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- PDB-5v5e: Room temperature (280K) crystal structure of Kaposi's sarcoma-ass... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v5e
タイトルRoom temperature (280K) crystal structure of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus protease in complex with allosteric inhibitor (compound 733)
要素ORF 17
キーワードVIRAL PROTEIN / INHIBITOR / protease / allosteric inhibitor / herpesvirus / VIRAL PROTEIN - INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


assemblin / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A / Herpesvirus/Caudovirus protease domain / Peptidase S21 / Herpesvirus protease superfamily / Assemblin (Peptidase family S21) / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8N4 / Capsid scaffolding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Thompson, M.C. / Acker, T.M. / Fraser, J.S. / Craik, C.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI090592 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F32GM111012 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)5F32HL129989-03 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Allosteric Inhibitors, Crystallography, and Comparative Analysis Reveal Network of Coordinated Movement across Human Herpesvirus Proteases.
著者: Acker, T.M. / Gable, J.E. / Bohn, M.F. / Jaishankar, P. / Thompson, M.C. / Fraser, J.S. / Renslo, A.R. / Craik, C.S.
履歴
登録2017年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF 17
B: ORF 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9275
ポリマ－42,3862
非ポリマー1,5413
水77543
1
A: ORF 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7072
ポリマ－21,1931
非ポリマー5141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ORF 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2203
ポリマ－21,1931
非ポリマー1,0272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: ORF 17
ヘテロ分子

B: ORF 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9275
ポリマ－42,3862
非ポリマー1,5413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_444x-1/2,-y-1/2,-z-1/21
Buried area1880 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.400, 96.840, 119.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-324-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ORF 17 / ORF17


分子量: 21193.111 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-215 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: ORF17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O40922
#2: 化合物 ChemComp-8N4 / 4-{[6-(cyclohexylmethyl)pyridine-2-carbonyl]amino}-3-{[3-(trifluoromethoxy)phenyl]amino}benzoic acid


分子量: 513.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H26F3N3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Imidazole pH 8.0 0.34M sodium phosphate monobasic 1.36M potassium phosphate dibasic 0.2M potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→31.156 Å / Num. obs: 18827 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.684 % / Biso Wilson estimate: 43.7 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.891 / Net I/σ(I): 9.31 / Num. measured all: 69361 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.363.7480.9561.714978139813280.551.11695
2.36-2.423.7160.8042.044965136613360.620.93797.8
2.42-2.493.6430.7092.174762134413070.7060.83297.2
2.49-2.573.5540.6242.624482128812610.7330.73497.9
2.57-2.653.3380.5662.794005127412000.7680.67594.2
2.65-2.753.7390.473.654464121211940.8520.5598.5
2.75-2.853.6920.3884.434297118111640.8990.45598.6
2.85-2.973.710.3165.514081111811000.9120.3798.4
2.97-3.13.6990.2477.164010109410840.9520.28899.1
3.1-3.253.7610.1689.873908104610390.9750.19599.3
3.25-3.433.5150.1311.66337810009610.9810.15296.1
3.43-3.633.9040.09914.3136359429310.9910.11398.8
3.63-3.883.9280.08815.6834928948890.9930.10199.4
3.88-4.23.8670.06918.4532028348280.9940.07999.3
4.2-4.63.7960.05421.9728817707590.9950.06298.6
4.6-5.143.4420.0521.3523067016700.9960.05895.6
5.14-5.933.9220.05421.6924166216160.9960.06299.2
5.93-7.273.7740.05222.0219745355230.9960.06197.8
7.27-10.283.3420.04126.2513574324060.9960.04994
10.28-31.1563.3250.03829.887682592310.9970.04489.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2686精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NJQ

3njq


解像度: 2.299→31.156 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 919 4.89 %
Rwork0.1986 17890 -
obs0.2002 18809 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 224.79 Å2 / Biso mean: 66.2831 Å2 / Biso min: 22.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.299→31.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2853 0 186 43 3082
Biso mean--57.93 41.58 -
残基数----369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6254273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2111847
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2988-2.41990.3361150.31172521263697
2.4199-2.57150.31761300.29612503263398
2.5715-2.76990.32851420.30412478262097
2.7699-3.04840.3071330.27122575270899
3.0484-3.4890.24821260.19552552267898
3.489-4.39380.2061400.15752611275199
4.3938-31.15840.16441330.1522650278397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.594-0.05781.07030.8098-0.55311.8664-0.21240.03940.07130.16690.0396-0.1314-0.33940.114-0.10830.30780.01-0.07850.2926-0.01330.3547-21.1458-9.7664-36.43
20.6755-0.35190.17280.37470.1450.3375-0.31060.12480.44890.09750.00990.0465-0.6353-0.0872-0.0030.56130.0136-0.12840.45780.02270.4828-19.2625-5.0132-33.0777
30.7305-0.2707-0.55170.56210.21840.9437-0.35010.26020.01630.03820.53360.1325-0.31370.5006-0.15660.5185-0.1079-0.2680.56320.08140.5433-9.7305-8.7519-35.9745
40.1536-0.15470.34820.4709-0.58510.7311-0.12780.32470.160.24810.152-0.0303-0.45040.01930.00230.4351-0.0436-0.06310.3796-0.03180.3782-6.7274-17.9394-6.2476
51.19210.54280.57951.52930.18020.2807-0.09150.03690.2061-0.24360.0776-0.2122-0.6354-0.2188-0.04960.42370.1351-0.09060.35530.01360.3395-11.4791-15.981-9.1549
61.07430.45460.33170.6563-0.45440.9006-0.04060.0243-0.1015-0.15670.08810.1709-0.074-0.122500.29290.021-0.05170.2623-0.01650.2686-9.9314-28.0971-10.5685
70.1447-0.0386-0.0150.1209-0.05350.0188-0.2217-0.1394-0.09210.17530.04060.0891-0.1437-0.059-0.00190.38570.0386-0.09360.3120.02220.3415-7.8375-19.0595-5.7768
80.3768-0.07010.10220.464-0.1260.29980.1915-0.08430.0976-0.00580.1220.15880.3761-0.58970.00320.3025-0.0073-0.02610.6040.03820.4226-24.0709-29.2596-4.1316
90.0254-0.0502-0.05841.3129-0.28550.25040.2046-0.1744-0.0917-0.6402-0.3114-0.0381-0.3468-0.00520.08340.45870.1038-0.12660.56750.05090.2868-13.5907-25.846-23.3177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 122 )A4 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 123 through 160 )A123 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 193 )A161 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 4 through 22 )B4 - 22
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 23 through 52 )B23 - 52
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 53 through 122 )B53 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 123 through 148 )B123 - 148
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 149 through 177 )B149 - 177
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 178 through 195 )B178 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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