: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

C: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

D: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

E: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

F: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

G: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

H: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

I: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

J: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

ヘテロ分子

381 kDa, 10 ポリマー
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1

A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

J: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
76.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

C: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

ヘテロ分子

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76.2 kDa, 2 ポリマー
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3

D: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

H: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

ヘテロ分子

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76 kDa, 2 ポリマー
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4

E: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

I: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

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76.2 kDa, 2 ポリマー
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5

F: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

G: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	132.514, 311.036, 98.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	GLY	GLY	A	A	6 - 318	28 - 340
2	1	SER	SER	GLY	GLY	B	B	6 - 318	28 - 340
1	2	SER	SER	GLY	GLY	A	A	6 - 318	28 - 340
2	2	SER	SER	GLY	GLY	C	C	6 - 318	28 - 340
1	3	ALA	ALA	TYR	TYR	A	A	8 - 319	30 - 341
2	3	ALA	ALA	TYR	TYR	D	D	8 - 319	30 - 341
1	4	SER	SER	TYR	TYR	A	A	6 - 319	28 - 341
2	4	SER	SER	TYR	TYR	E	E	6 - 319	28 - 341
1	5	ALA	ALA	GLY	GLY	A	A	8 - 318	30 - 340
2	5	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	8 - 318	30 - 340
1	6	ALA	ALA	GLY	GLY	A	A	78 - 318	100 - 340
2	6	ALA	ALA	GLY	GLY	G	G	78 - 318	100 - 340
1	7	ALA	ALA	GLY	GLY	A	A	78 - 318	100 - 340
2	7	ALA	ALA	GLY	GLY	H	H	78 - 318	100 - 340
1	8	SER	SER	GLY	GLY	A	A	6 - 318	28 - 340
2	8	SER	SER	GLY	GLY	I	I	6 - 318	28 - 340
1	9	SER	SER	GLY	GLY	A	A	6 - 318	28 - 340
2	9	SER	SER	GLY	GLY	J	J	6 - 318	28 - 340
1	10	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	5 - 319	27 - 341
2	10	ALA	ALA	TYR	TYR	C	C	5 - 319	27 - 341
1	11	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	8 - 319	30 - 341
2	11	ALA	ALA	TYR	TYR	D	D	8 - 319	30 - 341
1	12	SER	SER	GLY	GLY	B	B	6 - 318	28 - 340
2	12	SER	SER	GLY	GLY	E	E	6 - 318	28 - 340
1	13	ALA	ALA	GLY	GLY	B	B	8 - 318	30 - 340
2	13	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	8 - 318	30 - 340
1	14	ALA	ALA	GLY	GLY	B	B	78 - 318	100 - 340
2	14	ALA	ALA	GLY	GLY	G	G	78 - 318	100 - 340
