PDB-5v0w: Crystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v0w

タイトル

Crystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase from Plasmodium vivax in complex with inhibitor IMP-0001088

要素

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / SSGCID / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / N-myristoyltransferase / NMT / Plasmodium vival / Salvador I / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Structure of Plasmodium vivax N-myristoyltransferase with inhibitor IMP-1088: exploring an NMT inhibitor for antimalarial therapy
著者: Mendez, A. / Bolling, C. / Taylor, S. / Makumire, S. / Staker, B. / Reers, A. / Hammerson, B. / Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Tate, E.W. / Subramanian, S. / ...

履歴

登録	2017年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2025年1月15日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5v0w.ent.gz	425.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5v0w_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4b14S 5v0x S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ync-1 6maz-1 2ynd-1 6may-3 6mb1-2 4bbh-1 2yne-2 6mb1-1 6mb0-1 6nxg-3 4b13-1 6nxg-2 5g22-1 5o48-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-PlviB.18219.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

147 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.320, 119.130, 176.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 分子量: 47250.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 遺伝子: PVC01_130042700, PVP01_1336100 / 発現宿主: Eschericia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A1G4HIY1, UniProt: A5K1A2*PLUS, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

#1: タンパク質

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

分子量: 47250.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)
遺伝子: PVC01_130042700, PVP01_1336100 / 発現宿主:

Eschericia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1G4HIY1, UniProt: A5K1A2*PLUS, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 1698分子

#2: 化合物	ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA 分子量: 977.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₆₂N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-KFK / 1-[5-[3,4-bis(fluoranyl)-2-[2-(1,3,5-trimethylpyrazol-4-yl)ethoxy]phenyl]-1-methyl-indazol-3-yl]-~{N},~{N}-dimethyl-methanamine 分子量: 453.527 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₉F₂N₅O / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 27% PEG 3350, 200 mM Ammonium Sulfate, 100 mM BisTris pH 6.0, 0.5mM IMP-0001088, 0.5mM myristoyl CoA; protein conc 12.53mg/mL; hdg0-9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 112736 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.248 % / B_iso Wilson estimate: 12.32 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_rim(I) all: 0.115 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 15.21

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	6.268	0.515	3.74	8213	0.905	0.562	99.4
1.85-1.9	7.342	0.428	5.03	8003	0.941	0.461	100
1.9-1.95	7.395	0.37	5.84	7845	0.956	0.398	100
1.95-2.01	7.39	0.291	7.27	7602	0.97	0.313	100
2.01-2.08	7.373	0.246	8.6	7334	0.975	0.265	100
2.08-2.15	7.369	0.206	10	7169	0.983	0.222	100
2.15-2.23	7.375	0.178	11.49	6907	0.987	0.192	100
2.23-2.32	7.336	0.154	13	6650	0.989	0.166	100
2.32-2.43	7.364	0.138	14.16	6378	0.991	0.149	100
2.43-2.55	7.358	0.127	15.09	6110	0.993	0.137	99.9
2.55-2.68	7.354	0.115	16.76	5808	0.993	0.124	100
2.68-2.85	7.339	0.098	19.13	5546	0.995	0.105	100
2.85-3.04	7.333	0.086	21.18	5196	0.996	0.092	100
3.04-3.29	7.273	0.069	25.25	4827	0.997	0.074	99.9
3.29-3.6	7.248	0.059	28.89	4510	0.998	0.064	99.9
3.6-4.02	7.255	0.051	32.08	4086	0.998	0.054	100
4.02-4.65	7.221	0.044	35.15	3601	0.999	0.047	99.9
4.65-5.69	7.247	0.043	34.36	3099	0.999	0.047	100
5.69-8.05	7.131	0.046	31.23	2437	0.999	0.05	100
8.05-50	6.611	0.036	37.67	1415	0.999	0.039	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4b14

4b14

解像度: 1.8→49.575 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	2031	1.8 %
R_work	0.1466	-	-
obs	0.1473	112717	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.87 Å² / B_iso mean: 16.217 Å² / B_iso min: 0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→49.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9405	0	348	1697	11450
B_iso mean	-	-	16.28	27.54	-
残基数	-	-	-	-	1147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10204
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.935	13929
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1497
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1721
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.512	6079

