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- PDB-5vbs: Structural basis for a six letter alphabet including GATCKX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vbs
タイトルStructural basis for a six letter alphabet including GATCKX
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*TP*(DX)P*(DX)P*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*(93D)P*(93D)P*AP*TP*AP*AP*G)-3')
  • reverse transcriptase catalytic fragment
キーワードtransferase/dna / Protein-DNA / AEGIS / unnatural base pair / host-guest system / transferase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein ...Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.749 Å
データ登録者Singh, I. / Georgiadis, M.M.
引用ジャーナル: ACS Synth Biol / 年: 2017
タイトル: Structure and Biophysics for a Six Letter DNA Alphabet that Includes Imidazo[1,2-a]-1,3,5-triazine-2(8H)-4(3H)-dione (X) and 2,4-Diaminopyrimidine (K).
著者: Singh, I. / Kim, M.J. / Molt, R.W. / Hoshika, S. / Benner, S.A. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2017年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: reverse transcriptase catalytic fragment
B: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*TP*(DX)P*(DX)P*T)-3')
G: DNA (5'-D(P*AP*(93D)P*(93D)P*AP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2003
ポリマ－34,2003
非ポリマー00
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.999, 145.643, 46.876
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-389-

HOH

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要素

#1: タンパク質 reverse transcriptase catalytic fragment / Pr180gag-pol


分子量: 29347.754 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 683-987 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (isolate Shinnick) (ウイルス)
株: isolate Shinnick / 遺伝子: gag-pol
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P03355, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*TP*(DX)P*(DX)P*T)-3')


分子量: 2434.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*(93D)P*(93D)P*AP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量: 2417.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→100 Å / Num. obs: 38374 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 18.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.784.40.2990.9320.1540.3380.86392.3
1.78-1.814.60.2610.9470.1310.2930.83693.2
1.81-1.854.80.2380.9610.1170.2650.91694.7
1.85-1.894.90.2070.9690.10.2310.93795.4
1.89-1.935.30.1790.9760.0840.1990.97498.7
1.93-1.975.30.1530.9820.0710.1691.0499.7
1.97-2.025.40.1190.9890.0550.1321.06999.9
2.02-2.075.40.1030.9910.0470.1141.03999.8
2.07-2.145.30.0890.9930.0410.0981.04299.8
2.14-2.25.40.0790.9950.0360.0870.99599.9
2.2-2.285.40.0680.9950.0310.0760.98399.9
2.28-2.385.40.0570.9970.0260.0630.948100
2.38-2.485.40.0480.9970.0220.0530.895100
2.48-2.615.50.0430.9980.0190.0470.848100
2.61-2.785.50.0380.9980.0170.0410.811100
2.78-2.995.60.0310.9990.0140.0340.77100
2.99-3.295.60.0250.9990.0110.0280.685100
3.29-3.775.60.0220.9990.010.0240.66100
3.77-4.755.50.020.9990.0090.0220.627100
4.75-10050.0270.9980.0130.031.11695.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XO0

1xo0


解像度: 1.749→33.722 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 1842 4.81 %
Rwork0.2086 --
obs0.21 38305 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.57 Å2 / Biso mean: 27.3772 Å2 / Biso min: 8.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.749→33.722 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1968 324 0 188 2480
Biso mean---25.19 -
残基数----262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1143311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.225889
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7489-1.79620.25111200.21082547266791
1.7962-1.8490.25681210.2192655277694
1.849-1.90870.27691320.22612723285597
1.9087-1.97690.25381400.212927992939100
1.9769-2.05610.22971500.205828162966100
2.0561-2.14960.22771280.208228142942100
2.1496-2.26290.24051380.214528362974100
2.2629-2.40470.23841320.208728442976100
2.4047-2.59030.24081660.217828453011100
2.5903-2.85080.23861610.22528262987100
2.8508-3.26310.26391330.217828873020100
3.2631-4.110.22071650.202628923057100
4.11-33.72810.23121560.18912979313597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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