1	15	ALA	ALA	GLY	GLY	B	B	78 - 318	100 - 340
2	15	ALA	ALA	GLY	GLY	H	H	78 - 318	100 - 340
1	16	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	5 - 319	27 - 341
2	16	ALA	ALA	TYR	TYR	I	I	5 - 319	27 - 341
1	17	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	5 - 319	27 - 341
2	17	ALA	ALA	TYR	TYR	J	J	5 - 319	27 - 341
1	18	ALA	ALA	TYR	TYR	C	C	8 - 319	30 - 341
2	18	ALA	ALA	TYR	TYR	D	D	8 - 319	30 - 341
1	19	SER	SER	GLY	GLY	C	C	6 - 318	28 - 340
2	19	SER	SER	GLY	GLY	E	E	6 - 318	28 - 340
1	20	ALA	ALA	GLY	GLY	C	C	8 - 318	30 - 340
2	20	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	8 - 318	30 - 340
1	21	ALA	ALA	GLY	GLY	C	C	78 - 318	100 - 340
2	21	ALA	ALA	GLY	GLY	G	G	78 - 318	100 - 340
1	22	ALA	ALA	GLY	GLY	C	C	78 - 318	100 - 340
2	22	ALA	ALA	GLY	GLY	H	H	78 - 318	100 - 340
1	23	ALA	ALA	TYR	TYR	C	C	5 - 319	27 - 341
2	23	ALA	ALA	TYR	TYR	I	I	5 - 319	27 - 341
1	24	ALA	ALA	TYR	TYR	C	C	5 - 319	27 - 341
2	24	ALA	ALA	TYR	TYR	J	J	5 - 319	27 - 341
1	25	ALA	ALA	TYR	TYR	D	D	8 - 319	30 - 341
2	25	ALA	ALA	TYR	TYR	E	E	8 - 319	30 - 341
1	26	ALA	ALA	TYR	TYR	D	D	8 - 319	30 - 341
2	26	ALA	ALA	TYR	TYR	F	F	8 - 319	30 - 341
1	27	ALA	ALA	GLY	GLY	D	D	78 - 318	100 - 340
2	27	ALA	ALA	GLY	GLY	G	G	78 - 318	100 - 340
1	28	ALA	ALA	GLY	GLY	D	D	78 - 318	100 - 340
2	28	ALA	ALA	GLY	GLY	H	H	78 - 318	100 - 340
1	29	ALA	ALA	TYR	TYR	D	D	8 - 319	30 - 341
2	29	ALA	ALA	TYR	TYR	I	I	8 - 319	30 - 341
1	30	ALA	ALA	TYR	TYR	D	D	8 - 319	30 - 341
2	30	ALA	ALA	TYR	TYR	J	J	8 - 319	30 - 341
1	31	ALA	ALA	GLY	GLY	E	E	8 - 318	30 - 340
2	31	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	8 - 318	30 - 340
1	32	ALA	ALA	GLY	GLY	E	E	78 - 318	100 - 340
2	32	ALA	ALA	GLY	GLY	G	G	78 - 318	100 - 340
1	33	ALA	ALA	GLY	GLY	E	E	78 - 318	100 - 340
2	33	ALA	ALA	GLY	GLY	H	H	78 - 318	100 - 340
1	34	SER	SER	GLY	GLY	E	E	6 - 318	28 - 340
2	34	SER	SER	GLY	GLY	I	I	6 - 318	28 - 340
1	35	SER	SER	GLY	GLY	E	E	6 - 318	28 - 340
2	35	SER	SER	GLY	GLY	J	J	6 - 318	28 - 340
1	36	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	78 - 318	100 - 340
2	36	ALA	ALA	GLY	GLY	G	G	78 - 318	100 - 340
1	37	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	78 - 318	100 - 340
2	37	ALA	ALA	GLY	GLY	H	H	78 - 318	100 - 340
1	38	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	8 - 318	30 - 340
2	38	ALA	ALA	GLY	GLY	I	I	8 - 318	30 - 340
1	39	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	8 - 318	30 - 340
2	39	ALA	ALA	GLY	GLY	J	J	8 - 318	30 - 340
1	40	ALA	ALA	TYR	TYR	G	G	78 - 319	100 - 341
2	40	ALA	ALA	TYR	TYR	H	H	78 - 319	100 - 341
1	41	ALA	ALA	GLY	GLY	G	G	78 - 318	100 - 340
2	41	ALA	ALA	GLY	GLY	I	I	78 - 318	100 - 340
1	42	ALA	ALA	GLY	GLY	G	G	78 - 318	100 - 340
2	42	ALA	ALA	GLY	GLY	J	J	78 - 318	100 - 340
1	43	ALA	ALA	GLY	GLY	H	H	78 - 318	100 - 340
2	43	ALA	ALA	GLY	GLY	I	I	78 - 318	100 - 340
1	44	ALA	ALA	GLY	GLY	H	H	78 - 318	100 - 340
2	44	ALA	ALA	GLY	GLY	J	J	78 - 318	100 - 340
1	45	ALA	ALA	TYR	TYR	I	I	5 - 319	27 - 341
2	45	ALA	ALA	TYR	TYR	J	J	5 - 319	27 - 341

