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万見
- PDB-5v7w: Crystal structure of human PARP14 bound to 2-{[(1-methylpiperidin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v7w
タイトルCrystal structure of human PARP14 bound to 2-{[(1-methylpiperidin-4-yl)methyl]amino}-5,6,7,8-tetrahydro[1]benzothieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one inhibitor
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 14
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / HUMAN PARP14 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity ...positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / enzyme binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PARP-14, RNA recognition motif 2 / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. ...PARP-14, RNA recognition motif 2 / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-91J / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å
データ登録者saikatendu, k.s. / Hirozane, M.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Identification of PARP14 inhibitors using novel methods for detecting auto-ribosylation.
著者: Yoneyama-Hirozane, M. / Matsumoto, S.I. / Toyoda, Y. / Saikatendu, K.S. / Zama, Y. / Yonemori, K. / Oonishi, M. / Ishii, T. / Kawamoto, T.
履歴
登録2017年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8684
ポリマ－44,2032
非ポリマー6652
水2,378132
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4342
ポリマ－22,1011
非ポリマー3321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4342
ポリマ－22,1011
非ポリマー3321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.049, 144.907, 83.428
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2064-

HOH

21B-2035-

HOH

31B-2068-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 14 / PARP-14 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 8 / ARTD8 / B aggressive lymphoma protein 2


分子量: 22101.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP14, BAL2, KIAA1268 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q460N5, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-91J / 2-{[(1-methylpiperidin-4-yl)methyl]amino}-5,6,7,8-tetrahydro[1]benzothieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one


分子量: 332.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H24N4OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M Sodium-malonate, pH 7.2-7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Ambient temp details: CRYO
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.2398 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→72.45 Å / Num. obs: 14247 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 9.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.65→72.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 35.708 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.329 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26595 758 5.1 %RANDOM
Rwork0.20351 ---
obs0.20678 14247 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.378 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.41 Å20 Å2-0 Å2
2---4.36 Å20 Å2
3---1.94 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→72.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2823 0 46 132 3001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192955
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9581.944019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2595341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.21924.312160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53515445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4941515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3961.5461382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8362.311717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6651.7371572
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.56313.6714558
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.31332954
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free42.093554
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.0452947
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 62 -
Rwork0.332 1022 -
obs--99.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2185-0.40960.19264.181-0.43251.0944-0.0113-0.0805-0.15160.350.03650.5770.0511-0.1202-0.02520.368-0.01370.0640.2715-0.03550.2834-25.99717.944918.4523
22.52770.2346-0.47233.3688-0.23351.51870.00260.09370.1152-0.22460.0550.1375-0.0692-0.0543-0.05760.35030.0068-0.02070.2843-0.0160.1843-25.9951.083222.46
30.1169-0.09260.06390.5540.07920.38160.0307-0.0127-0.0196-0.0432-0.02520.0153-0.01380.0136-0.00550.0114-0.01480.00310.18830.01240.1713-24.371434.900821.0517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1614 - 1801
2X-RAY DIFFRACTION2B1612 - 1801
3X-RAY DIFFRACTION3A2001 - 2064
4X-RAY DIFFRACTION3B2001 - 2068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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