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- PDB-5v50: Crystal Structure of MpPR-1i -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v50
タイトルCrystal Structure of MpPR-1i
要素PR-1 protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / pathogenesis-related protein 1 (感染特異的タンパク質) / Cacao infection
機能・相同性SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / CAP superfamily / Cysteine-rich secretory protein family / PR-1 protein
機能・相同性情報
生物種Moniliophthora perniciosa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Luo, Z. / Asojo, O.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)SMOLBnet 2.0 grant 2010/51884-8 ブラジル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of MpPR-1i, a SCP/TAPS protein from Moniliophthora perniciosa, the fungus that causes Witches' Broom Disease of Cacao.
著者: Baroni, R.M. / Luo, Z. / Darwiche, R. / Hudspeth, E.M. / Schneiter, R. / Pereira, G.A.G. / Mondego, J.M.C. / Asojo, O.A.
履歴
登録2017年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PR-1 protein
B: PR-1 protein
C: PR-1 protein
D: PR-1 protein
E: PR-1 protein
F: PR-1 protein
G: PR-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,1967
ポリマ－137,1967
非ポリマー00
水1,36976
1
A: PR-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PR-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PR-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PR-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: PR-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: PR-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: PR-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.304, 84.085, 130.882
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PR-1 protein


分子量: 19599.422 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moniliophthora perniciosa (菌類) / 遺伝子: PR-1i / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: H6U756
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Authors state that C-terminal sequence VRVPSLALLNLDLTTPFCNLPVNGSNDLDIR is the last exon which has ...Authors state that C-terminal sequence VRVPSLALLNLDLTTPFCNLPVNGSNDLDIR is the last exon which has not been included in UniProt H6U756.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.8 M sodium formate, 70 mM Bis-Tris propane pH7.0, 21 mM zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 80587 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.43→2.52 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.428 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7964 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.546 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V51

5v51


解像度: 2.43→45.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 10.663 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24283 3913 4.9 %RANDOM
Rwork0.20148 ---
obs0.20343 76657 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 86.931 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å20 Å23.55 Å2
2--4.5 Å2-0 Å2
3----4.89 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.43→45.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7357 0 0 76 7433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.027574
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4351.8910342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7945929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16525.206413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.072151073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.6621536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216051
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it18.4917.2883736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it21.06132.2694657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it21.00317.5333838
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined25.23672.72932359
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.493 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.467 260 -
Rwork0.444 5498 -
obs--96.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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