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- PDB-5vdi: Crystal Structure of Human Glycine Receptor alpha-3 Mutant N38Q B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vdi
タイトルCrystal Structure of Human Glycine Receptor alpha-3 Mutant N38Q Bound to AM-3607, Glycine, and Ivermectin
要素Glycine receptor subunit alpha-3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ligand-gated ion channel / neurotransmitter receptor / membrane protein / cys-loop receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine-gated chloride ion channel activity / glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / transmembrane transporter complex / response to amino acid / chloride transmembrane transport / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential ...glycine-gated chloride ion channel activity / glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / transmembrane transporter complex / response to amino acid / chloride transmembrane transport / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / protein homooligomerization / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / perikaryon / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / dendrite / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine receptor alpha3 / Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region ...Glycine receptor alpha3 / Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7C6 / GLYCINE / Chem-IVM / Glycine receptor subunit alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Shaffer, P.L. / Huang, X. / Chen, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Crystal Structures of Human GlyR alpha 3 Bound to Ivermectin.
著者: Huang, X. / Chen, H. / Shaffer, P.L.
履歴
登録2017年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycine receptor subunit alpha-3
B: Glycine receptor subunit alpha-3
C: Glycine receptor subunit alpha-3
D: Glycine receptor subunit alpha-3
E: Glycine receptor subunit alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,44225
ポリマ－209,3575
非ポリマー7,08520
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27490 Å2
ΔGint-285 kcal/mol
Surface area63970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.006, 136.000, 191.635
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETILEILEAA8 - 3448 - 344
21METMETILEILEBB8 - 3448 - 344
12METMETTYRTYRAA8 - 3458 - 345
22METMETTYRTYRCC8 - 3458 - 345
13METMETILEILEAA8 - 3448 - 344
23METMETILEILEDD8 - 3448 - 344
14METMETTYRTYRAA8 - 3458 - 345
24METMETTYRTYREE8 - 3458 - 345
15METMETILEILEBB8 - 3448 - 344
25METMETILEILECC8 - 3448 - 344
16PROPROLYSLYSBB7 - 3467 - 346
26PROPROLYSLYSDD7 - 3467 - 346
17METMETILEILEBB8 - 3448 - 344
27METMETILEILEEE8 - 3448 - 344
18METMETILEILECC8 - 3448 - 344
28METMETILEILEDD8 - 3448 - 344
19METMETTYRTYRCC8 - 3458 - 345
29METMETTYRTYREE8 - 3458 - 345
110METMETILEILEDD8 - 3448 - 344
210METMETILEILEEE8 - 3448 - 344

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Glycine receptor subunit alpha-3


分子量: 41871.426 Da / 分子数: 5
断片: UNP residues 34-342, ATG linker, UNP residues 419-460
変異: N38Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLRA3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75311

-
非ポリマー , 5種, 136分子

#2: 化合物
ChemComp-7C6 / (3S,3aS,9bS)-2-[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)sulfonyl]-3,5-dimethyl-1,2,3,3a,5,9b-hexahydro-4H-pyrrolo[3,4-c][1,6]naphthyridin-4-one / AM-3607


分子量: 401.436 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N3O5S
#3: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物
ChemComp-IVM / (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H-spiro[11,15-methanofuro[4,3,2-pq][2,6]benzodioxacy clooctadecine-13,2'-pyran]-7-yl 2,6-dideoxy-4-O-(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside / 22,23-DIHYDROAVERMECTIN B1A / IVERMECTIN


分子量: 875.093 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H74O14 / コメント: 抗寄生虫剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM calcium chloride, 22.5-27.5% PEG350 MME, 100 mM MES, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.2827 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 65697 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.896 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5TIN

5tin


解像度: 3.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / SU B: 38.493 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.961 / ESU R Free: 0.373 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1224 1.9 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.233 64390 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 61.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.33 Å20 Å20 Å2
2--10.2 Å20 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13509 0 480 116 14105
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0214396
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1242.00619684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7513.00430310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.27551693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2423.74599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.933152242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5321565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.22263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02115773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A203780.04
12B203780.04
21A206150.02
22C206150.02
31A206990.03
32D206990.03
41A206880.04
42E206880.04
51B205440.03
52C205440.03
61B205530.03
62D205530.03
71B204980.03
72E204980.03
81C205040.03
82D205040.03
91C205880.03
92E205880.03
101D206450.03
102E206450.03
LS精密化 シェル解像度: 3.08→3.16 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 77 -
Rwork0.378 3913 -
obs--81.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58470.26810.38411.17381.11291.24420.0258-0.31110.0310.068-0.19660.14660.0659-0.34520.17070.5845-0.03850.02260.6076-0.11480.0387-55.613-24.82329.584
20.71750.30560.30930.82360.90071.2908-0.0875-0.02350.154-0.0982-0.07060.1464-0.157-0.13280.15810.64730.1015-0.03720.4437-0.04940.0457-44.07-9.29913.608
30.42940.0391-0.01720.68010.8621.42860.0118-0.02490.0899-0.04280.0272-0.0511-0.11350.0319-0.0390.61330.0078-0.00530.4678-0.0690.0368-19.182-12.14816.618
40.31010.19370.16981.00320.89671.02560.049-0.2348-0.07670.06090.0832-0.09180.09450.1609-0.13220.6340.0666-0.07630.5778-0.03360.0471-15.363-29.80534.139
50.67690.32950.34441.41151.28081.3310.0873-0.5084-0.09950.1391-0.09320.03660.1686-0.14550.00590.736-0.0426-0.02940.57830.08580.023-37.985-37.80742.191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 345
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 405
3X-RAY DIFFRACTION2B6 - 348
4X-RAY DIFFRACTION2B401 - 404
5X-RAY DIFFRACTION3C8 - 345
6X-RAY DIFFRACTION3C501 - 503
7X-RAY DIFFRACTION4D7 - 347
8X-RAY DIFFRACTION4D401 - 405
9X-RAY DIFFRACTION5E8 - 345
10X-RAY DIFFRACTION5E401 - 403

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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