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding 分子量: 37181.441 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (strain ATCC BAA-1158 / Py2) (バクテリア) 株: ATCC BAA-1158 / Py2 / 遺伝子: Xaut_2571 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: A7IIH0
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 ul of 14 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP, 50mM D-lactate, and 5 mM NADPH were mixed with 0.2 ul of the MCSG-2 condition #13 ...詳細: 0.2 ul of 14 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP, 50mM D-lactate, and 5 mM NADPH were mixed with 0.2 ul of the MCSG-2 condition #13 (0.1M MES monohydrate pH=6.5, 12%w/v PEG 20K) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 1 mg/ml TEV solution at 289 K for 1 hour

結晶

マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.16 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 ul of 14 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP, 50mM D-lactate, and 5 mM NADPH were mixed with 0.2 ul of the MCSG-2 condition #13 ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月4日

放射

モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 207487 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 35.8 Å² / CC_1/2: 0.8 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.128 / R_sym value: 0.114 / Χ²: 0.897 / Net I/av σ(I): 13.7 / Net I/σ(I): 5.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Χ²	% possible all
2.2-2.24	4.7	0.753	1.9	10251	0.801	0.389	0.85	0.753	0.699	100
2.24-2.28	5	0.691			0.836	0.345	0.774		0.711	100
2.28-2.32	5.2	0.658			0.874	0.319	0.734		0.718	100
2.32-2.37	5.3	0.624			0.866	0.299	0.694		0.736	100
2.37-2.42	5.3	0.589			0.89	0.281	0.655		0.76	100
2.42-2.48	5.3	0.482			0.916	0.23	0.536		0.743	100
2.48-2.54	5.3	0.439			0.937	0.209	0.488		0.758	100
2.54-2.61	5.4	0.355			0.95	0.169	0.395		0.775	100
2.61-2.69	5.4	0.292			0.967	0.139	0.325		0.792	100
2.69-2.77	5.4	0.255			0.97	0.122	0.284		0.817	100
2.77-2.87	5.4	0.216			0.978	0.103	0.24		0.846	100
2.87-2.99	5.4	0.167			0.984	0.08	0.186		0.915	100
2.99-3.12	5.4	0.142			0.988	0.068	0.158		0.941	100
3.12-3.29	5.4	0.116			0.992	0.056	0.129		1.016	100
3.29-3.49	5.4	0.094			0.993	0.045	0.104		1.057	100
3.49-3.76	5.4	0.079			0.995	0.038	0.088		1.078	100
3.76-4.14	5.3	0.074			0.994	0.036	0.082		1.09	100
4.14-4.74	5.3	0.068			0.995	0.033	0.076		1.155	100
4.74-5.97	5.3	0.063			0.996	0.03	0.07		1.202	100
5.97-50	5.1	0.049			0.997	0.024	0.055		1.065	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XA8

4xa8

解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 10.699 / SU ML: 0.154 / SU R Cruickshank DPI: 0.2347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.189
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. This structure has an unusually high number of RSRZ outliers because six out of ten protein chains have long ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2334	10343	5 %	RANDOM
R_work	0.1996	-	-	-
obs	0.2013	196974	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 202.81 Å² / B_iso mean: 57.011 Å² / B_iso min: 5.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22504	0	588	2680	25772
B_iso mean	-	-	53.02	46.97	-
残基数	-	-	-	-	2992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	23764
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	22180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.334	1.971	32545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.251	3	51035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.014	5	2995
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.544	22.319	979
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.303	15	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.95	15	229
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	3673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	27328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	4933

