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万見
- PDB-5v8p: Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v8p
タイトルSmall Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain
要素Botulinum neurotoxin type A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / metalloprotease / drug design / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / toxin activity ...host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding ...Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-90G / Botulinum neurotoxin type A / Botulinum neurotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Allen, K.N. / Silvaggi, N.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)N01-AI30050 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)N01-AI080671 米国
引用ジャーナル: Toxicon / 年: 2017
タイトル: Small molecule metalloprotease inhibitor with in vitro, ex vivo and in vivo efficacy against botulinum neurotoxin serotype A.
著者: Jacobson, A.R. / Adler, M. / Silvaggi, N.R. / Allen, K.N. / Smith, G.M. / Fredenburg, R.A. / Stein, R.L. / Park, J.B. / Feng, X. / Shoemaker, C.B. / Deshpande, S.S. / Goodnough, M.C. / ...著者: Jacobson, A.R. / Adler, M. / Silvaggi, N.R. / Allen, K.N. / Smith, G.M. / Fredenburg, R.A. / Stein, R.L. / Park, J.B. / Feng, X. / Shoemaker, C.B. / Deshpande, S.S. / Goodnough, M.C. / Malizio, C.J. / Johnson, E.A. / Pellett, S. / Tepp, W.H. / Tzipori, S.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type A
B: Botulinum neurotoxin type A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3016
ポリマ－101,6352
非ポリマー6664
水1,856103
1
A: Botulinum neurotoxin type A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1503
ポリマ－50,8171
非ポリマー3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Botulinum neurotoxin type A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1503
ポリマ－50,8171
非ポリマー3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.172, 67.327, 98.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX


分子量: 50817.273 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-424 / 変異: P2Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botA, atx, bna / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10845, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-90G / N-[3-(4-chlorophenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-2-sulfanylacetamide


分子量: 267.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10ClN3OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Equal volumes of 10-12 mg/ml enzyme (50 mM Na2HPO4, 2 mM EDTA, pH 6.5) and crystallization buffer (10-15% polyethylene glycol [PEG] 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3 M K2HPO4, 0.1 M D,L-malic acid pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月10日 / 詳細: Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 31788 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 10149 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BON

3bon


解像度: 2.501→18.334 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1587 5 %
Rwork0.2022 --
obs0.2047 31759 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→18.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6414 0 36 103 6553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0098905
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2983901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055967
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5007-2.58120.31641380.27492612X-RAY DIFFRACTION95
2.5812-2.67320.32471430.27762733X-RAY DIFFRACTION100
2.6732-2.77990.31991440.26572743X-RAY DIFFRACTION100
2.7799-2.90590.29031440.26112719X-RAY DIFFRACTION100
2.9059-3.05840.28361440.24522753X-RAY DIFFRACTION100
3.0584-3.24910.30471430.23362729X-RAY DIFFRACTION100
3.2491-3.49830.2741450.20782750X-RAY DIFFRACTION100
3.4983-3.84750.25221460.19192760X-RAY DIFFRACTION100
3.8475-4.39750.2081450.16832762X-RAY DIFFRACTION100
4.3975-5.51520.22591460.16292779X-RAY DIFFRACTION100
5.5152-18.33450.21361490.18472832X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15220.32690.0442.62630.73341.90890.05010.2780.1089-0.5694-0.02020.0702-0.5357-0.1926-0.09910.62060.07520.03510.44660.05540.3817-20.8353-5.3912-28.9913
21.71610.3450.52972.74960.14161.46820.03930.06990.0207-0.3912-0.12280.144-0.1382-0.07690.03020.40670.06820.00540.3893-0.02170.3605-26.1755-10.4521-27.4585
31.43130.28730.26432.35150.38460.89990.0228-0.30870.20950.0678-0.17210.5033-0.1474-0.3930.09820.35460.04620.03480.5537-0.02380.5339-34.0444-8.929-12.09
42.00890.46310.4252.61910.53361.74710.0822-0.105-0.1561-0.1474-0.10180.34080.1699-0.2750.06720.3447-0.0026-0.0180.39090.01090.4135-32.0297-21.3449-17.3065
53.1833-1.27820.09244.0083-0.23552.5341-0.472-0.27640.77480.55240.5386-0.646-0.18430.10030.03210.4717-0.0258-0.02130.4226-0.09630.526-14.38050.3185-0.9559
61.8952-0.06160.87392.7297-0.15441.62530.1710.1889-0.4101-0.5694-0.02290.14660.4370.1009-0.14440.5324-0.0362-0.03530.4019-0.050.417-13.6283-40.3938-30.1408
71.81320.49150.16062.2199-0.08071.92680.05650.1957-0.2253-0.4387-0.0833-0.45290.13730.23630.03220.4270.03680.08110.4139-0.03510.43140.3856-32.1047-28.3596
82.028-0.12190.51982.9145-0.5372.8210.1266-0.0518-0.10530.0528-0.2162-0.2863-0.11410.22750.07450.26090.02510.01540.3288-0.00440.3476-1.5171-28.3064-19.9708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid -9 through 61 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 62 through 155 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 156 through 275 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 276 through 390 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 391 through 416 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid -9 through 99 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 100 through 277 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 278 through 416 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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