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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v5j | ||||||
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タイトル | oxyferrous Dehaloperoxidase B | ||||||
![]() | Dehaloperoxidase B | ||||||
![]() | OXYGEN TRANSPORT / peroxidase / peroxygenase / globin | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Carey, L.M. / Ghiladi, R.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: How nature tunes isoenzyme activity in the multifunctional catalytic globin dehaloperoxidase from Amphitrite ornata. 著者: Carey, L.M. / Gavenko, R. / Svistunenko, D.A. / Ghiladi, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 206分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: PEG4000, ammonium sulfate, cacodylate buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.814→50 Å / Num. obs: 24707 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.814→1.859 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Num. unique obs: 1176 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3IXF 解像度: 1.814→29.29 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.91
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.814→29.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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