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- PDB-5v4k: Crystal structure of NEDD4 LIR-fused human LC3B_2-119 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v4k
タイトルCrystal structure of NEDD4 LIR-fused human LC3B_2-119
要素Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
キーワードSIGNALING PROTEIN / Autophagy / Ubiquitin E3 ligase / HECT / LIR / LC3
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane ...SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / Pexophagy / mitophagy / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / endomembrane system / autophagosome / cellular response to starvation / macroautophagy / mitochondrial membrane / autophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / microtubule / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Qiu, Y. / Zheng, Y. / Schulman, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Insights into links between autophagy and the ubiquitin system from the structure of LC3B bound to the LIR motif from the E3 ligase NEDD4.
著者: Qiu, Y. / Zheng, Y. / Wu, K.P. / Schulman, B.A.
履歴
登録2017年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年4月13日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3096
ポリマ－30,9332
非ポリマー3764
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.570, 69.570, 119.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta


分子量: 15466.554 Da / 分子数: 2
断片: UNP residues 2-119,UNP residues 2-119,UNP residues 2-119,UNP residues 2-119
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3B, MAP1ALC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZQ8
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Sodium Acetate pH 5.0, 1.2M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.5 Å / Num. obs: 17887 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 18.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.099→45.496 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 907 5.09 %
Rwork0.182 --
obs0.1845 17829 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→45.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 0 22 135 2153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7492789
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6471259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005358
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.099-2.23050.31441290.21772774X-RAY DIFFRACTION100
2.2305-2.40270.25841390.19522768X-RAY DIFFRACTION100
2.4027-2.64440.25381570.19372766X-RAY DIFFRACTION100
2.6444-3.0270.25671680.19662781X-RAY DIFFRACTION100
3.027-3.81340.22341530.17772834X-RAY DIFFRACTION100
3.8134-45.5070.19571610.16312999X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7404-1.3533-0.71746.26514.00224.12710.17340.1962-0.0475-0.4318-0.4212-0.4213-0.07380.17870.0530.24230.15990.0420.40380.08420.3091-17.6893-4.6016-7.1562
22.07080.1596-0.89932.3354-0.75636.0084-0.20940.00490.0615-0.25990.0685-0.02950.06130.28940.12110.1256-0.0334-0.01960.13710.03790.1865-24.75528.8277-15.9553
34.39460.0867-0.75627.4846-1.31475.27440.33730.01-0.9555-0.2763-0.0011-0.4130.88340.4155-0.12150.41310.3467-0.09240.40940.22780.7857-48.4781-44.2499-6.9368
41.37840.6489-1.32290.2706-0.64241.6587-0.0737-0.4495-0.5155-0.2602-0.20610.2638-0.47210.19860.19190.5446-0.05730.07430.26210.06470.4695-43.1827-21.8038-17.9496
58.2778-7.1912.66778.9173-3.40873.545-0.00080.5617-0.5483-0.7035-0.1480.57110.7999-0.01560.10060.4224-0.0633-0.00480.2333-0.10380.2657-45.6535-10.4273-32.0947
62.3718-1.45141.15853.4015-2.65354.64470.09920.0487-0.53380.3866-0.09580.3780.4955-0.5882-0.13490.305-0.15060.02850.2144-0.04370.2434-49.686-5.0621-21.8789
73.3257-0.9893-3.50052.99892.22254.2115-0.4035-0.8489-0.38620.48590.52750.17750.89620.1818-0.10540.8304-0.15920.10930.41540.19340.3912-48.2981-11.9647-6.7603
80.66450.00671.94042.3058-0.53415.9677-0.1037-0.28830.03640.1729-0.07470.11890.0634-1.48560.13920.1855-0.10710.03530.3703-0.09390.249-53.4420.1518-14.5793
92.0592-1.73350.68782.330.38182.4944-0.0781-0.48970.3128-0.00060.01050.06370.3209-0.17630.01290.2657-0.1012-0.00640.2849-0.06560.2282-46.0340.5292-8.1379
101.6241-0.6837-0.62671.6381-2.02524.41950.0289-0.42690.0870.2979-0.16720.0161-0.00350.32510.13170.2604-0.06880.01560.1959-0.03050.176-42.0333-2.6734-18.4676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 264 through 1026 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1027 through 1118 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 264 through 268 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 269 through 1012 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1013 through 1026 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1027 through 1037 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1038 through 1050 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1051 through 1071 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1072 through 1094 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1095 through 1117 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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