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19268	0.05
1	2	B	19268	0.05
2	1	A	19398	0.05
2	2	C	19398	0.05
3	1	A	18442	0.05
3	2	D	18442	0.05
4	1	A	19422	0.04
4	2	E	19422	0.04
5	1	A	18410	0.04
5	2	F	18410	0.04
6	1	A	14426	0.04
6	2	G	14426	0.04
7	1	A	14274	0.05
7	2	H	14274	0.05
8	1	A	19352	0.05
8	2	I	19352	0.05
9	1	A	19448	0.05
9	2	J	19448	0.05
10	1	B	19432	0.04
10	2	C	19432	0.04
11	1	B	18300	0.05
11	2	D	18300	0.05
12	1	B	19272	0.04
12	2	E	19272	0.04
13	1	B	18274	0.05
13	2	F	18274	0.05
14	1	B	14414	0.04
14	2	G	14414	0.04
15	1	B	14288	0.04
15	2	H	14288	0.04
16	1	B	19462	0.04
16	2	I	19462	0.04
17	1	B	19420	0.04
17	2	J	19420	0.04
18	1	C	18430	0.05
18	2	D	18430	0.05
19	1	C	19336	0.03
19	2	E	19336	0.03
20	1	C	18396	0.05
20	2	F	18396	0.05
21	1	C	14396	0.04
21	2	G	14396	0.04
22	1	C	14260	0.04
22	2	H	14260	0.04
23	1	C	19550	0.04
23	2	I	19550	0.04
24	1	C	19404	0.05
24	2	J	19404	0.05
25	1	D	18372	0.05
25	2	E	18372	0.05
26	1	D	18002	0.05
26	2	F	18002	0.05
27	1	D	13480	0.05
27	2	G	13480	0.05
28	1	D	13412	0.05
28	2	H	13412	0.05
29	1	D	18348	0.05
29	2	I	18348	0.05
30	1	D	18256	0.05
30	2	J	18256	0.05
31	1	E	18376	0.05
31	2	F	18376	0.05
32	1	E	14394	0.04
32	2	G	14394	0.04
33	1	E	14288	0.04
33	2	H	14288	0.04
34	1	E	19302	0.04
34	2	I	19302	0.04
35	1	E	19226	0.04
35	2	J	19226	0.04
36	1	F	13696	0.05
36	2	G	13696	0.05
37	1	F	13594	0.05
37	2	H	13594	0.05
38	1	F	18326	0.05
38	2	I	18326	0.05
39	1	F	18304	0.05
39	2	J	18304	0.05
40	1	G	14498	0.03
40	2	H	14498	0.03
41	1	G	14368	0.04
41	2	I	14368	0.04
42	1	G	14428	0.04
42	2	J	14428	0.04
43	1	H	14278	0.04
43	2	I	14278	0.04
44	1	H	14302	0.04
44	2	J	14302	0.04
45	1	I	19602	0.04
45	2	J	19602	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	758	-
R_work	0.27	14296	-
all	-	15054	-
obs	-	-	99.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1449	0.4427	-0.9931	5.525	-0.8502	4.2304	-0.0149	-0.2477	0.0767	-0.2049	0.1545	-0.1633	0.0723	0.522	-0.1397	0.0309	0.045	-0.0527	0.4415	-0.0677	0.1813	79.023	79.207	55.868
2	3.2744	-0.0495	1.4333	2.4803	1.4701	7.2687	0.0266	-0.5421	-0.056	0.1805	0.1592	-0.1902	0.194	0.2294	-0.1857	0.0728	0.0476	-0.0094	0.4452	-0.0349	0.1753	72.915	77.638	63.427
3	4.2786	-0.0103	2.2413	3.1211	2.5142	7.6498	-0.0209	-0.2202	0.0687	0.217	0.0436	0.107	0.177	-0.0218	-0.0227	0.0629	0.0442	0.0088	0.3442	-0.0361	0.1655	64.621	80.388	59.14
