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- PDB-5v7q: Cryo-EM structure of the large ribosomal subunit from Mycobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v7q
タイトルCryo-EM structure of the large ribosomal subunit from Mycobacterium tuberculosis bound with a potent linezolid analog
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 23S rRNA
  • 5S ribosomal RNA
  • LSU ribosomal protein L21p
キーワードRIBOSOME / RNA dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / peptidoglycan-based cell wall / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding ...cell wall / peptidoglycan-based cell wall / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L6 ...Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L6 / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein L31 type A / Single Sheet / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-917 / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 ...Chem-917 / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L14 / : / : / : / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33B / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L14 / 50S ribosomal protein L13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Yang, K. / Chang, J.-Y. / Cui, Z. / Zhang, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: Structural insights into species-specific features of the ribosome from the human pathogen Mycobacterium tuberculosis.
著者: Kailu Yang / Jeng-Yih Chang / Zhicheng Cui / Xiaojun Li / Ran Meng / Lijun Duan / Jirapat Thongchol / Joanita Jakana / Christoph M Huwe / James C Sacchettini / Junjie Zhang /
要旨: Ribosomes from Mycobacterium tuberculosis (Mtb) possess species-specific ribosomal RNA (rRNA) expansion segments and ribosomal proteins (rProtein). Here, we present the near-atomic structures of the ...Ribosomes from Mycobacterium tuberculosis (Mtb) possess species-specific ribosomal RNA (rRNA) expansion segments and ribosomal proteins (rProtein). Here, we present the near-atomic structures of the Mtb 50S ribosomal subunit and the complete Mtb 70S ribosome, solved by cryo-electron microscopy. Upon joining of the large and small ribosomal subunits, a 100-nt long expansion segment of the Mtb 23S rRNA, named H54a or the 'handle', switches interactions from with rRNA helix H68 and rProtein uL2 to with rProtein bS6, forming a new intersubunit bridge 'B9'. In Mtb 70S, bridge B9 is mostly maintained, leading to correlated motions among the handle, the L1 stalk and the small subunit in the rotated and non-rotated states. Two new protein densities were discovered near the decoding center and the peptidyl transferase center, respectively. These results provide a structural basis for studying translation in Mtb as well as developing new tuberculosis drugs.
履歴
登録2017年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_author_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8641
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
6: 50S ribosomal protein L31
A: 23S rRNA
B: 5S ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: LSU ribosomal protein L21p
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,458,44932
ポリマ－1,458,13131
非ポリマー3171
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 012346CDEFGHJKLMNOPQSTUVWXYZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6525.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IMI5, UniProt: P9WH99*PLUS
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6512.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HU86, UniProt: P9WH95*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5643.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A1L6JUG3, UniProt: P9WH93*PLUS
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7241.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045KKY9, UniProt: P9WH91*PLUS
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4323.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A1L6JSF4, UniProt: P9WH89*PLUS
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8770.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HLX7, UniProt: P9WHA1*PLUS
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30644.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045H5T7, UniProt: P9WHA5*PLUS
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23127.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HU18, UniProt: P9WH87*PLUS
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 23779.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045J9H1, UniProt: P9WH85*PLUS
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21052.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HUU0, UniProt: P9WH83*PLUS
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19408.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JJU1, UniProt: P9WH81*PLUS
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16196.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JW48, UniProt: P9WH79*PLUS
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16333.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A0T9D5H2, UniProt: P9WHE1*PLUS
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13419.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A0U0S3A8, UniProt: P9WHD9*PLUS
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15534.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A0T7M0A0, UniProt: P9WHD7*PLUS
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15724.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IWV9, UniProt: P9WHD5*PLUS
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 19512.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IVA2, UniProt: P9WHD3*PLUS
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13211.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JK28, UniProt: P9WHD1*PLUS
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13041.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IDD2, UniProt: P9WHC9*PLUS
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 14557.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045KJ85, UniProt: P9WHC5*PLUS
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 20424.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045H760, UniProt: P9WHC1*PLUS
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10976.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045J9M3, UniProt: P9WHB9*PLUS
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11500.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IXU4, UniProt: P9WHB7*PLUS
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 22466.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JAK4, UniProt: P9WHB5*PLUS
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8987.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045K0G1, UniProt: P9WHB3*PLUS
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6920.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IDB8
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8872.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IQ64, UniProt: P9WHA7*PLUS
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 7361.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045H4J2, UniProt: P9WHA3*PLUS

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#7: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 1017792.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: GenBank: 984989958
#8: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 37097.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: GenBank: 1092945381

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 R

#23: タンパク質 LSU ribosomal protein L21p / Ribosomal protein L21 (BL20)


分子量: 11173.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A1N6MHB1, UniProt: P9WHC3*PLUS
#32: 化合物 ChemComp-917 / N-({(5S)-2-oxo-3-[4-(1,3-thiazol-5-yl)phenyl]-1,3-oxazolidin-5-yl}methyl)acetamide / Llinezolid-114


分子量: 317.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H15N3O3S

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNA complex / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2.37 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99285 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007102983
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.905155232
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.55154377
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04619969
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0087675

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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