PDB-5vao: Crystal structure of eVP30 C-terminus and eNP peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vao

タイトル

Crystal structure of eVP30 C-terminus and eNP peptide

要素

Minor nucleoprotein VP30
NP

キーワード

VIRAL PROTEIN / functional class / known biologyical activity

機能・相同性

機能・相同性情報

viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ebola virus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

XU, W. / Leung, D.W. / Amarasinghe, G.K.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Ebola virus VP30 and nucleoprotein interactions modulate viral RNA synthesis.
著者: Xu, W. / Luthra, P. / Wu, C. / Batra, J. / Leung, D.W. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K.

履歴

登録	2017年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vao.cif.gz	243.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vao.ent.gz	201.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vao_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vao_full_validation.pdf.gz	493.6 KB	表示
XML形式データ	5vao_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	5vao_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/5vao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/5vao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vapC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lus-d 1vh0-2 2k2r-d 6i9f-d 3p3k-d 3i9x-d 1rqc-9 1cv8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Minor nucleoprotein VP30

B: Minor nucleoprotein VP30

C: Minor nucleoprotein VP30

D: Minor nucleoprotein VP30

E: NP

F: NP

G: NP

H: NP

ヘテロ分子

64.3 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Minor nucleoprotein VP30

F: NP

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Minor nucleoprotein VP30

E: NP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Minor nucleoprotein VP30

H: NP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Minor nucleoprotein VP30

G: NP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	139.478, 139.478, 161.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	140 - 265	2 - 127
2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	140 - 265	2 - 127
1	2	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	140 - 265	2 - 127
2	2	PRO	PRO	VAL	VAL	C	C	140 - 265	2 - 127
1	3	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	140 - 265	2 - 127
2	3	PRO	PRO	VAL	VAL	D	D	140 - 265	2 - 127
1	4	GLY	GLY	GLN	GLN	B	B	139 - 267	1 - 129
2	4	GLY	GLY	GLN	GLN	C	C	139 - 267	1 - 129
1	5	GLY	GLY	GLN	GLN	B	B	139 - 267	1 - 129
2	5	GLY	GLY	GLN	GLN	D	D	139 - 267	1 - 129
1	6	GLY	GLY	GLN	GLN	C	C	139 - 267	1 - 129
2	6	GLY	GLY	GLN	GLN	D	D	139 - 267	1 - 129
1	7	PRO	PRO	ARG	ARG	E	E	602 - 612	1 - 11
2	7	PRO	PRO	ARG	ARG	F	F	602 - 612	1 - 11
1	8	PRO	PRO	ARG	ARG	E	E	602 - 612	1 - 11
2	8	PRO	PRO	ARG	ARG	G	G	602 - 612	1 - 11
1	9	PRO	PRO	ARG	ARG	E	E	602 - 612	1 - 11
2	9	PRO	PRO	ARG	ARG	H	H	602 - 612	1 - 11
1	10	PRO	PRO	ARG	ARG	F	F	602 - 612	1 - 11
2	10	PRO	PRO	ARG	ARG	G	G	602 - 612	1 - 11
1	11	PRO	PRO	ARG	ARG	F	F	602 - 612	1 - 11
2	11	PRO	PRO	ARG	ARG	H	H	602 - 612	1 - 11
1	12	PRO	PRO	ARG	ARG	G	G	602 - 612	1 - 11
2	12	PRO	PRO	ARG	ARG	H	H	602 - 612	1 - 11

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Minor nucleoprotein VP30 / Transcription activator VP30 分子量: 14592.928 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 139-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: VP30 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q77DJ5
#2: タンパク質・ペプチド	NP 分子量: 1168.363 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 601-611 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D5W865, UniProt: O72142*PLUS

#1: タンパク質

Minor nucleoprotein VP30 / Transcription activator VP30

分子量: 14592.928 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 139-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: VP30 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q77DJ5

#2: タンパク質・ペプチド

NP

分子量: 1168.363 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 601-611 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Ebola virus (エボラウイルス) / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D5W865, UniProt: O72142*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 130分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 20%w/v PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792601 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月20日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792601 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→105.55 Å / Num. obs: 26327 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 1.826 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
2.55-2.59	4.3	0.982	0.578	0.497	0.698	94.9
2.59-2.64	5.2	0.939	0.68	0.433	0.757	98.6
2.64-2.69	6.2	0.857	0.744	0.365	1.037	99.9	0.933
2.69-2.75	7.5	0.793	0.816	0.307	0.744	99.9	0.851
2.75-2.81	8	0.722	0.86	0.272	0.73	100	0.772
2.81-2.87	8.1	0.633	0.907	0.237	0.723	100	0.677
2.87-2.94	8.2	0.505	0.93	0.188	0.749	100	0.539
2.94-3.02	8.2	0.448	0.936	0.167	0.769	100	0.478
3.02-3.11	8.2	0.345	0.957	0.129	0.843	100	0.369
3.11-3.21	8.2	0.279	0.974	0.104	0.802	100	0.298
3.21-3.33	8.2	0.207	0.987	0.077	0.817	100	0.221
3.33-3.46	8.1	0.176	0.991	0.066	1.021	100	0.188
3.46-3.62	8.2	0.122	0.995	0.046	0.931	100	0.13
3.62-3.81	8.1	0.104	0.995	0.039	1.125	100	0.111
3.81-4.05	8.1	0.076	0.997	0.029	1.139	100	0.081
4.05-4.36	8	0.064	0.997	0.024	1.379	100	0.069
4.36-4.8	8	0.061	0.998	0.023	1.441	100	0.065
4.8-5.49	7.9	0.064	0.997	0.024	1.951	100	0.068
5.49-6.92	7.7	0.07	0.995	0.027	2.528	100	0.075
6.92-50	7.3	0.053	0.99	0.021	15.204	100	0.057

