PDB-5v4v: Saccharomyces cerevisiae Old Yellow Enzyme 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v4v

タイトル

Saccharomyces cerevisiae Old Yellow Enzyme 3

要素

NADPH dehydrogenase 3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / OYE / flavoprotein / reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / apoptotic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.798 Å

データ登録者

Stewart, J.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Saccharomyces cerevisiae Old Yellow Enzyme 3
著者: Stewart, J.D.

履歴

登録	2017年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v4v.cif.gz	325 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v4v.ent.gz	264.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v4v_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v4v_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5v4v_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	5v4v_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v4p
類似構造データ	1bwk-d 4gxm-d 5w12-4 4rnx-2 1oyc-d 5wad-2 1oya-d 5v4p-2 6tzf-4 4qd4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADPH dehydrogenase 3

B: NADPH dehydrogenase 3

ヘテロ分子

91.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH dehydrogenase 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NADPH dehydrogenase 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.214, 107.762, 141.071
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADPH dehydrogenase 3 / Old yellow enzyme 3 分子量: 44970.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OYE3, YPL171C, P2291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41816, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド分子量: 122.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 930 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM MES monohydrate, 22% v/v PEG 400, 25 mM Tris, 25 mM NaCl, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.798→38.88 Å / Num. obs: 87273 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 14.5 % / Net I/σ(I): 20.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.798→38.879 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1891	4381	5.03 %
R_work	0.1475	-	-
obs	0.1496	87077	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.798→38.879 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6300	0	92	930	7322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6670
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.245	9088
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.93	2438
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	943
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7978-1.8182	0.2727	150	0.2557	2494	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8182-1.8396	0.2628	146	0.2258	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8396-1.8621	0.2754	129	0.2119	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8621-1.8856	0.2613	170	0.2125	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8856-1.9105	0.2426	134	0.1893	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9105-1.9366	0.2381	144	0.1963	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9366-1.9643	0.2132	153	0.19	2712	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9643-1.9936	0.2325	147	0.186	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9936-2.0248	0.2524	159	0.1801	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0248-2.058	0.2104	134	0.1779	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.058-2.0934	0.216	168	0.1728	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0934-2.1315	0.1998	151	0.1549	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1315-2.1725	0.1857	149	0.1502	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1725-2.2168	0.1785	142	0.1459	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2168-2.265	0.1742	151	0.1406	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.265-2.3177	0.1791	136	0.1397	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3177-2.3757	0.2151	142	0.1426	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3757-2.4399	0.1953	145	0.139	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4399-2.5117	0.1838	135	0.1351	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5117-2.5927	0.1919	152	0.1374	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5927-2.6854	0.1874	150	0.1329	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6854-2.7929	0.1641	154	0.1284	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7929-2.9199	0.1807	122	0.1306	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9199-3.0738	0.1745	141	0.1322	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0738-3.2663	0.1796	148	0.1385	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2663-3.5184	0.1888	126	0.1353	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5184-3.8721	0.1615	146	0.1325	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8721-4.4318	0.1524	135	0.1196	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4318-5.5809	0.1585	161	0.126	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5809-38.8878	0.1743	161	0.1609	2973	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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