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- PDB-5ve5: Crystal structure of persulfide dioxygenase rhodanese fusion prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ve5
タイトルCrystal structure of persulfide dioxygenase rhodanese fusion protein with rhodanese domain inactivating mutation (C314S) from Burkholderia phytofirmans in complex with glutathione
要素BpPRF
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / persulfide dioxygenase / rhodanese
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen sulfide metabolic process / sulfur dioxygenase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / : / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Metallo-beta-lactamase superfamily ...Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / : / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GLUTATHIONE / IMIDAZOLE / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-lactamase domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paraburkholderia phytofirmans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Motl, N. / Skiba, M.A. / Smith, J.L. / Banerjee, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM112455 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008353 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and biochemical analyses indicate that a bacterial persulfide dioxygenase-rhodanese fusion protein functions in sulfur assimilation.
著者: Motl, N. / Skiba, M.A. / Kabil, O. / Smith, J.L. / Banerjee, R.
履歴
登録2017年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BpPRF
B: BpPRF
C: BpPRF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,29615
ポリマ－124,8123
非ポリマー1,48412
水3,405189
1
A: BpPRF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2226
ポリマ－41,6041
非ポリマー6185
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BpPRF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0034
ポリマ－41,6041
非ポリマー3993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BpPRF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0725
ポリマ－41,6041
非ポリマー4684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.503, 83.503, 547.609
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

IMD

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 106 or resid 108...
21(chain B and (resid 0 through 106 or resid 108...
31(chain C and (resid 0 through 106 or resid 108 through 176 or resid 178 through 355))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISLEULEU(chain A and (resid 0 through 106 or resid 108...AA0 - 10620 - 126
12VALVALTYRTYR(chain A and (resid 0 through 106 or resid 108...AA108 - 176128 - 196
13GLYGLYLEULEU(chain A and (resid 0 through 106 or resid 108...AA178 - 230198 - 250
14PROPROGLYGLY(chain A and (resid 0 through 106 or resid 108...AA241 - 355261 - 375
21HISHISLEULEU(chain B and (resid 0 through 106 or resid 108...BB0 - 10620 - 126
22VALVALTYRTYR(chain B and (resid 0 through 106 or resid 108...BB108 - 176128 - 196
23GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 0 through 106 or resid 108...BB178 - 230198 - 250
24PROPROGLYGLY(chain B and (resid 0 through 106 or resid 108...BB241 - 355261 - 375
31HISHISLEULEU(chain C and (resid 0 through 106 or resid 108 through 176 or resid 178 through 355))CC0 - 10620 - 126
32VALVALTYRTYR(chain C and (resid 0 through 106 or resid 108 through 176 or resid 178 through 355))CC108 - 176128 - 196
33GLYGLYGLYGLY(chain C and (resid 0 through 106 or resid 108 through 176 or resid 178 through 355))CC178 - 355198 - 375

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 BpPRF / Beta-lactamase domain protein


分子量: 41604.047 Da / 分子数: 3 / 変異: C314S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paraburkholderia phytofirmans (strain DSM 17436 / LMG 22146 / PsJN) (バクテリア)
株: DSM 17436 / LMG 22146 / PsJN / 遺伝子: Bphyt_4191 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B2TEQ2, persulfide dioxygenase, thiosulfate sulfurtransferase

-
非ポリマー , 6種, 201分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M imidazole, pH 8.0, 0.12 M sodium chloride, 25% PEG8000, 5 mM GSH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月14日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→46.558 Å / Num. obs: 49143 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.645 % / Biso Wilson estimate: 49.16 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 1.321 / Net I/σ(I): 10.98 / Num. measured all: 424862
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.34-2.499.1561.3931.7576940.9351.47699
2.49-2.669.0470.912.5472910.9660.965100
2.66-2.878.8760.5523.9568590.9810.58799.9
2.87-3.148.4280.3046.4863070.9890.32499.9
3.14-3.518.280.16610.8857780.9950.17799.9
3.51-4.058.8590.10718.4851320.9970.11399.9
4.05-4.958.4320.07625.6144160.9970.08199.3
4.95-6.967.6380.06526.3335150.9980.0798.9
6.96-46.5587.9150.0535.4921510.9980.05398