4	1.2125	-0.3096	-1.4644	2.2926	0.0876	3.5271	0.0094	0.0273	0.0523	0.0922	0.0972	-0.1022	-0.1893	0.1621	-0.1066	0.023	0.0016	0.0172	0.3104	0.023	0.1066	62.995	74.813	28.231
5	5.6823	-6.4384	-1.4831	7.4766	0.7276	6.1741	-0.144	0.2566	-0.4574	0.2074	-0.2345	0.4974	0.0478	-0.3093	0.3785	0.1278	-0.0956	0.0528	0.3973	-0.0677	0.2414	59.347	62.726	13.736
6	5.1764	0.5029	2.1555	3.8705	0.9822	3.3042	-0.1474	0.2345	0.1109	-0.1164	-0.042	-0.0036	-0.1694	0.2186	0.1895	0.0399	0.0005	-0.0108	0.2814	0.0104	0.089	54.493	81.671	30.309
7	3.9755	-0.028	-4.947	3.0717	-0.3249	8.4579	0.2386	-0.109	0.3659	0.2436	-0.0807	0.0174	-0.5798	0.0187	-0.1579	0.0765	0.0101	-0.0446	0.3265	-0.0325	0.2182	49.101	85.09	33.393
8	1.6584	0.1282	0.3369	0.6584	-0.0285	1.4587	-0.0064	-0.1443	-0.0495	-0.0123	-0.0619	0.0059	0.1547	-0.1235	0.0683	0.0195	-0.0316	0.0028	0.3271	0.0177	0.0828	52.372	67.24	36.676
9	3.2925	0.6788	-1.1127	2.9426	0.8895	2.4884	0.017	0.0689	0.6341	0.1843	0.1123	0.026	-0.06	0.0583	-0.1294	0.0803	0.0127	-0.0371	0.3272	-0.0007	0.2066	66.623	88.925	52.18
10	4.2137	1.8466	0.7556	4.6868	-1.028	6.4082	-0.7207	-0.6837	-0.09	0.8898	-0.1722	-0.923	-0.0856	0.2821	0.8929	0.7831	0.2735	-0.2427	0.3676	0.1445	0.5945	101.295	25.154	71.841
11	7.5509	1.7092	-4.4273	12.5088	-7.1291	5.9526	-0.4147	0.1683	-0.1744	0.6506	0.8405	0.7372	0.336	-0.3713	-0.4258	0.9635	0.1917	-0.1271	0.4958	0.0916	0.4392	89.34	26.053	70.85
12	4.221	-0.6478	1.7254	8.3141	-3.9063	5.6971	-0.1259	-0.4845	-0.3215	1.2854	0.2863	0.4061	0.4888	-0.1617	-0.1604	0.9125	0.2438	0.0652	0.4729	0.0783	0.2707	88.891	30.738	75.801
13	0.9474	3.1674	-5.6328	10.7314	-19.1617	34.2838	0.1206	-0.2725	-0.248	0.4113	-1.0433	-0.5948	-0.6127	1.9243	0.9226	0.5803	0.0609	0.0023	0.6537	0.0742	0.5684	96.889	44.085	66.73
14	1.2022	-0.4795	0.4492	1.1803	-0.4204	6.3774	-0.0375	0.0944	-0.0211	-0.0542	0.0737	0.0377	0.017	-0.3806	-0.0362	0.0581	-0.0029	0.012	0.3168	0.0239	0.1725	88.456	56.084	42.384
15	1.4631	-0.0687	-0.2862	2.7588	-0.2148	1.5879	-0.199	-0.3735	0.0034	0.5311	0.2368	0.1477	-0.0243	-0.1556	-0.0378	0.2136	0.1176	0.0441	0.4328	0.0178	0.1227	83.346	57.077	63.101
16	1.4127	-0.2393	0.3505	2.4952	-0.2152	1.7921	-0.1111	-0.0256	-0.2512	0.1984	0.1705	0.3158	0.2804	-0.2997	-0.0593	0.1197	-0.0141	0.0529	0.3582	0.0981	0.2328	78.166	44.978	52.661
