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- PDB-5v4p: Saccharomyces cerevisiae OYE 3 soaked with p-hydroxybenzaldehyde -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v4p
タイトルSaccharomyces cerevisiae OYE 3 soaked with p-hydroxybenzaldehyde
要素NADPH dehydrogenase 3
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / OYE / flavoprotein / p-hydroxybenzaldehyde / reductase / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase / : / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / oxidoreductase activity / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / P-HYDROXYBENZALDEHYDE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / NADPH dehydrogenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Stewart, J. / Powell III, R.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1111791 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Saccharomyces cerevisiae OYE 3 soaked with p-hydroxybenzaldehyde
著者: Stewart, J. / Powell III, R.W.
履歴
登録2017年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH dehydrogenase 3
B: NADPH dehydrogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,80012
ポリマ－89,9412
非ポリマー1,86010
水7,134396
1
A: NADPH dehydrogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9006
ポリマ－44,9701
非ポリマー9305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NADPH dehydrogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9006
ポリマ－44,9701
非ポリマー9305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: NADPH dehydrogenase 3
ヘテロ分子

B: NADPH dehydrogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,80012
ポリマ－89,9412
非ポリマー1,86010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area5860 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area27060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.533, 106.421, 141.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NADPH dehydrogenase 3 / Old yellow enzyme 3


分子量: 44970.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OYE3, YPL171C, P2291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41816, NADPH dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 406分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-HBA / P-HYDROXYBENZALDEHYDE / 4-ヒドロキシベンズアルデヒド


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, 30% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→24.924 Å / Num. obs: 76003 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 14.6 % / Net I/σ(I): 18.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.88→24.924 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2182 3844 5.07 %
Rwork0.182 --
obs0.1838 75794 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→24.924 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6284 0 126 396 6806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6263881
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059931
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.90380.29131430.21512637X-RAY DIFFRACTION100
1.9038-1.92880.22021360.20182628X-RAY DIFFRACTION100
1.9288-1.95530.27761400.20132594X-RAY DIFFRACTION100
1.9553-1.98320.22791300.19662685X-RAY DIFFRACTION100
1.9832-2.01280.25441380.19252629X-RAY DIFFRACTION100
2.0128-2.04420.24691480.18632609X-RAY DIFFRACTION100
2.0442-2.07770.23021420.18712645X-RAY DIFFRACTION100
2.0777-2.11350.24681430.18352632X-RAY DIFFRACTION100
2.1135-2.15190.23751420.17992630X-RAY DIFFRACTION100
2.1519-2.19330.23781510.17862628X-RAY DIFFRACTION100
2.1933-2.2380.19431450.17462640X-RAY DIFFRACTION100
2.238-2.28670.24591550.1712656X-RAY DIFFRACTION100
2.2867-2.33980.2651370.18392622X-RAY DIFFRACTION100
2.3398-2.39830.24621420.17532642X-RAY DIFFRACTION100
2.3983-2.46310.24711430.17612717X-RAY DIFFRACTION100
2.4631-2.53550.22961300.1852622X-RAY DIFFRACTION100
2.5355-2.61720.22161580.1782620X-RAY DIFFRACTION100
2.6172-2.71070.22431390.17372683X-RAY DIFFRACTION100
2.7107-2.81910.20591410.1692654X-RAY DIFFRACTION99
2.8191-2.94720.19531340.17072697X-RAY DIFFRACTION100
2.9472-3.10230.19731490.18142646X-RAY DIFFRACTION100
3.1023-3.29620.2051540.18782662X-RAY DIFFRACTION100
3.2962-3.55010.20641450.1782705X-RAY DIFFRACTION100
3.5501-3.90610.20791450.1792696X-RAY DIFFRACTION100
3.9061-4.46850.17491360.1682722X-RAY DIFFRACTION100
4.4685-5.61920.21341410.18112769X-RAY DIFFRACTION99
5.6192-24.92670.19131370.20632880X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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