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- PDB-5v0z: Crystal structure of Galactoside O-acetyltransferase complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v0z
タイトルCrystal structure of Galactoside O-acetyltransferase complex with CoA (P32 space group).
要素Putative acetyltransferase SACOL2570
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / CSGID / acetyltransferase / Coenzyme-A / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


galactoside O-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Galactoside O-acetyltransferase LacA-like / Maltose/galactoside acetyltransferase / Maltose acetyltransferase hexapeptide capping motif / Maltose acetyltransferase / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily ...Galactoside O-acetyltransferase LacA-like / Maltose/galactoside acetyltransferase / Maltose acetyltransferase hexapeptide capping motif / Maltose acetyltransferase / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / PHOSPHATE ION / Putative acetyltransferase SACOL2570
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Czub, M.P. / Porebski, P.J. / Knapik, A.A. / Niedzialkowska, E. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Galactoside O-acetyltransferase complex with CoA (P32 space group).
著者: Czub, M.P. / Porebski, P.J. / Knapik, A.A. / Niedzialkowska, E. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acetyltransferase SACOL2570
B: Putative acetyltransferase SACOL2570
C: Putative acetyltransferase SACOL2570
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,26750
ポリマ－67,2513
非ポリマー3,01647
水14,844824
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.434, 75.434, 93.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Putative acetyltransferase SACOL2570


分子量: 22417.127 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: SACOL2570 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: Q5HCZ5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

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非ポリマー , 6種, 871分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#6: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 31 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 824 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1uL of 15 mg/ml protein incubated with 5mM CoA were mixed with 1 uL of 25% w/v PEG 3350, 250 mM Sodium/Potassium phosphate, 30% v/v Ethylene glycol and equilibrated against well solution in ...詳細: 1uL of 15 mg/ml protein incubated with 5mM CoA were mixed with 1 uL of 25% w/v PEG 3350, 250 mM Sodium/Potassium phosphate, 30% v/v Ethylene glycol and equilibrated against well solution in 15 Well Crystallization Plate (Qiagen).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月23日
放射モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→50 Å / Num. obs: 159888 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 0.606 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.26-1.282.80.3452.10.9250.250.4280.44899.8
1.28-1.312.90.3160.9340.2240.3890.43399.7
1.31-1.332.90.2890.9510.2060.3560.43599.6
1.33-1.362.80.2450.9690.1740.3020.43499.4
1.36-1.392.80.2240.9670.1610.2770.4599.6
1.39-1.422.60.1910.9760.1410.2390.44698.6
1.42-1.452.90.1650.9810.1160.2030.45599.8
1.45-1.492.90.1310.9870.0920.1610.46799.7
1.49-1.542.90.1080.990.0760.1330.4899.8
1.54-1.592.90.0920.9930.0650.1130.47299.7
1.59-1.642.80.0790.9950.0570.0970.47599.2
1.64-1.712.90.0680.9960.0480.0840.48198.9
1.71-1.7930.0580.9970.0410.0710.49999.9
1.79-1.8830.0490.9980.0340.060.53899.7
1.88-22.90.0420.9980.0290.0520.61799.7
2-2.152.90.0380.9980.0260.0460.70598.3
2.15-2.373.10.0340.9980.0230.0410.71899.9
2.37-2.7130.0340.9980.0230.0410.81799.7
2.71-3.4230.0310.9990.0210.0381.07197.9
3.42-5030.0340.9980.0220.041.52798.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U2K

5u2k


解像度: 1.26→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 1.505 / SU ML: 0.028 / SU R Cruickshank DPI: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.041
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1642 8155 5.1 %RANDOM
Rwork0.1361 ---
obs0.1375 151162 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.91 Å2 / Biso mean: 19.58 Å2 / Biso min: 6.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.08 Å2-0 Å2
2---0.16 Å2-0 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.26→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4428 0 355 826 5609
Biso mean--33.51 40.11 -
残基数----567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195047
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.9336924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.204310294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0725616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08624.915234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.09815764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2671519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021015
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.27134995
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.3725462
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.46155166
LS精密化 シェル解像度: 1.26→1.293 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 549 -
Rwork0.249 11274 -
all-11823 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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