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Yorodumi- PDB-5v3y: Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v3y | ||||||
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Title | Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex with inhibitor TAM16 | ||||||
Components | Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase) | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Thioesterase domain / TAM16 complex / Pks13 / Mycobacterium / polyketide synthase / mycolic acid condensation / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / alpha/beta hydrolase / THIOESTERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydrolase activity, acting on ester bonds / biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.98 Å | ||||||
Authors | Aggarwal, A. / Sacchettini, J.C. | ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2017 Title: Development of a Novel Lead that Targets M. tuberculosis Polyketide Synthase 13. Authors: Aggarwal, A. / Parai, M.K. / Shetty, N. / Wallis, D. / Woolhiser, L. / Hastings, C. / Dutta, N.K. / Galaviz, S. / Dhakal, R.C. / Shrestha, R. / Wakabayashi, S. / Walpole, C. / Matthews, D. / ...Authors: Aggarwal, A. / Parai, M.K. / Shetty, N. / Wallis, D. / Woolhiser, L. / Hastings, C. / Dutta, N.K. / Galaviz, S. / Dhakal, R.C. / Shrestha, R. / Wakabayashi, S. / Walpole, C. / Matthews, D. / Floyd, D. / Scullion, P. / Riley, J. / Epemolu, O. / Norval, S. / Snavely, T. / Robertson, G.T. / Rubin, E.J. / Ioerger, T.R. / Sirgel, F.A. / van der Merwe, R. / van Helden, P.D. / Keller, P. / Bottger, E.C. / Karakousis, P.C. / Lenaerts, A.J. / Sacchettini, J.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v3y.cif.gz | 231.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5v3y.ent.gz | 183.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v3y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5v3y_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5v3y_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 5v3y_validation.xml.gz | 24.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5v3y_validation.cif.gz | 34.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v3y | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5v3wSC 5v3xC 5v3zC 5v40C 5v41C 5v42C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1
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-Components
#1: Protein | Mass: 31777.742 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: thioesterase domain (UNP residues 113-395) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Gene: pks, ERS027654_02263 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0A0T9CRX1, UniProt: I6X8D2*PLUS, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris-HCl, 2.0-1.8 M ammonium sulfate, 2%-5% v/v PPG P400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 21, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 41704 / % possible obs: 94.1 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.15 / Χ2: 1.924 / Net I/av σ(I): 20.506 / Net I/σ(I): 5.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 5V3W Resolution: 1.98→34.584 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.36
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.42 Å2 / Biso mean: 36.5317 Å2 / Biso min: 11.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.98→34.584 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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