17	4.2318	0.3815	0.1463	13.8031	-15.6029	46.7041	-0.354	-0.5011	0.4142	1.0603	0.0683	-0.4463	0.5455	0.4244	0.2858	0.6342	0.1613	-0.4116	0.3549	0.085	0.6083	103.787	38.872	69.801
18	14.8009	-9.55	7.7567	7.4609	-7.261	9.5076	-0.5621	-1.4978	0.4315	0.9459	0.8906	-0.2744	0.3207	-0.8553	-0.3285	2.0864	-0.0104	-0.5567	0.7378	0.0761	0.4311	94.026	40.739	80.254
19	3.0612	0.5972	0.4048	2.0795	-1.3291	6.261	0.0343	-0.111	0.3476	0.3315	-0.077	0.236	-0.5123	-0.2327	0.0427	0.1414	0.0218	0.0195	0.2234	0.0454	0.181	92.152	85.663	35.745
20	4.4357	-1.7479	1.152	5.9484	-1.0954	3.9621	-0.0469	0.3859	0.3929	-0.0222	-0.1381	0.0083	-0.3963	-0.0965	0.185	0.1084	-0.018	0.0202	0.2731	0.0788	0.1482	97.947	87.495	28.153
21	5.1045	0.0321	0.2925	7.2498	-0.5964	2.5106	0.0463	0.332	0.2302	0.0703	-0.1129	-0.2846	-0.2754	0.2174	0.0666	0.0784	-0.0275	-0.0087	0.2792	0.0722	0.1305	105.666	82.037	29.876
22	1.3267	-5.5567	1.3691	94.4395	-63.285	48.093	-0.1778	-0.4439	0.1267	6.5173	0.3797	0.0609	-4.6804	0.9325	-0.2019	0.8229	-0.1682	0.228	1.3708	0.1613	0.514	99.984	72.804	45.418
23	2.6409	2.3002	-0.4786	5.1497	-1.1323	2.5149	-0.1105	0.1514	-0.3425	-0.0551	0.1155	0.0218	0.3342	-0.1795	-0.0049	0.1044	0.0067	0.0095	0.2504	0.0112	0.1605	93.849	45.471	45.197
24	3.5472	0.579	-0.568	2.0908	-0.4799	3.1813	-0.0642	-0.1816	-0.0342	0.132	-0.0046	-0.1742	0.0272	0.1745	0.0689	0.1007	0.0146	-0.0703	0.2213	0.0038	0.1698	110.692	56.159	48.786
25	6.2496	2.0085	2.2298	5.6829	0.3159	4.5067	0.1014	-0.0018	-0.2785	0.1822	-0.1676	-0.5117	0.2226	0.6253	0.0662	0.1061	0.0618	-0.0176	0.2534	0.0067	0.2249	118.053	52.242	40.001
26	0.5178	0.0744	-0.0338	1.6732	-0.3509	1.0409	-0.0194	0.0768	-0.0537	-0.0632	-0.0221	-0.0421	0.0818	0.0409	0.0414	0.0234	-0.0067	-0.0135	0.2516	0.0132	0.1006	103.512	60.425	34.774
27	18.7253	-25.8262	-5.6144	39.8681	16.1811	18.5746	1.3736	0.7304	2.2538	-1.9984	-0.2009	-3.3213	-0.4238	1.4306	-1.1727	0.5508	-0.1375	0.0675	0.5737	0.1346	0.8488	116.091	74.04	34.718
28	6.6946	-2.5174	-2.8087	8.3446	4.0587	6.6293	0.1873	1.185	-1.2239	-1.2616	-0.7006	0.9963	0.8665	-1.0863	0.5132	0.7545	-0.137	-0.2087	0.6589	-0.2265	0.6452	9.663	38.607	-7.294
29	6.8206	-5.4394	-0.4482	10.8316	-4.2284	3.5351	-0.1923	0.8892	-1.6392	-0.329	0.0582	1.9355	0.3272	-0.6519	0.1341	0.446	-0.3463	-0.1094	0.6959	-0.293	1.3161	1.037	37.162	-0.806
