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万見
- PDB-5vfb: 1.36 Angstrom Resolution Crystal Structure of Malate Synthase G f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vfb
タイトル1.36 Angstrom Resolution Crystal Structure of Malate Synthase G from Pseudomonas aeruginosa in Complex with Glycolic Acid.
要素Malate synthase G
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Malate Synthase G / Glycolic Acid
機能・相同性
機能・相同性情報


malate synthase / malate synthase activity / glyoxylate catabolic process / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malate synthase G / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase / Malate synthase superfamily / Malate synthase, C-terminal superfamily / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains ...Malate synthase G / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase / Malate synthase superfamily / Malate synthase, C-terminal superfamily / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains / : / : / Malate synthase, TIM barrel domain / Malate synthase, N-terminal domain / Malate synthase, C-terminal / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCOLIC ACID / NICKEL (II) ION / Malate synthase G
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2017年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12026年2月11日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate synthase G
B: Malate synthase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,72018
ポリマ－158,0502
非ポリマー67016
水40,4802247
1
A: Malate synthase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3378
ポリマ－79,0251
非ポリマー3127
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Malate synthase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,38310
ポリマ－79,0251
非ポリマー3589
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.385, 111.712, 96.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Malate synthase G


分子量: 79025.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: glcB, PA0482 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q9I636, malate synthase

-
非ポリマー , 5種, 2263分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID


分子量: 76.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein: 14.6 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: PACT (A7), 0.2M Sodium chloride, 0.1M Sodium acetate pH (5.0), 20% (w/v) PEG 6000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月28日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→30 Å / Num. obs: 280381 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.087 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.36→1.38 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 13617 / CC1/2: 0.607 / Rpim(I) all: 0.426 / Rsym value: 0.715 / Χ2: 1.003 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S9Z

3s9z


解像度: 1.36→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.697 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16782 13944 5 %RANDOM
Rwork0.14333 ---
obs0.14453 266396 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 11.977 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.13 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.36→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11050 0 24 2247 13321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01912122
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.95316536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.867326207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.92651620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.67624.724561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.905152085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9941584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0240.0214181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0210.022427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6640.7256240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6640.7256239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0941.0877940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0941.0877941
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1490.845882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1490.845882
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7731.2128597
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.60511.07215067
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.9979.41114173
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.361→1.396 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 971 -
Rwork0.232 18812 -
obs--94.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52940.1323-0.04340.19690.13240.46160.03620.04810.0016-0.0138-0.02570.0131-0.0507-0.0271-0.01050.0090.00560.00030.0188-0.00070.01099.51692.247414.3757
20.09260.0126-0.06870.0877-0.0630.5095-0.0053-0.02360.0105-0.00030.0136-0.03270.05090.0057-0.00840.0233-0.0049-0.00840.0142-0.00590.018219.16130.567645.7744
30.1148-0.03350.05590.06750.10920.39050.005-0.00720.01670.0140.0015-0.01480.0043-0.0157-0.00650.0243-0.006-0.00050.0099-0.00290.021816.43895.538440.6158
40.26090.119-0.16030.2859-0.06590.44770.0137-0.0257-0.04830.025-0.001-0.04720.07080.0581-0.01270.02270.0078-0.01710.0111-0.00220.022224.3862-15.808822.9465
50.1461-0.03030.08850.0943-0.12570.49060.0024-0.0422-0.00380.02340.03060.0143-0.0056-0.0361-0.0330.01420.00520.00510.01860.00320.0039-7.830241.890127.482
67.57922.07122.61161.126-0.37463.3982-0.0242-0.0342-0.0175-0.0286-0.0776-0.05340.093-0.030.10170.0129-0.02040.01120.06770.00040.022-29.132747.108536.5022
70.1255-0.03480.04170.1305-0.15160.3545-0.0073-0.01030.0020.02960.01460.0023-0.01120.0076-0.00730.01440.00130.00070.012100.0031-2.3943.741419.1264
80.9208-0.1328-0.40280.16850.03760.5284-0.05920.0732-0.0840.00390.03920.04670.1154-0.09180.020.0365-0.0264-0.00180.03560.0070.0209-20.176132.11744.3812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2A92 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3A167 - 566
4X-RAY DIFFRACTION4A567 - 725
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 301
6X-RAY DIFFRACTION6B302 - 313
7X-RAY DIFFRACTION7B314 - 568
8X-RAY DIFFRACTION8B569 - 725

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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