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- PDB-5v3t: Crystal Structure of the Group II Truncated Hemoglobin from Bacil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v3t
タイトルCrystal Structure of the Group II Truncated Hemoglobin from Bacillus Anthracis
要素Globin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / truncated hemoglobin / heme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Two-on-two hemoglobin-3 / Globin, bacterial-like, conserved site / Protozoan/cyanobacterial globins signature. / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Protozoan/cyanobacterial globin family protein / Protozoan/cyanobacterial globin family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Varnado, C.L. / SoRelle, E. / Soman, J. / Olson, J.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Group II Truncated Hemoglobin from Bacillus Anthracis
著者: Varnado, C.L. / SoRelle, E. / Soman, J. / Olson, J.S.
履歴
登録2017年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Globin
B: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8159
ポリマ－30,2422
非ポリマー1,5737
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
2
A: Globin
B: Globin
ヘテロ分子

A: Globin
B: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,63118
ポリマ－60,4844
非ポリマー3,14614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area11360 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
3
A: Globin
ヘテロ分子

A: Globin
ヘテロ分子

B: Globin
ヘテロ分子

B: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,63118
ポリマ－60,4844
非ポリマー3,14614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area10490 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area24550 Å2
手法PISA
4
A: Globin
B: Globin
ヘテロ分子

A: Globin
B: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,63118
ポリマ－60,4844
非ポリマー3,14614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area12210 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
5
A: Globin
ヘテロ分子

B: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8159
ポリマ－30,2422
非ポリマー1,5737
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.770, 122.170, 112.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-325-

HOH

21A-361-

HOH

31A-365-

HOH

41B-305-

HOH

51B-345-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA3 - 700
211chain BB5 - 700

-
要素

#1: タンパク質 Globin / Group 2 truncated hemoglobin yjbI / Protozoan/cyanobacterial globin family protein


分子量: 15121.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: yjbI, GBAA_1209, BASH2_04647, BVB96_06425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81TQ7, UniProt: A0A6L7H965*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.5 M Ammonium sulphate / PH範囲: pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.899→56.28 Å / Num. obs: 24994 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.15 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.973.280.1964.30.72192.3
1.97-2.053.20.2254.50.94191.8
2.05-2.143.170.17960.94190.1
2.14-2.253.20.1117.60.72189.4
2.25-2.393.170.0938.50.65188.3
2.39-2.583.140.07810.90.7188.5
2.58-2.843.20.06912.40.73187.3
2.84-3.253.140.07913.40.78188.2
3.25-4.092.980.05921.81.29193.8
4.09-56.283.040.0442.32.11197.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
d*TREK9.9.3Lデータ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UX8

1ux8


解像度: 1.899→56.28 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 26.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 1976 7.99 %
Rwork0.19 --
obs0.1923 24734 89.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.45 Å2 / Biso mean: 42.5242 Å2 / Biso min: 21.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.899→56.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2037 0 105 170 2312
Biso mean--41.48 47.72 -
残基数----253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1383026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.904797
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1179X-RAY DIFFRACTION8.386TORSIONAL
12B1179X-RAY DIFFRACTION8.386TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8991-1.94660.33481390.24621602174190
1.9466-1.99930.32151410.24591603174490
1.9993-2.05810.33731370.24071594173189
2.0581-2.12450.28841390.23331592173190
2.1245-2.20050.23741360.2131563169988
2.2005-2.28860.25341360.21051582171888
2.2886-2.39270.28041340.21231568170288
2.3927-2.51890.22761360.20921581171788
2.5189-2.67670.27681360.20651568170487
2.6767-2.88330.24481380.21111592173088
2.8833-3.17350.31671390.21661583172288
3.1735-3.63260.19671450.18641663180891
3.6326-4.57640.16231560.15391793194997
4.5764-56.30470.16441640.1671874203897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0382-0.14880.22186.81163.56813.9955-0.0098-0.08290.01990.0112-0.21260.2904-0.3534-0.32360.18450.27060.0055-0.00370.2708-0.02490.207522.073715.17257.4495
24.5225-1.20680.26861.6599-0.53782.53410.07340.08390.0116-0.05290.03680.02890.0333-0.0297-0.09150.268-0.0067-0.03110.1476-0.00780.184812.65138.030317.0155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA3 - 700
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB5 - 700

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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