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- PDB-5v3p: Human A20 OTU domain (I325N) with acetamidylated C103 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v3p
タイトルHuman A20 OTU domain (I325N) with acetamidylated C103
要素Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
キーワードHYDROLASE / LIGASE / OTU domain / acetamidylation / ubiquitin editing
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vascular wound healing / negative regulation of toll-like receptor 5 signaling pathway / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / establishment of protein localization to vacuole / negative regulation of osteoclast proliferation / tolerance induction to lipopolysaccharide / negative regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of B cell activation / negative regulation of chronic inflammatory response ...regulation of vascular wound healing / negative regulation of toll-like receptor 5 signaling pathway / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / establishment of protein localization to vacuole / negative regulation of osteoclast proliferation / tolerance induction to lipopolysaccharide / negative regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of B cell activation / negative regulation of chronic inflammatory response / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / protein K11-linked deubiquitination / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of germinal center formation / protein K48-linked deubiquitination / B-1 B cell homeostasis / regulation of defense response to virus by host / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein K63-linked deubiquitination / positive regulation of hepatocyte proliferation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / negative regulation of bone resorption / protein deubiquitination / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of interleukin-1 beta production / K63-linked deubiquitinase activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of interleukin-2 production / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / negative regulation of interleukin-6 production / response to muramyl dipeptide / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of Wnt signaling pathway / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cytoskeleton organization / negative regulation of protein ubiquitination / negative regulation of innate immune response / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / ubiquitin binding / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Regulation of TNFR1 signaling / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / NOD1/2 Signaling Pathway / response to molecule of bacterial origin / kinase binding / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / Ovarian tumor domain proteases / cell migration / protease binding / cellular response to lipopolysaccharide / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / lysosome / inflammatory response / apoptotic process / proteolysis / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, A20-type / A20-like zinc finger / Zinc finger A20-type profile. / A20-like zinc fingers / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Langley, D.B. / Christ, D. / Grey, S.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2019
タイトル: Denisovan, modern human and mouse TNFAIP3 alleles tune A20 phosphorylation and immunity.
著者: Zammit, N.W. / Siggs, O.M. / Gray, P.E. / Horikawa, K. / Langley, D.B. / Walters, S.N. / Daley, S.R. / Loetsch, C. / Warren, J. / Yap, J.Y. / Cultrone, D. / Russell, A. / Malle, E.K. / ...著者: Zammit, N.W. / Siggs, O.M. / Gray, P.E. / Horikawa, K. / Langley, D.B. / Walters, S.N. / Daley, S.R. / Loetsch, C. / Warren, J. / Yap, J.Y. / Cultrone, D. / Russell, A. / Malle, E.K. / Villanueva, J.E. / Cowley, M.J. / Gayevskiy, V. / Dinger, M.E. / Brink, R. / Zahra, D. / Chaudhri, G. / Karupiah, G. / Whittle, B. / Roots, C. / Bertram, E. / Yamada, M. / Jeelall, Y. / Enders, A. / Clifton, B.E. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J. / Watson, S.R. / Jenne, C.N. / Lanier, L.L. / Wiltshire, T. / Spitzer, M.H. / Nolan, G.P. / Schmitz, F. / Aderem, A. / Porebski, B.T. / Buckle, A.M. / Abbott, D.W. / Ziegler, J.B. / Craig, M.E. / Benitez-Aguirre, P. / Teo, J. / Tangye, S.G. / King, C. / Wong, M. / Cox, M.P. / Phung, W. / Tang, J. / Sandoval, W. / Wertz, I.E. / Christ, D. / Goodnow, C.C. / Grey, S.T.
履歴
登録2017年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年3月21日ID: 4ZRH, 5DOD
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
B: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
C: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
D: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
E: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
F: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,9696
ポリマ－258,9696
非ポリマー00
水37821
1
A: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
D: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3232
ポリマ－86,3232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
C: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3232
ポリマ－86,3232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
F: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3232
ポリマ－86,3232
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.870, 81.870, 297.343
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALGLNGLNAA5 - 3575 - 357
21VALVALGLNGLNBB5 - 3575 - 357
12VALVALGLNGLNAA5 - 3575 - 357
22VALVALGLNGLNCC5 - 3575 - 357
13VALVALGLNGLNAA5 - 3575 - 357
23VALVALGLNGLNDD5 - 3575 - 357
14LEULEUTRPTRPAA6 - 3566 - 356
24LEULEUTRPTRPEE6 - 3566 - 356
15LEULEULYSLYSAA6 - 3556 - 355
25LEULEULYSLYSFF6 - 3556 - 355
16VALVALGLUGLUBB5 - 3585 - 358
26VALVALGLUGLUCC5 - 3585 - 358
17VALVALGLUGLUBB5 - 3585 - 358
27VALVALGLUGLUDD5 - 3585 - 358
18LEULEUGLUGLUBB6 - 3586 - 358
28LEULEUGLUGLUEE6 - 3586 - 358
19LEULEULYSLYSBB6 - 3556 - 355
29LEULEULYSLYSFF6 - 3556 - 355
110VALVALGLUGLUCC5 - 3585 - 358
210VALVALGLUGLUDD5 - 3585 - 358
111LEULEUGLUGLUCC6 - 3586 - 358
211LEULEUGLUGLUEE6 - 3586 - 358
112LEULEULYSLYSCC6 - 3556 - 355
212LEULEULYSLYSFF6 - 3556 - 355
113LEULEUGLUGLUDD6 - 3586 - 358
213LEULEUGLUGLUEE6 - 3586 - 358
114LEULEULYSLYSDD6 - 3556 - 355
214LEULEULYSLYSFF6 - 3556 - 355
115LEULEULYSLYSEE6 - 3546 - 354
215LEULEULYSLYSFF6 - 3546 - 354

