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万見
- PDB-5v4u: Solution structure of VKK38 bound to plasminogen kringle 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v4u
タイトルSolution structure of VKK38 bound to plasminogen kringle 2
要素M protein
キーワードBLOOD CLOTTING / PROTEIN/PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
M protein repeat / M protein repeat / Plasminogen ligand, VEK-30 / Plasminogen (Pg) ligand in fibrinolytic pathway / : / Streptococcal M proteins D repeats region profile. / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / M protein-type anchor domain / YSIRK type signal peptide ...M protein repeat / M protein repeat / Plasminogen ligand, VEK-30 / Plasminogen (Pg) ligand in fibrinolytic pathway / : / Streptococcal M proteins D repeats region profile. / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / M protein-type anchor domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
M protein / M protein type 52
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yuan, Y. / Castellino, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL013423 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Conformationally organized lysine isosteres in Streptococcus pyogenes M protein mediate direct high-affinity binding to human plasminogen.
著者: Yuan, Y. / Zajicek, J. / Qiu, C. / Chandrahas, V. / Lee, S.W. / Ploplis, V.A. / Castellino, F.J.
履歴
登録2017年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8921
ポリマ－4,8921
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド M protein


分子量: 4892.360 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 60-96 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: emm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059T9N2, UniProt: Q54839*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D C(CO)NH
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCA
161isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
171isotropic13D 15N HSQC-NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.0 mM [U-13C; U-15N] VKK38, 2.5 mM Kringle2, 20 mM [U-100% 2H] BisTris-d19, 0.2 mM DSS, 2 mM EDTA, 3 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O
Label: 15N, 13C / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMVKK38[U-13C; U-15N]1
2.5 mMKringle2natural abundance1
20 mMBisTris-d19[U-100% 2H]1
0.2 mMDSSnatural abundance1
2 mMEDTAnatural abundance1
3 mMsodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: condition_1 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospinchemical shift assignment
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOS-NCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TopSpinBruker Biospinpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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