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73	2.1558	-0.5405	0.4272	1.9053	0.1627	6.6652	0.1163	0.0191	0.2725	-0.1983	0.0478	-0.1298	-0.5921	0.2137	-0.164	0.1205	-0.032	0.0336	0.2317	-0.0015	0.1813	37.516	85.451	14.482
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77	3.238	-0.1955	0.7162	3.2686	1.2533	4.5853	-0.0362	0.1832	-0.1128	-0.2756	-0.0298	0.1455	-0.0246	-0.081	0.0659	0.0703	-0.0147	-0.0634	0.2091	0.0415	0.1444	22.25	54.832	-0.458
78	6.2269	-0.3573	0.7009	2.3238	1.1677	5.4583	0.0108	0.2018	0.0567	-0.35	-0.0779	0.2578	-0.6706	-1.0033	0.0672	0.2263	0.1348	-0.0403	0.5075	0.067	0.3143	11.127	58.752	4.391
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80	6.9308	-0.6499	1.095	3.1587	-1.6808	1.922	-0.0103	0.2405	0.2269	-0.2891	-0.0315	-0.0042	-0.214	-0.2287	0.0419	0.2003	0.0324	-0.0293	0.2847	0.0066	0.1111	25.656	83.375	5.431
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83	3.7126	-0.1064	1.4092	2.5769	-1.1372	4.7801	0.0195	0.257	0.0481	-0.3038	-0.0314	-0.0041	0.1858	0.1344	0.0119	0.0634	-0.0285	0.0097	0.37	0.0825	0.132	61.822	80.253	-11.315
84	2.5089	-0.7099	0.3603	5.0526	-2.405	5.1708	-0.0384	-0.0296	0.0921	-0.148	0.1419	0.072	-0.2005	-0.2595	-0.1034	0.0282	-0.0022	0.0197	0.2959	0.0176	0.1129	66.77	75.536	20.605
85	4.9813	5.1244	0.8292	6.8043	1.1648	2.1593	0.0042	-0.0071	-0.3152	-0.0967	-0.0726	-0.654	0.1214	0.3102	0.0684	0.1139	0.0251	0.0438	0.3463	0.1182	0.2281	69.625	60.837	35.568
86	13.8085	16.0869	-5.6613	22.1794	-10.5834	6.9857	1.0072	-0.8983	-0.3411	1.9309	-1.029	-0.3522	-1.1893	0.307	0.0219	0.7154	0.0746	-0.1342	0.5815	0.047	0.1825	77.901	77.295	32.507
87	1.5387	-0.308	-0.3955	2.001	-0.1207	4.4378	0.0824	0.0046	0.1147	-0.0776	-0.0781	0.0432	-0.2551	-0.0697	-0.0043	0.046	-0.0379	-0.035	0.2691	0.0574	0.1102	76.408	83.642	17.467
88	4.5829	0.7868	-1.7588	3.0644	0.5658	7.6294	0.2609	-0.0238	0.7013	-0.5782	0.0707	-0.6045	-0.6306	0.2318	-0.3316	0.2446	-0.0542	0.1112	0.3756	0.0698	0.3718	85.02	84.13	15.157
89	1.1133	-0.2817	0.2792	0.9037	-0.3922	1.1798	-0.0233	0.1192	0.0547	0.017	-0.0379	-0.0287	0.0164	0.0821	0.0612	0.0019	-0.0146	-0.0019	0.3238	0.0289	0.0909	72.841	72.685	9.015
90	10.4556	-8.1576	3.611	6.6573	-0.7857	17.1894	0.7972	0.4556	1.1316	-0.8422	-0.4004	-1.0966	-1.0756	0.3893	-0.3968	0.4996	-0.026	0.206	0.6601	0.2426	0.6187	77.226	83.696	-3.451