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 5VE4

5ve4


解像度: 2.35→43.656 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 2584 2.92 %
Rwork0.1973 --
obs0.1989 48680 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 221.53 Å2 / Biso mean: 76.6859 Å2 / Biso min: 36.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→43.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8136 0 74 189 8399
Biso mean--85.12 58.44 -
残基数----1046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0138406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98311375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6164951
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4880X-RAY DIFFRACTION15.488TORSIONAL
12B4880X-RAY DIFFRACTION15.488TORSIONAL
13C4880X-RAY DIFFRACTION15.488TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.39520.3931440.35314798494299
2.3952-2.44410.33711380.329647984936100
2.4441-2.49720.39781460.3144730487699
2.4972-2.55530.32841450.302347694914100
2.5553-2.61920.34331460.27834828497499
2.6192-2.690.32751460.26714763490999
2.69-2.76920.31871430.269747444887100
2.7692-2.85850.30461450.25614726487199
2.8585-2.96070.3531450.248248124957100
2.9607-3.07920.34111430.234948104953100
3.0792-3.21930.27871400.229248044944100
3.2193-3.38890.33691480.229347274875100
3.3889-3.60120.24711440.195248054949100
3.6012-3.87910.23161460.179847624908100
3.8791-4.26910.22971490.157147774926100
4.2691-4.88620.17881490.145948034952100
4.8862-6.15330.23431320.15694759489199
6.1533-43.66390.17461350.15184773490899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9927-0.855-1.03952.3242-1.74983.75340.01020.2141-0.1122-0.20420.05080.135-0.42390.0099-0.06880.7170.0385-0.07790.6450.05610.217421.338519.7641-41.0585
20.92480.17260.42530.5152-0.62411.6272-0.1508-0.19820.17150.44980.13470.0853-0.8828-0.3121-0.09951.1650.1829-0.03780.74840.14130.130618.051725.1678-31.6525
31.3539-0.57430.28050.9152-0.46321.51660.0597-0.13370.01860.226-0.1392-0.117-0.10470.28990.04970.8074-0.0171-0.05790.76590.13730.268830.49197.8366-29.1772
43.4905-2.5557-0.50354.99162.20151.2460.0973-0.4210.1041-0.0402-0.1239-0.5746-0.36620.4583-0.07591.2065-0.1458-0.09520.92550.10950.422138.173425.6162-26.3913
50.3682-0.07631.02880.0169-0.2192.8432-0.37360.01780.3780.7531-0.1968-0.0762-1.4210.65560.63151.4083-0.0494-0.19440.79660.07270.47121.951641.2416-44.6991
61.5001-0.42221.34072.113-2.23625.3907-0.3880.33980.71390.0094-0.1848-0.2127-0.87180.40080.52211.1382-0.0959-0.25160.6060.10010.538421.174247.3204-60.5338
72.81060.85-3.03431.8507-1.23243.34090.1580.04820.14470.0003-0.1359-0.0783-0.6633-0.00130.0531.0005-0.10450.04310.74390.09840.285830.668727.90496.3071
80.62760.20790.04660.1238-0.29582.1103-0.16220.30430.0342-0.41310.20880.01210.0814-0.10860.02171.0622-0.01810.03770.79670.12280.22528.877820.5691-1.7947
90.6729-0.6835-0.36040.78990.59570.8819-0.01690.2096-0.1184-0.41630.0389-0.37570.5390.3886-0.04150.9445-0.02860.0490.82380.16890.334135.472511.82614.1144
101.2214-0.218-0.34661.024-0.69392.01580.12450.1038-0.0428-0.1806-0.02740.0983-0.0137-0.1911-0.06640.8785-0.04160.00850.78260.12430.260320.762111.227517.3581
110.3275-0.43320.35290.9146-0.5680.41080.33590.42950.0358-0.07820.10690.2758-0.7759-1.0696-0.51351.2297-0.1463-0.15021.17070.31610.405911.425217.12531.2186
122.6531-0.63040.40084.0033-0.510.1069-0.30110.66850.914-0.4430.30720.09670.2145-0.17170.07051.11550.00780.08351.19150.3160.404627.936141.2725-9.1635
131.29720.6306-1.21241.9849-1.57993.35670.35840.30510.76950.48380.36960.725-1.3055-0.3506-0.36281.86930.28810.32841.14940.55990.977430.13461.7378-8.2397
140.79871.896-1.15254.5002-2.73611.66180.00930.72160.5578-0.46640.41760.6094-0.0713-0.7575-0.86741.61040.63750.58111.5180.7521.271217.9959.7469-8.2554
151.11991.2508-1.42712.5827-2.82235.73540.1603-0.01880.16620.12290.22680.39130.363-0.5374-0.10611.35580.24330.46771.0840.54390.861523.860253.3769-1.2698
166.30991.0688-0.60725.5622-1.35287.3541-0.12181.16090.95710.24980.92810.4627-1.0502-0.8964-0.61541.09280.0710.21911.11420.40290.613232.078554.2196-7.702
174.2576-1.2913-0.16714.5-1.13384.54850.30350.48530.46630.3562-0.3136-0.018-0.68720.4493-0.02951.0847-0.09330.13740.72960.0790.30424.943230.996124.6439
180.60390.64750.23061.1065-0.15580.54730.521-0.56610.40060.7669-0.22410.3399-0.9530.1828-0.05351.6648-0.2280.29371.00160.0140.42523.84236.878234.3506
190.59610.48310.49251.0045-0.85053.12180.6239-0.23580.53920.5454-0.08790.1627-1.35150.0719-0.39131.5717-0.12780.40790.86050.07610.575830.437547.14216.7619
200.72570.55040.25071.8278-0.31310.61860.10930.29380.41540.24540.22470.1868-0.5706-0.1577-0.29861.52160.12070.63491.05350.27070.74699.879843.959126.5769
212.11631.3276-0.54614.9542-2.25557.1339-0.11280.23450.35060.31060.49050.7622-0.2798-0.5037-0.40140.69580.03690.08090.92060.25470.42831.30668.979532.8234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 21 )A-1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 110 )A22 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 111 through 209 )A111 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 210 through 227 )A210 - 227
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 228 through 257 )A228 - 257
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 258 through 356 )A258 - 356
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -1 through 46 )B-1 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 47 through 84 )B47 - 84
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 85 through 110 )B85 - 110
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 111 through 209 )B111 - 209
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 210 through 227 )B210 - 227
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 228 through 263 )B228 - 263
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 264 through 288 )B264 - 288
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 289 through 309 )B289 - 309
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 310 through 329 )B310 - 329
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 330 through 355 )B330 - 355
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 0 through 21 )C0 - 21
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 22 through 110 )C22 - 110
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 111 through 208 )C111 - 208
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 209 through 245 )C209 - 245
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 246 through 356 )C246 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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