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万見
- PDB-5v8x: Mutant Structures of Streptococcus Agalactiae GBS Glyceraldehyde-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v8x
タイトルMutant Structures of Streptococcus Agalactiae GBS Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH)
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD / GAPDH / GLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Schormann, N. / Ulett, G.C. / Chattopadhyay, D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Res CouncilFT110101048 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mutant Structures of Streptococcus Agalactiae GBS Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH)
著者: Schormann, N. / Ulett, G.C. / Chattopadhyay, D.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,63012
ポリマ－152,8794
非ポリマー2,7518
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20170 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area44160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.104, 107.805, 91.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 38219.867 Da / 分子数: 4 / 変異: Y288H, G289S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: gap, AX245_09885, DX05_09270, EN72_09590, RDF_1710, TH70_1537
プラスミド: pET15b / 細胞株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ALW2, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20-27% PEG 4000, 0.1 M Mes pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→107.8 Å / Num. obs: 26679 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 1.56 / CC1/2: 0.527 / Rpim(I) all: 0.764 / Rrim(I) all: 1.742 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA0.5.17データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSOct. 2015データ削減
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JY6

5jy6


解像度: 2.95→46.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 30.256 / SU ML: 0.512 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.513
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2703 1298 4.9 %RANDOM
Rwork0.2218 ---
obs0.2242 25354 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 164.26 Å2 / Biso mean: 82.065 Å2 / Biso min: 33.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å2-0 Å20.03 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9904 0 180 20 10104
Biso mean--71.96 57.76 -
残基数----1316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01910238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.029407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3071.94313917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9882.98921825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.60551305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95925.302447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.243151671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1891552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021925
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 97 -
Rwork0.367 1851 -
all-1948 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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