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- PDB-5ve4: Crystal structure of persulfide dioxygenase-rhodanese fusion prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ve4
タイトルCrystal structure of persulfide dioxygenase-rhodanese fusion protein with rhodanese domain inactivating mutation (C314S) from Burkholderia phytofirmans
要素BpPRF
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / persulfide dioxygenase / rhodanese
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen sulfide metabolic process / sulfur dioxygenase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Metallo-beta-lactamase superfamily ...: / Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-lactamase domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paraburkholderia phytofirmans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Motl, N. / Skiba, M.A. / Smith, J.L. / Banerjee, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM112455 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008353 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and biochemical analyses indicate that a bacterial persulfide dioxygenase-rhodanese fusion protein functions in sulfur assimilation.
著者: Motl, N. / Skiba, M.A. / Kabil, O. / Smith, J.L. / Banerjee, R.
履歴
登録2017年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BpPRF
B: BpPRF
C: BpPRF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,35312
ポリマ－124,8123
非ポリマー5419
水1,58588
1
A: BpPRF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8945
ポリマ－41,6041
非ポリマー2904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BpPRF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7644
ポリマ－41,6041
非ポリマー1603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BpPRF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6953
ポリマ－41,6041
非ポリマー912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.504, 84.504, 549.379
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-531-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...
21(chain B and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...
31(chain C and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASPASP(chain A and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...AA1 - 14421 - 164
12ARGARGTYRTYR(chain A and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...AA147 - 176167 - 196
13GLYGLYGLUGLU(chain A and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...AA178 - 187198 - 207
14ARGARGGLYGLY(chain A and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...AA189 - 229209 - 249
15PROPROASNASN(chain A and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...AA241 - 354261 - 374
21METMETASPASP(chain B and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...BB1 - 14421 - 164
22ARGARGTYRTYR(chain B and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...BB147 - 176167 - 196
23GLYGLYGLUGLU(chain B and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...BB178 - 187198 - 207
24ARGARGGLYGLY(chain B and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...BB189 - 229209 - 249
25PROPROASNASN(chain B and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...BB241 - 354261 - 374
31METMETASPASP(chain C and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...CC1 - 14421 - 164
32ARGARGTYRTYR(chain C and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...CC147 - 176167 - 196
33GLYGLYGLUGLU(chain C and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...CC178 - 187198 - 207
34ARGARGGLYGLY(chain C and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...CC189 - 229209 - 249
35PROPROASNASN(chain C and (resseq 1:144 or resseq 147:176 or resseq...CC241 - 354261 - 374

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 BpPRF / Beta-lactamase domain protein


分子量: 41604.047 Da / 分子数: 3 / 変異: C314S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paraburkholderia phytofirmans (strain DSM 17436 / LMG 22146 / PsJN) (バクテリア)
株: DSM 17436 / LMG 22146 / PsJN / 遺伝子: Bphyt_4191 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B2TEQ2, persulfide dioxygenase, thiosulfate sulfurtransferase

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非ポリマー , 6種, 97分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M imidazole, pH 8.0, 0.12 M sodium chloride, 25% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月9日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→46.876 Å / Num. obs: 35549 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.592 % / Biso Wilson estimate: 62.15 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.207 / Net I/σ(I): 11.59 / Num. measured all: 305449
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.65-2.818.651.2291.955560.9061.30699.9
2.81-39.1360.7493.1552380.9640.793100
3-3.248.9310.433549470.9780.46100
3.24-3.548.5880.2278.3245640.9930.24299.9
3.54-3.968.3250.13313.2641500.9950.14299.9
3.96-4.578.6180.0920.3337110.9960.09699.8
4.57-5.588.6360.07723.6332130.9970.08299.8
5.58-7.847.870.07224.0925610.9970.07799.7
7.84-46.8767.2830.04733.5916090.9980.0598.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5VE3

