PDB-5v3y: Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v3y

タイトル

Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex with inhibitor TAM16

要素

Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Thioesterase domain / TAM16 complex / Pks13 / Mycobacterium / polyketide synthase / mycolic acid condensation / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / alpha/beta hydrolase / THIOESTERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / biosynthetic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Aggarwal, A. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Development of a Novel Lead that Targets M. tuberculosis Polyketide Synthase 13.
著者: Aggarwal, A. / Parai, M.K. / Shetty, N. / Wallis, D. / Woolhiser, L. / Hastings, C. / Dutta, N.K. / Galaviz, S. / Dhakal, R.C. / Shrestha, R. / Wakabayashi, S. / Walpole, C. / Matthews, D. / ...

履歴

登録	2017年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v3y.cif.gz	231.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v3y.ent.gz	183.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v3y_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v3y_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5v3y_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	5v3y_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v3y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v3wSC 5v3xC 5v3zC 5v40C 5v41C 5v42C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v3z-2 5v3x-1 5v40-1 6eqs-3 5v40-2 2v9f-d 2xvx-d 5v41-1 2v2a-d 5wnn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

B: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

64.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.627, 108.762, 56.735
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ASP	ASP	THR	THR	chain A	A	A	1453 - 1727	6 - 280
2	GLN	GLN	ARG	ARG	chain B	B	B	1451 - 1726	4 - 279

#1: タンパク質	Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase) 分子量: 31777.742 Da / 分子数: 2 / 断片: thioesterase domain (UNP residues 113-395) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: pks, ERS027654_02263 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0T9CRX1, UniProt: I6X8D2*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-5V8 / 2-(4-hydroxyphenyl)-~{N}-methyl-5-oxidanyl-4-(piperidin-1-ylmethyl)-1-benzofuran-3-carboxamide 分子量: 380.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄N₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2.0-1.8 M ammonium sulfate, 2%-5% v/v PPG P400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 41704 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.15 / Χ²: 1.924 / Net I/av σ(I): 20.506 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
1.9-1.93	4	0.907	0.782	0.501	3.273	86.5
1.93-1.97	6.3		0.373		0.759	99.9
1.97-2.01	7.1		0.567	0.713	0.82	100
2.01-2.05	7.2		0.658	0.529	0.884	100
2.05-2.09	7.3		0.741	0.454	0.954	100
2.09-2.14	7.3	0.928	0.765	0.369	1.037	100	1
2.14-2.19	7.3	0.82	0.838	0.327	1.11	100	0.884
2.19-2.25	4.9	0.367	0.959	0.19	1.923	49.7	0.418
2.25-2.32	6.8	0.724	0.884	0.299	1.392	79.5	0.785
2.32-2.39	7.3	0.445	0.927	0.179	1.419	100	0.48
2.39-2.48	7.2	0.382	0.93	0.154	1.515	100	0.413
2.48-2.58	7.2	0.32	0.952	0.129	1.663	100	0.345
2.58-2.7	7.2	0.26	0.966	0.105	1.897	100	0.281
2.7-2.84	7.1	0.219	0.973	0.089	2.155	99.9	0.237
2.84-3.02	7	0.174	0.982	0.072	2.459	100	0.189
3.02-3.25	6.8	0.136	0.987	0.058	2.956	99.9	0.148
3.25-3.58	6.6	0.113	0.991	0.049	3.451	99.6	0.123
3.58-4.09	5.6	0.094	0.989	0.044	3.982	67.1	0.104
4.09-5.16	6.4	0.077	0.994	0.034	3.619	99.9	0.084
5.16-50	6.3	0.066	0.996	0.029	3.182	99.2	0.072

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5V3W

5v3w

解像度: 1.98→34.584 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.36

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2386	1861	5.07 %	Random selection
R_work	0.1936	-	-	-
obs	0.1959	36725	93.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.42 Å² / B_iso mean: 36.5317 Å² / B_iso min: 11.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.98→34.584 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4155	0	61	309	4525
B_iso mean	-	-	30.96	40.35	-
残基数	-	-	-	-	542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4306
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.085	5863
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	626
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	776
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.499	1556

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2128	X-RAY DIFFRACTION	6.349	TORSIONAL
1	2	B	2128	X-RAY DIFFRACTION	6.349	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.98-2.0335	0.3181	146	0.2502	2837	2983	100
2.0335-2.0934	0.3985	151	0.3185	2783	2934	99
2.0934-2.1609	0.3041	163	0.2397	2819	2982	100
2.1609-2.2381	0.3238	114	0.2377	2015	2129	72
2.2381-2.3277	0.279	97	0.2713	1917	2014	68
2.3277-2.4336	0.2294	152	0.2008	2851	3003	100
2.4336-2.5619	0.2164	144	0.1892	2863	3007	100
2.5619-2.7224	0.2195	164	0.1874	2862	3026	100
2.7224-2.9325	0.2586	138	0.1967	2859	2997	100
2.9325-3.2274	0.2496	171	0.1872	2872	3043	100
3.2274-3.6939	0.2321	126	0.1783	2486	2612	87
3.6939-4.6522	0.1805	146	0.1626	2622	2768	93
4.6522-34.5891	0.2381	149	0.1879	3078	3227	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0638	0.1187	0.3172	2.4809	-0.3812	3.3248	0.0215	-0.3347	-0.0851	0.2461	0.0467	0.1146	0.1597	-0.1092	-0.0407	0.1581	0.009	0.0013	0.1574	0.0053	0.1249	17.3241	30.6406	23.4371
2	7.9088	-1.7812	-3.6882	4.4446	3.4159	8.9586	0.0356	0.1557	-0.0344	0.1689	0.3613	-0.6438	0.0297	0.5438	-0.3417	0.2632	-0.0064	-0.0587	0.2861	-0.0201	0.4426	-7.1132	25.2331	2.5811
3	7.469	-1.99	1.2045	2.7249	0.3704	4.0243	0.2174	-0.9148	-0.4495	-0.807	-0.0851	0.2594	0.2584	-0.3868	-0.0595	0.5649	-0.1773	0.0098	0.437	-0.0097	0.4084	-9.0399	18.0357	9.0886
4	4.0182	1.2681	0.9281	4.6204	0.2571	3.6206	-0.0273	0.1379	0.0439	-0.1694	-0.0343	0.2452	-0.0081	-0.3341	0.0536	0.1292	0.0334	0.0071	0.2067	0.0178	0.1509	7.749	34.2323	11.9028
5	5.5903	0.3408	1.5722	3.9288	-0.4573	5.1521	-0.0177	0.1122	0.3396	0.1406	-0.0464	-0.2325	-0.1058	0.439	-0.0705	0.1311	-0.0123	0.0437	0.1488	0.0334	0.2195	25.4792	38.2788	13.9092
6	2.5288	-0.3662	-0.1518	3.8461	0.0341	3.1953	-0.0929	0.0336	0.3573	0.0101	0.1508	-0.8044	-0.1593	0.4182	-0.0225	0.1853	-0.009	-0.0101	0.1771	-0.0262	0.407	27.1152	66.3877	4.68
7	1.0628	-0.6929	0.5413	3.2925	-2.0048	3.3086	-0.0739	0.0717	-0.0462	-0.1655	0.2233	0.1625	0.2979	-0.2304	-0.1635	0.2056	-0.064	0.0239	0.2219	-0.0135	0.2478	12.9388	62.3659	-2.9454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1453 through 1571 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1572 through 1590 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1591 through 1626 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1627 through 1689 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1690 through 1727 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1451 through 1571 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1572 through 1726 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)