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- PDB-5v0w: Crystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v0w
タイトルCrystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase from Plasmodium vivax in complex with inhibitor IMP-0001088
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / SSGCID / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / N-myristoyltransferase / NMT / Plasmodium vival / Salvador I / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KFK / TETRADECANOYL-COA / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / : 2025
タイトル: Structure of Plasmodium vivax N-myristoyltransferase with inhibitor IMP-1088: exploring an NMT inhibitor for antimalarial therapy
著者: Mendez, A. / Bolling, C. / Taylor, S. / Makumire, S. / Staker, B. / Reers, A. / Hammerson, B. / Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Tate, E.W. / Subramanian, S. / ...著者: Mendez, A. / Bolling, C. / Taylor, S. / Makumire, S. / Staker, B. / Reers, A. / Hammerson, B. / Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Tate, E.W. / Subramanian, S. / Bell, A.S. / Myler, P.J. / Asojo, O.A. / Chakafana, G.
履歴
登録2017年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,28125
ポリマ-141,7533
非ポリマー5,52822
30,1931676
1
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1028
ポリマ-47,2511
非ポリマー1,8517
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1389
ポリマ-47,2511
非ポリマー1,8878
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0418
ポリマ-47,2511
非ポリマー1,7917
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.320, 119.130, 176.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase


分子量: 47250.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVC01_130042700, PVP01_1336100 / 発現宿主: Eschericia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1G4HIY1, UniProt: A5K1A2*PLUS, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 1698分子

#2: 化合物 ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C35H62N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-KFK / 1-[5-[3,4-bis(fluoranyl)-2-[2-(1,3,5-trimethylpyrazol-4-yl)ethoxy]phenyl]-1-methyl-indazol-3-yl]-~{N},~{N}-dimethyl-methanamine