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	64 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	99 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	125 - 140
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	141 - 161
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	162 - 189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	190 - 287
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	288 - 319
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	5 - 53
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	54 - 65
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	66 - 95
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	96 - 103
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	104 - 143
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	144 - 209
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	210 - 289
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	290 - 297
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	298 - 319
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	5 - 41
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	42 - 63
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	64 - 96
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	97 - 102
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	103 - 138
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	139 - 185
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	186 - 199
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	200 - 312
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	313 - 319
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	8 - 44
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	45 - 84
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	85 - 102
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	103 - 129
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	130 - 162
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	163 - 192
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	193 - 285
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	286 - 307
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	308 - 319
37	X-RAY DIFFRACTION	37	E	6 - 48
38	X-RAY DIFFRACTION	38	E	49 - 65
39	X-RAY DIFFRACTION	39	E	66 - 95
40	X-RAY DIFFRACTION	40	E	96 - 103
41	X-RAY DIFFRACTION	41	E	104 - 127
42	X-RAY DIFFRACTION	42	E	128 - 139
43	X-RAY DIFFRACTION	43	E	140 - 169
44	X-RAY DIFFRACTION	44	E	170 - 287
45	X-RAY DIFFRACTION	45	E	288 - 319
46	X-RAY DIFFRACTION	46	F	8 - 44
47	X-RAY DIFFRACTION	47	F	45 - 84
48	X-RAY DIFFRACTION	48	F	85 - 102
49	X-RAY DIFFRACTION	49	F	103 - 129
50	X-RAY DIFFRACTION	50	F	130 - 166
51	X-RAY DIFFRACTION	51	F	167 - 194
52	X-RAY DIFFRACTION	52	F	195 - 249
53	X-RAY DIFFRACTION	53	F	250 - 294
54	X-RAY DIFFRACTION	54	F	295 - 319
55	X-RAY DIFFRACTION	55	G	78 - 94
56	X-RAY DIFFRACTION	56	G	95 - 102
57	X-RAY DIFFRACTION	57	G	103 - 140
58	X-RAY DIFFRACTION	58	G	141 - 162
59	X-RAY DIFFRACTION	59	G	163 - 186
60	X-RAY DIFFRACTION	60	G	187 - 271
61	X-RAY DIFFRACTION	61	G	272 - 287
62	X-RAY DIFFRACTION	62	G	288 - 313
63	X-RAY DIFFRACTION	63	G	314 - 319
64	X-RAY DIFFRACTION	64	H	78 - 92
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68	X-RAY DIFFRACTION	68	H	144 - 231
69	X-RAY DIFFRACTION	69	H	232 - 278
70	X-RAY DIFFRACTION	70	H	279 - 287
71	X-RAY DIFFRACTION	71	H	288 - 309
72	X-RAY DIFFRACTION	72	H	310 - 319
73	X-RAY DIFFRACTION	73	I	5 - 43
74	X-RAY DIFFRACTION	74	I	44 - 101
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76	X-RAY DIFFRACTION	76	I	123 - 140
77	X-RAY DIFFRACTION	77	I	141 - 171
78	X-RAY DIFFRACTION	78	I	172 - 190
79	X-RAY DIFFRACTION	79	I	191 - 287
80	X-RAY DIFFRACTION	80	I	288 - 313
81	X-RAY DIFFRACTION	81	I	314 - 319
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87	X-RAY DIFFRACTION	87	J	145 - 176
88	X-RAY DIFFRACTION	88	J	177 - 196
89	X-RAY DIFFRACTION	89	J	197 - 314
90	X-RAY DIFFRACTION	90	J	315 - 319

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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