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- PDB-5v1s: Crystal structure of Streptococcus suis SuiB bound to S-adenosylm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v1s
タイトルCrystal structure of Streptococcus suis SuiB bound to S-adenosylmethionine
要素Radical SAM
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Radical SAM enzyme / Lys-Trp crosslink / Streptococcus suis / metalloenzyme / SPASM domain / RRE domain
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Petide cyclisation enzyme, radical SAM / 4Fe4S-binding SPASM domain / Iron-sulfur cluster-binding domain / : / : / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Radical SAM
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus suis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.492 Å
データ登録者Davis, K.M. / Bacik, J.P. / Ando, N.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structures of the peptide-modifying radical SAM enzyme SuiB elucidate the basis of substrate recognition.
著者: Davis, K.M. / Schramma, K.R. / Hansen, W.A. / Bacik, J.P. / Khare, S.D. / Seyedsayamdost, M.R. / Ando, N.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Radical SAM
B: Radical SAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,99610
ポリマ－106,0892
非ポリマー2,9078
水1267
1
A: Radical SAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4985
ポリマ－53,0451
非ポリマー1,4534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Radical SAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4985
ポリマ－53,0451
非ポリマー1,4534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.787, 85.473, 109.864
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Radical SAM


分子量: 53044.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 遺伝子: ERS132399_01508 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Z8EWX1
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: A solution containing 18.9 mg/mL His6-tagged SuiB in in storage buffer [100 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM KCl, 5 mM DTT, 10% (v/v) glycerol] was mixed 1:1 with precipitant solution. Small clusters ...詳細: A solution containing 18.9 mg/mL His6-tagged SuiB in in storage buffer [100 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM KCl, 5 mM DTT, 10% (v/v) glycerol] was mixed 1:1 with precipitant solution. Small clusters of crystals were formed within 24 hrs. A seed stock was then produced by combining a single sitting well with 10 uL of reservoir solution and 10 uL of enzyme at 8 mg/mL, followed by brief vortexing. Following seeding, a resulting crystal was incubated in precipitant solution containing ~6 mM SAM for 30 min prior to transfer to cryosolution.The precipitant solution was 100 mM MES, pH 6.0, 15% (w/v) PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→29.47 Å / Num. obs: 38407 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.839 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4234 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V1Q

5v1q


解像度: 2.492→29.47 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 1714 4.47 %
Rwork0.2148 --
obs0.2172 38359 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.492→29.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6657 0 102 7 6766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7999413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.912549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281089
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4916-2.56490.36341280.34742975X-RAY DIFFRACTION99
2.5649-2.64760.391510.32283008X-RAY DIFFRACTION100
2.6476-2.74220.34111400.31023027X-RAY DIFFRACTION100
2.7422-2.85190.32781400.29463008X-RAY DIFFRACTION100
2.8519-2.98150.32481350.26993046X-RAY DIFFRACTION100
2.9815-3.13860.34691420.26633012X-RAY DIFFRACTION100
3.1386-3.3350.29891490.26263044X-RAY DIFFRACTION100
3.335-3.5920.3181450.23883038X-RAY DIFFRACTION100
3.592-3.95280.25961400.21893064X-RAY DIFFRACTION100
3.9528-4.5230.24331450.18353076X-RAY DIFFRACTION100
4.523-5.69170.21931420.17563117X-RAY DIFFRACTION100
5.6917-29.47330.23651570.17143230X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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