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3 / TNF alpha-induced protein 3 / OTU domain-containing protein 7C / Putative DNA-binding protein A20 / ...TNF alpha-induced protein 3 / OTU domain-containing protein 7C / Putative DNA-binding protein A20 / Zinc finger protein A20


分子量: 43161.477 Da / 分子数: 6 / 断片: OTU domain (UNP residues 1-366) / 変異: I325N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C103 has been alkylated with iodoacetamide such that it has become an acetamidylated adduct (YCM).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFAIP3, OTUD7C / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P21580, ubiquitinyl hydrolase 1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 % / 解説: triangular rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50 mM CaCl2, 100 mM MES (pH 6.0), 5.0 % PEG1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.263
11-K, -H, -L20.214
11-h,-k,l30.306
11K, H, -L40.217
反射解像度: 2.5→40.62 Å / Num. obs: 76908 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / CC1/2: 0.929 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/av σ(I): 7.8 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.6 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.550.9062.20.7130.4711.023100
12.5-40.620.0940.980.0490.10791.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.14データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 3DKB

3dkb


解像度: 2.5→39.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 13.017 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.048
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1996 3838 5 %RANDOM
Rwork0.1614 ---
obs0.1633 73040 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.58 Å2 / Biso mean: 55.407 Å2 / Biso min: 18.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.03 Å20 Å20 Å2
2--16.03 Å20 Å2
3----32.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→39.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14765 0 0 21 14786
Biso mean---31.2 -
残基数----1777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01915088
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.95720380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.971332801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.20551736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75824.097742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.139152771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3541596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.22264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02116168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023056
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A196280.07
12B196280.07
21A195800.08
22C195800.08
31A196640.08
32D196640.08
41A184120.09
42E184120.09
51A166140.09
52F166140.09
61B191640.09
62C191640.09
71B194580.09
72D194580.09
81B183120.09
82E183120.09
91B165720.11
92F165720.11
101C194860.09
102D194860.09
111C181880.09
112E181880.09
121C164680.1
122F164680.1
131D184500.1
132E184500.1
141D165000.1
142F165000.1
151E158880.1
152F158880.1
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 298 -
Rwork0.177 5430 -
all-5728 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3304-0.15850.10170.9779-0.66071.6831-0.04990.00520.01210.05240.0865-0.011-0.2017-0.0218-0.03660.11460.01160.01610.01650.01290.042647.93268.8438.91
20.49840.12370.10550.8862-0.57821.546-0.001-0.0072-0.0171-0.02210.04310.01450.1459-0.0582-0.04210.12090.0079-0.00040.01370.01920.032947.94425.74864.721
30.51080.1633-0.05440.2406-0.13381.13070.1595-0.06010.0343-0.0118-0.12440.0625-0.1288-0.0238-0.03510.1287-0.0035-0.02150.1048-0.01910.022542.60930.547111.613
40.3176-0.01130.05750.4232-0.12281.10850.12820.0296-0.02810.0381-0.05820.09970.0706-0.0718-0.070.06950.02820.00110.13260.00220.02941.98964.225-8.789
50.05890.0374-0.17240.4189-0.04871.2192-0.03790.06140.0731-0.08720.05570.0110.177-0.1076-0.01770.0871-0.0184-0.01460.07760.09660.152387.06646.53551.982
60.32080.050.21190.49030.29931.57090.06290.00370.11890.2285-0.07770.1188-0.1406-0.06590.01480.2282-0.01510.03150.0172-0.03220.170388.07548.41197.314
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 357
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 403
3X-RAY DIFFRACTION1B408
4X-RAY DIFFRACTION2B5 - 358
5X-RAY DIFFRACTION2B401 - 407
6X-RAY DIFFRACTION3C4 - 358
7X-RAY DIFFRACTION3C401 - 402
8X-RAY DIFFRACTION4D5 - 358
9X-RAY DIFFRACTION4D401 - 406
10X-RAY DIFFRACTION5E6 - 358
11X-RAY DIFFRACTION6F6 - 355
12X-RAY DIFFRACTION6F401 - 402

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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