分子量: 453.527 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C25H29F2N5O / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1676 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 27% PEG 3350, 200 mM Ammonium Sulfate, 100 mM BisTris pH 6.0, 0.5mM IMP-0001088, 0.5mM myristoyl CoA; protein conc 12.53mg/mL; hdg0-9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 112736 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.248 % / Biso Wilson estimate: 12.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 15.21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.856.2680.5153.7482130.9050.56299.4
1.85-1.97.3420.4285.0380030.9410.461100
1.9-1.957.3950.375.8478450.9560.398100
1.95-2.017.390.2917.2776020.970.313100
2.01-2.087.3730.2468.673340.9750.265100
2.08-2.157.3690.2061071690.9830.222100
2.15-2.237.3750.17811.4969070.9870.192100
2.23-2.327.3360.1541366500.9890.166100
2.32-2.437.3640.13814.1663780.9910.149100
2.43-2.557.3580.12715.0961100.9930.13799.9
2.55-2.687.3540.11516.7658080.9930.124100
2.68-2.857.3390.09819.1355460.9950.105100
2.85-3.047.3330.08621.1851960.9960.092100
3.04-3.297.2730.06925.2548270.9970.07499.9
3.29-3.67.2480.05928.8945100.9980.06499.9
3.6-4.027.2550.05132.0840860.9980.054100
4.02-4.657.2210.04435.1536010.9990.04799.9
4.65-5.697.2470.04334.3630990.9990.047100
5.69-8.057.1310.04631.2324370.9990.05100
8.05-506.6110.03637.6714150.9990.03999.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4b14
解像度: 1.8→49.575 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 2031 1.8 %
Rwork0.1466 --
obs0.1473 112717 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.87 Å2 / Biso mean: 16.217 Å2 / Biso min: 0.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→49.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9405 0 348 1697 11450
Biso mean--16.28 27.54 -
残基数----1147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93513929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5126079
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7999-1.84180.29181190.22687250736999
1.8418-1.88790.20991370.18872837420100
1.8879-1.93890.1921150.164272987413100
1.9389-1.9960.19431360.15272987434100
1.996-2.06040.19241250.146973537478100
2.0604-2.1340.17721460.144273067452100
2.134-2.21950.2221260.147173367462100
2.2195-2.32050.2011550.145673177472100
2.3205-2.44280.20121330.146673347467100
2.4428-2.59590.18091210.155573997520100
2.5959-2.79630.20011270.154973517478100
2.7963-3.07760.2121540.151373997553100
3.0776-3.52290.15861490.132374317580100
3.5229-4.4380.13691190.116775657684100
4.438-49.59410.16461690.142977667935100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5550.0275-0.00560.6820.17990.4721-0.00130.01490.0390.0070.0305-0.06850.00250.0326-0.0260.073-0.0075-0.00590.08480.00370.071338.2447-21.9053-15.0752
20.8349-0.17410.12080.3365-0.03020.35210.0060.06180.066-0.00960.0010.0083-0.0267-0.0247-0.00550.0659-0.00480.0050.06730.00520.06514.8843-23.9799-22.3693
32.53770.05751.27411.72330.71723.1448-0.037-0.18480.22840.1617-0.1228-0.0143-0.197-0.14150.13830.07410.01060.01890.1121-0.02580.1009-5.0773-42.1739-39.7447
42.64330.9357-0.51380.8019-0.34921.0163-0.03920.3020.0356-0.07570.05540.0526-0.0093-0.0266-0.0010.09570.0139-0.00950.1154-0.00210.06335.021-46.2607-64.6034
51.04670.4022-0.21030.4473-0.07250.37690.0170.09950.054-0.0248-0.01010.0118-0.0175-0.045-0.00250.07730.0159-0.00090.08920.00180.07126.8337-43.0034-54.7994
61.0271-0.04310.13551.5889-0.69110.7734-0.00130.06130.0190.1354-0.0705-0.1946-0.08040.07230.07240.08260.01330.0160.11250.00610.085737.6749-38.9438-53.5891
72.1609-0.3986-0.30482.47780.66972.9058-0.0476-0.0179-0.22530.0907-0.0152-0.02920.21680.01250.0550.0461-0.0017-0.00560.08070.00980.081921.287-54.6644-46.4131
81.38750.3288-0.39130.40340.00690.65630.0210.01140.0549-0.0148-0.0049-0.0476-0.01560.0441-0.01560.0639-0.0017-0.00250.06880.00630.064523.3963-40.8959-50.0502
91.7344-0.92460.07882.8422-0.47041.2375-0.0769-0.05470.21240.0720.0433-0.1543-0.18020.01030.02460.068-0.0231-0.01860.0583-0.0060.119224.0876-58.8806-12.5618
101.4980.0569-0.54180.797-0.15080.9405-0.0414-0.0568-0.1370.02990.008-0.00920.07860.00680.02230.0755-0.0063-0.00940.06970.00180.074913.1727-82.3726-4.8767
110.7373-0.1271-0.18890.56240.12310.48140.0086-0.0228-0.0108-0.0213-0.0066-0.02960.01-0.00430.00970.0542-0.0117-0.00450.06710.00780.063815.4192-72.7704-9.8961
121.076-0.21260.02280.55070.16280.7541-0.1177-0.22070.07250.11720.0350.07540.0004-0.01370.04510.09720.0034-0.00160.15030.00250.125-15.827-70.4834-1.1677
132.9652.77380.51125.86931.24881.6143-0.11340.22120.0002-0.32620.041-0.015-0.096-0.0161-0.00560.07490.0016-0.01070.14090.01430.0882-6.175-66.987-24.0666
141.3720.36110.12951.80570.11331.0807-0.06260.1641-0.0659-0.14780.1219-0.01610.0629-0.0782-0.01540.0541-0.00070.00110.10410.0080.0608-0.5775-72.1799-18.9744
151.1407-0.00030.08431.0018-0.29871.57380.0107-0.0973-0.12440.01330.05840.05430.029-0.1322-0.03850.04150.00320.02170.06940.00660.0684-8.3938-74.2933-6.6752
161.31590.3032-0.08380.4511-0.03510.29790.04-0.08170.06710.0072-0.02910.0496-0.0241-0.0431-0.0060.07460.0055-0.00290.0825-0.00360.0829-3.5355-63.2202-7.3505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 198 )A26 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 199 through 410 )A199 - 410
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 26 through 59 )B26 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 60 through 116 )B60 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 117 through 234 )B117 - 234
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 235 through 257 )B235 - 257
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 258 through 296 )B258 - 296
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 297 through 410 )B297 - 410
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 25 through 59 )C25 - 59
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 60 through 116 )C60 - 116
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 117 through 215 )C117 - 215
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 216 through 257 )C216 - 257
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 258 through 274 )C258 - 274
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 275 through 296 )C275 - 296
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 297 through 331 )C297 - 331
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 332 through 410 )C332 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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