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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v6j | ||||||
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タイトル | Glycan binding protein Y3 from mushroom Coprinus comatus possesses anti-leukemic activity | ||||||
要素 | TMV resistance protein Y3 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Glycan binding protein / Lectin | ||||||
機能・相同性 | Glycan binding domain Y3 / TMV resistance protein Y3 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Coprinus comatus (ササクレヒトヨタケ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.18 Å | ||||||
データ登録者 | Li, K. / Zhang, P. / Gang, Y. / Xia, C. / Polston, J.E. / Li, G. / Li, S. / Lin, Z. / Yang, L.-J. / Bruner, S.D. / Ding, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Cytotoxic protein from the mushroom Coprinus comatus possesses a unique mode for glycan binding and specificity. 著者: Zhang, P. / Li, K. / Yang, G. / Xia, C. / Polston, J.E. / Li, G. / Li, S. / Lin, Z. / Yang, L.J. / Bruner, S.D. / Ding, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5v6j.cif.gz | 109.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5v6j.ent.gz | 88.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5v6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5v6j_validation.pdf.gz | 454.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5v6j_full_validation.pdf.gz | 456.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5v6j_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5v6j_validation.cif.gz | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/5v6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/5v6j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12225.509 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coprinus comatus (ササクレヒトヨタケ) 遺伝子: y3 / プラスミド: PPICZAA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G3BK00 #2: 化合物 | ChemComp-NHE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.97 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 16% PEG4000, 10% V/V GLYCEROL, 0.1 M CHES, PH 9.5 / PH範囲: 9.5-10.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月14日 |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.179→41.795 Å / Num. obs: 113409 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.04129 / Rsym value: 0.04611 / Net I/σ(I): 22.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.18→1.22 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.2976 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 80 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.18→41.795 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34
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溶媒の処理 | VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.18→41.795 Å
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