5ve3


解像度: 2.65→46.876 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 1859 2.93 %
Rwork0.232 --
obs0.233 35305 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 186.88 Å2 / Biso mean: 82.0371 Å2 / Biso min: 20.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→46.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8131 0 24 88 8243
Biso mean--65.93 45.55 -
残基数----1045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078357
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69311314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8434945
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4831X-RAY DIFFRACTION10.802TORSIONAL
12B4831X-RAY DIFFRACTION10.802TORSIONAL
13C4831X-RAY DIFFRACTION10.802TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.65-2.72170.50391510.40544730488199
2.7217-2.80170.41921430.371947054848100
2.8017-2.89220.3851380.340647124850100
2.8922-2.99550.35871490.326147634912100
2.9955-3.11540.3491400.315947704910100
3.1154-3.25720.35651400.30247544894100
3.2572-3.42890.33271440.287546994843100
3.4289-3.64360.25191490.262247424891100
3.6436-3.92480.24081440.229247324876100
3.9248-4.31950.21971450.192847564901100
4.3195-4.9440.19571490.172747674916100
4.944-6.22660.27111310.193447494880100
6.2266-46.88330.21741360.183747644900100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4866-3.88293.16723.5464-0.37898.2219-0.08220.3889-0.1167-0.41120.08010.2191-0.4740.0113-0.0270.7685-0.0467-0.11630.58130.17280.528721.028919.576-41.3104
22.75711.08621.97864.6056-1.02467.7387-0.0564-0.07420.58560.82590.03210.2411-1.3763-0.5083-0.02261.02790.0633-0.04040.67650.07270.567318.500627.8412-35.0699
34.22331.40254.32813.56933.55627.6318-0.2629-0.72730.12820.16770.09920.3333-1.0252-1.06850.19730.85420.0870.06870.95740.18790.557714.021418.4869-25.0869
43.2536-1.0610.76262.8684-1.41284.1649-0.0612-0.2788-0.03490.2768-0.0757-0.2495-0.08930.56210.10540.6557-0.0662-0.05010.76710.17130.54629.48347.5665-29.2585
58.9042-6.9976-0.15349.40660.33674.13180.334-0.10440.54230.5257-0.399-2.0582-0.74710.84550.25080.9706-0.229-0.21760.99750.25291.02737.103225.6387-26.3152
60.071-0.8560.71277.2625-5.85014.6676-0.6499-0.37740.49550.42580.31910.3239-1.7809-0.27020.54521.29480.0012-0.29340.87150.0350.950518.537243.1601-46.8894
75.9636-2.38120.06011.0177-0.27143.4394-0.17880.41361.551-0.50360.0656-0.3278-1.07870.43490.43291.4925-0.218-0.42390.77180.37951.063518.4650.1027-66.5859
86.6672-0.6194-0.22791.64530.35315.3416-0.3373-0.23751.041-0.3001-0.2211-0.9282-1.13911.03060.61731.2878-0.2454-0.26360.97940.34881.121726.802548.2663-62.0874
91.9093-0.35-0.5913.20540.05142.91310.0572-0.05750.71950.1721-0.4928-0.1607-0.89470.16410.44141.2618-0.2181-0.34450.83820.16080.893518.746344.1516-59.7001
103.35332.6007-1.38534.4278-2.20195.9364-0.05710.12310.1552-0.46010.1075-0.0822-0.1230.1402-0.04430.7774-0.0336-0.00570.75530.15940.52328.771324.9162.6788
112.81480.9399-2.81943.6828-1.86615.4828-0.12250.0913-0.0929-0.22560.0691-0.03210.2645-0.13460.06720.7240.0194-0.00670.76190.19970.522824.087712.155114.247
122.96022.3956-1.99581.9215-1.57183.385-0.15480.60180.6523-0.73650.93010.9020.5867-1.0029-0.74680.9599-0.0047-0.02991.13040.30150.752312.64617.47262.9104
130.87470.4778-0.35648.4063-2.41955.26140.36210.51460.91930.27410.31230.6921-1.4295-0.8476-0.64431.19590.16930.23151.11650.42251.137526.34955.0974-7.0885
146.8324-3.92727.6388.1703-5.75029.29560.20490.15810.91490.189-0.6415-0.3388-0.19560.6570.39421.0024-0.07780.15230.97690.16370.615523.88931.223524.5168
152.43070.5735-1.32254.5754-0.65495.78380.5976-0.60210.34651.2637-0.27210.2835-1.59480.3566-0.3271.4478-0.22640.20791.02230.0170.676524.527639.065931.0686
166.8049-5.78892.66735.7679-0.74153.90190.6221-0.43020.5660.114-0.10890.3489-2.0972-0.1187-0.45911.9717-0.25150.42730.93420.12411.007626.247556.104819.0742
178.30052.79860.00343.53770.33460.19740.65770.1710.92110.0568-0.4230.2731-0.8050.2673-0.29011.2314-0.27370.13490.93690.09870.634530.289739.939416.2815
183.6351.9856-5.16777.8582-2.18187.40250.78840.81941.22130.05720.02970.3583-1.5061-0.5903-0.90641.3346-0.1130.11030.83060.06490.857824.67451.369611.3508
191.46231.9914-2.40726.7319-3.1143.27670.3954-0.2950.13931.0477-0.23470.5768-1.0540.0022-0.19111.25080.11490.20180.96680.18670.82996.799726.095536.6054
204.1161.18660.59416.6416-0.17770.2847-0.09030.47160.0441-0.2190.55431.03180.1927-1.1054-0.46220.72280.05020.05951.18870.43210.8428-3.60984.208431.0382
218.7545-1.6351-0.24055.44470.79179.0416-0.26520.10170.43250.20440.44530.4483-0.5568-0.7245-0.27410.66690.03880.09250.88520.28670.72341.350110.413932.6629
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 21 )A0 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 81 )A22 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 110 )A82 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 111 through 209 )A111 - 209
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 210 through 227 )A210 - 227
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 228 through 263 )A228 - 263
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 264 through 293 )A264 - 293
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 294 through 317 )A294 - 317
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 318 through 356 )A318 - 356
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid -1 through 84 )B-1 - 84
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 85 through 199 )B85 - 199
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 200 through 245 )B200 - 245
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 246 through 354 )B246 - 354
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 0 through 21 )C0 - 21
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 22 through 142 )C22 - 142
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 143 through 159 )C143 - 159
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 160 through 183 )C160 - 183
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 184 through 220 )C184 - 220
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 221 through 263 )C221 - 263
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 264 through 303 )C264 - 303
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 304 through 356 )C304 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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