PDB-5vfj: Crystal structure of BnSP-7 from bothrops pauloensis complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vfj

タイトル

Crystal structure of BnSP-7 from bothrops pauloensis complexed with caffeic acid

要素

Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7

キーワード

HYDROLASE / Lys49-PLA2 / Bothrops pauloensis / Caffeic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops pauloensis (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.084 Å

データ登録者

De Lima, L.F.G. / Fontes, M.R.M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2017
タイトル: Structural studies with BnSP-7 reveal an atypical oligomeric conformation compared to phospholipases A2-like toxins.
著者: de Lima, L.F.G. / Borges, R.J. / Viviescas, M.A. / Fernandes, C.A.H. / Fontes, M.R.M.

履歴

登録	2017年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月3日	Group: Database references カテゴリ: struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ..._struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vfj.cif.gz	117.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vfj.ent.gz	89.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vfj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vfj_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vfj_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	5vfj_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	5vfj_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/5vfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/5vfj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vfhC 5vfmC 5vfnC 1pa0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vfh-d 5vfm-d 1nlk-d 3ik4-2 5vfn-d 1wkl-d 4b0g-d 2d4p-2 2wt2-1 6suc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7

B: Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.574, 59.060, 58.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7 / svPLA2 homolog / Phospholipase A2 II 分子量: 13752.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops pauloensis (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9IAT9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-DHC / CAFFEIC ACID / 3,4-DIHYDROXYCINNAMIC ACID / カフェ-酸分子量: 180.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% polyethylene glycol 4000, 100 mM TrisHCl pH 8.5 and 200 mM lithium sulfate PH範囲: 8.3-8.7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459, 1.500

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.459	1
2	1.5	1

反射

解像度: 2.084→26.33 Å / Num. obs: 18143 / % possible obs: 97.63 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 4.37

反射シェル

解像度: 2.084→2.158 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.458 / Num. unique obs: 1633 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000	v714	データ削減
HKL-2000	v714	データスケーリング
PHASER	2.1	位相決定
Coot	0.8.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1pa0

1pa0

解像度: 2.084→26.33 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2402	908	5.01 %
R_work	0.2062	-	-
obs	0.208	18125	97.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.084→26.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1870	0	38	227	2135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1957
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.923	2617
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.788	728
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	266
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	335

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0835-2.214	0.3154	140	0.2571	2665	X-RAY DIFFRACTION	92
2.214-2.3848	0.3049	151	0.2351	2874	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3848-2.6246	0.252	155	0.2247	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6246-3.004	0.2605	153	0.2147	2928	X-RAY DIFFRACTION	99
3.004-3.7829	0.2238	154	0.1988	2916	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7829-26.3328	0.2073	155	0.183	2927	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1576	0.8239	1.6643	6.0191	-1.7761	1.2545	-0.2899	-0.1955	0.2698	-0.1713	0.381	-0.0062	-0.08	-0.2994	-0.0407	0.2217	-0.0262	0.0135	0.2577	-0.0242	0.1691	2.6337	16.6454	64.9539
2	3.8293	2.661	-0.4557	2.9135	-0.1865	8.1735	-0.0617	-0.7135	-0.59	0.2794	0.213	0.032	-0.0449	0.0076	-0.2376	0.2327	-0.0103	0.0006	0.2947	0.0203	0.4656	4.0712	3.1264	73.3737
3	3.8419	-1.213	-2.0933	3.7487	2.5863	3.4668	-0.0882	-0.3205	-0.0437	0.5308	-0.0576	-0.0588	0.1029	-0.4061	0.1182	0.2709	0.0188	-0.0158	0.3761	0.0551	0.2504	6.3253	14.8664	77.7251
4	2.8987	-0.8824	-2.1917	1.2516	1.5729	2.4559	0.1906	-0.092	0.6511	0.1046	0.1536	-0.1392	-0.8114	0.4832	-0.5165	0.4199	-0.0462	0.0006	0.274	-0.0058	0.4432	11.2415	27.3669	67.6993
5	2.2243	-0.6512	-0.493	6.2832	2.3174	1.9177	0.0243	-0.1233	-0.0688	0.1073	-0.0678	-0.0505	0.0764	-0.3048	-0.0387	0.2522	-0.0174	-0.0049	0.2798	0.0502	0.2717	9.7191	13.3147	69.1479
6	0.8555	0.6445	-2.0901	3.7472	-1.667	5.4742	0.0534	0.1046	-0.241	-0.1717	-0.5063	-0.1867	0.4756	-0.7111	0.5754	0.2523	-0.0526	0.0249	0.4372	-0.0099	0.5247	-2.5367	-0.5046	70.2339
7	2.8288	1.1317	-1.3796	7.461	0.8019	3.5856	0.0475	-0.0154	-0.6564	1.272	-0.1828	-0.911	0.0679	0.3953	0.347	0.4931	-0.0808	-0.1555	0.4168	0.234	0.6542	8.4166	0.2778	81.8563
8	6.715	0.7856	-0.8225	3.3357	1.7074	1.8893	-0.3144	0.0788	-0.3948	-0.1754	0.2973	-0.2043	-0.0475	0.2867	0.0315	0.2443	0.0189	0.0198	0.2955	-0.0364	0.1867	-14.3148	-2.8876	65.3117
9	2.796	1.1222	-0.2942	3.7849	-1.9763	5.8275	0.0447	-0.1424	0.5314	0.2893	0.1172	-0.1911	0.1076	0.1544	0.1047	0.2009	0.0016	0.0055	0.2562	-0.024	0.334	-15.7209	10.8242	73.295
10	2.3485	0.5814	-0.4624	4.5769	-3.0566	4.7918	0.0477	-0.3195	0.2153	0.2201	0.0039	0.311	0.0428	-0.0844	0.0049	0.2409	0.0004	0.0152	0.2395	-0.0679	0.3071	-20.9296	4.945	76.2102
11	2.798	1.3367	2.2643	2.016	1.1474	2.3794	0.1522	0.1439	-0.3451	0.4061	0.0003	0.0173	0.5244	0.524	-0.1756	0.3118	0.0237	0.0381	0.337	0.0184	0.3571	-17.2948	-9.8155	73.6673
12	4.8299	1.7674	5.6843	1.782	3.4468	8.31	0.5452	-0.5905	-1.4913	-0.0457	0.0793	-0.4975	1.4138	-0.1039	-0.7209	0.4956	-0.0371	0.0034	0.3471	0.1148	0.4477	-22.3261	-14.2338	74.8177
13	3.1146	-0.8857	1.2097	6.1473	-1.406	3.2265	-0.0589	-0.0599	0.2419	-0.0949	0.238	0.0957	0.215	-0.1428	-0.227	0.1331	0.0144	0.0229	0.2186	-0.0534	0.2123	-21.2756	0.9079	69.254
14	0.5544	0.0508	0.839	2.9107	1.2379	1.8445	-0.0451	-0.0794	0.2058	0.2406	-0.1036	0.0865	-0.0448	0.2541	0.1555	0.2531	-0.0586	-0.0067	0.3838	-0.0487	0.4398	-13.6073	14.214	74.8488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 88 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 90 through 117 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 118 through 125 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 126 through 133 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 22 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 23 through 39 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 40 through 57 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 58 through 81 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 82 through 88 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 90 through 117 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 118 through 133 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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