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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v50 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of MpPR-1i | ||||||
![]() | PR-1 protein | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / pathogenesis-related protein 1 / Cacao infection | ||||||
機能・相同性 | SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / PR-1 protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luo, Z. / Asojo, O. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of MpPR-1i, a SCP/TAPS protein from Moniliophthora perniciosa, the fungus that causes Witches' Broom Disease of Cacao. 著者: Baroni, R.M. / Luo, Z. / Darwiche, R. / Hudspeth, E.M. / Schneiter, R. / Pereira, G.A.G. / Mondego, J.M.C. / Asojo, O.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 494.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 504.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19599.422 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | Authors state that C-terminal sequence VRVPSLALLNLDLTTPFCNLPVNGSNDLDIR is the last exon which has ...Authors state that C-terminal sequence VRVPSLALLN | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.8 M sodium formate, 70 mM Bis-Tris propane pH7.0, 21 mM zinc acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 80587 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.52 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.428 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7964 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.546 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5V51 解像度: 2.43→45.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 10.663 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 86.931 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.43→45.09 Å
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拘束条件 |
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