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.56→105.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 18.384 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.638 / ESU R Free: 0.286
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	1144	5.1 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.1851	21271	86.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 151.38 Å² / B_iso mean: 44.998 Å² / B_iso min: 8.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.56→105.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4407	0	68	112	4587
B_iso mean	-	-	69.9	33.15	-
残基数	-	-	-	-	558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	4565
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.209	1.981	6169
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	10344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.48	5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.888	22.865	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.492	15	812
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.38	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	4863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	903

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8008	0.07
1	2	B	8008	0.07
2	1	A	7878	0.09
2	2	C	7878	0.09
3	1	A	7898	0.08
3	2	D	7898	0.08
4	1	B	8066	0.08
4	2	C	8066	0.08
5	1	B	8114	0.07
5	2	D	8114	0.07
6	1	C	8030	0.09
6	2	D	8030	0.09
7	1	E	418	0.17
7	2	F	418	0.17
8	1	E	424	0.07
8	2	G	424	0.07
9	1	E	428	0.11
9	2	H	428	0.11
10	1	F	418	0.19
10	2	G	418	0.19
11	1	F	418	0.17
11	2	H	418	0.17
12	1	G	432	0.09
12	2	H	432	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.558→2.625 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	10	-
R_work	0.353	95	-
all	-	105	-
obs	-	-	5.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.969	2.3576	-0.5243	1.4808	-1.4351	3.5388	-0.3779	0.4725	0.2043	-0.0418	0.0827	-0.006	0.525	0.0592	0.2952	0.7119	-0.0703	0.0752	0.1191	-0.0641	0.2001	-30.9187	-40.7071	-47.8286
2	9.0812	-1.569	-2.9559	3.7475	2.2693	2.0771	-0.2336	-0.078	-0.2434	-0.048	-0.0346	0.0225	0.0388	0.0226	0.2682	0.1341	0.0071	-0.0229	0.1207	-0.0246	0.2115	-22.4089	-39.1014	-45.0214
3	7.057	0.131	-1.8289	2.433	0.4678	0.5777	-0.2256	-0.1683	-0.1101	-0.1281	0.2113	-0.0892	0.0322	0.0849	0.0143	0.1297	0.0227	-0.0259	0.1536	-0.042	0.1531	-15.8675	-34.2866	-45.7668
4	0.599	-0.9652	1.8085	2.4609	-1.3994	8.0343	-0.0207	-0.047	0.0479	-0.1239	0.0642	-0.2202	-0.33	-0.2321	-0.0435	0.1519	-0.0459	-0.0289	0.204	-0.044	0.1232	-13.1209	-27.3114	-51.9891
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6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	170 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	180 - 186
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	187 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	193 - 196
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	197 - 202
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	203 - 210
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	211 - 214
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	215 - 220
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	221 - 226
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	227 - 230
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	231 - 235
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	236 - 242
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	243 - 250
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	251 - 257
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	258 - 266
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	139 - 145
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	146 - 151
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	152 - 159
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	160 - 165
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	166 - 173
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	180 - 184
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	185 - 192
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	193 - 196
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	197 - 203
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	204 - 209
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	210 - 216
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	217 - 222
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	223 - 227
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	228 - 231
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	232 - 236
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	237 - 246
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	247 - 253
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	254 - 261
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	262 - 267
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	139 - 145
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	146 - 152
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	153 - 156
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	157 - 161
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	162 - 166
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	167 - 176
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	177 - 184
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	185 - 192
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	193 - 198
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	199 - 204
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	205 - 209
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	210 - 216
53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	217 - 222
54	X-RAY DIFFRACTION	54	C	223 - 228
55	X-RAY DIFFRACTION	55	C	229 - 234
56	X-RAY DIFFRACTION	56	C	235 - 241
57	X-RAY DIFFRACTION	57	C	242 - 247
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59	X-RAY DIFFRACTION	59	C	254 - 261
60	X-RAY DIFFRACTION	60	C	262 - 267
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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