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7999-1.8418	0.2918	119	0.2268	7250	7369	99
1.8418-1.8879	0.2099	137	0.188	7283	7420	100
1.8879-1.9389	0.192	115	0.1642	7298	7413	100
1.9389-1.996	0.1943	136	0.152	7298	7434	100
1.996-2.0604	0.1924	125	0.1469	7353	7478	100
2.0604-2.134	0.1772	146	0.1442	7306	7452	100
2.134-2.2195	0.222	126	0.1471	7336	7462	100
2.2195-2.3205	0.201	155	0.1456	7317	7472	100
2.3205-2.4428	0.2012	133	0.1466	7334	7467	100
2.4428-2.5959	0.1809	121	0.1555	7399	7520	100
2.5959-2.7963	0.2001	127	0.1549	7351	7478	100
2.7963-3.0776	0.212	154	0.1513	7399	7553	100
3.0776-3.5229	0.1586	149	0.1323	7431	7580	100
3.5229-4.438	0.1369	119	0.1167	7565	7684	100
4.438-49.5941	0.1646	169	0.1429	7766	7935	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.555	0.0275	-0.0056	0.682	0.1799	0.4721	-0.0013	0.0149	0.039	0.007	0.0305	-0.0685	0.0025	0.0326	-0.026	0.073	-0.0075	-0.0059	0.0848	0.0037	0.0713	38.2447	-21.9053	-15.0752
2	0.8349	-0.1741	0.1208	0.3365	-0.0302	0.3521	0.006	0.0618	0.066	-0.0096	0.001	0.0083	-0.0267	-0.0247	-0.0055	0.0659	-0.0048	0.005	0.0673	0.0052	0.065	14.8843	-23.9799	-22.3693
3	2.5377	0.0575	1.2741	1.7233	0.7172	3.1448	-0.037	-0.1848	0.2284	0.1617	-0.1228	-0.0143	-0.197	-0.1415	0.1383	0.0741	0.0106	0.0189	0.1121	-0.0258	0.1009	-5.0773	-42.1739	-39.7447
4	2.6433	0.9357	-0.5138	0.8019	-0.3492	1.0163	-0.0392	0.302	0.0356	-0.0757	0.0554	0.0526	-0.0093	-0.0266	-0.001	0.0957	0.0139	-0.0095	0.1154	-0.0021	0.0633	5.021	-46.2607	-64.6034
5	1.0467	0.4022	-0.2103	0.4473	-0.0725	0.3769	0.017	0.0995	0.054	-0.0248	-0.0101	0.0118	-0.0175	-0.045	-0.0025	0.0773	0.0159	-0.0009	0.0892	0.0018	0.0712	6.8337	-43.0034	-54.7994
6	1.0271	-0.0431	0.1355	1.5889	-0.6911	0.7734	-0.0013	0.0613	0.019	0.1354	-0.0705	-0.1946	-0.0804	0.0723	0.0724	0.0826	0.0133	0.016	0.1125	0.0061	0.0857	37.6749	-38.9438	-53.5891
7	2.1609	-0.3986	-0.3048	2.4778	0.6697	2.9058	-0.0476	-0.0179	-0.2253	0.0907	-0.0152	-0.0292	0.2168	0.0125	0.055	0.0461	-0.0017	-0.0056	0.0807	0.0098	0.0819	21.287	-54.6644	-46.4131
8	1.3875	0.3288	-0.3913	0.4034	0.0069	0.6563	0.021	0.0114	0.0549	-0.0148	-0.0049	-0.0476	-0.0156	0.0441	-0.0156	0.0639	-0.0017	-0.0025	0.0688	0.0063	0.0645	23.3963	-40.8959	-50.0502
9	1.7344	-0.9246	0.0788	2.8422	-0.4704	1.2375	-0.0769	-0.0547	0.2124	0.072	0.0433	-0.1543	-0.1802	0.0103	0.0246	0.068	-0.0231	-0.0186	0.0583	-0.006	0.1192	24.0876	-58.8806	-12.5618
10	1.498	0.0569	-0.5418	0.797	-0.1508	0.9405	-0.0414	-0.0568	-0.137	0.0299	0.008	-0.0092	0.0786	0.0068	0.0223	0.0755	-0.0063	-0.0094	0.0697	0.0018	0.0749	13.1727	-82.3726	-4.8767
11	0.7373	-0.1271	-0.1889	0.5624	0.1231	0.4814	0.0086	-0.0228	-0.0108	-0.0213	-0.0066	-0.0296	0.01	-0.0043	0.0097	0.0542	-0.0117	-0.0045	0.0671	0.0078	0.0638	15.4192	-72.7704	-9.8961
12	1.076	-0.2126	0.0228	0.5507	0.1628	0.7541	-0.1177	-0.2207	0.0725	0.1172	0.035	0.0754	0.0004	-0.0137	0.0451	0.0972	0.0034	-0.0016	0.1503	0.0025	0.125	-15.827	-70.4834	-1.1677
13	2.965	2.7738	0.5112	5.8693	1.2488	1.6143	-0.1134	0.2212	0.0002	-0.3262	0.041	-0.015	-0.096	-0.0161	-0.0056	0.0749	0.0016	-0.0107	0.1409	0.0143	0.0882	-6.175	-66.987	-24.0666
14	1.372	0.3611	0.1295	1.8057	0.1133	1.0807	-0.0626	0.1641	-0.0659	-0.1478	0.1219	-0.0161	0.0629	-0.0782	-0.0154	0.0541	-0.0007	0.0011	0.1041	0.008	0.0608	-0.5775	-72.1799	-18.9744
15	1.1407	-0.0003	0.0843	1.0018	-0.2987	1.5738	0.0107	-0.0973	-0.1244	0.0133	0.0584	0.0543	0.029	-0.1322	-0.0385	0.0415	0.0032	0.0217	0.0694	0.0066	0.0684	-8.3938	-74.2933	-6.6752
16	1.3159	0.3032	-0.0838	0.4511	-0.0351	0.2979	0.04	-0.0817	0.0671	0.0072	-0.0291	0.0496	-0.0241	-0.0431	-0.006	0.0746	0.0055	-0.0029	0.0825	-0.0036	0.0829	-3.5355	-63.2202	-7.3505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 198 )	A	26 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 199 through 410 )	A	199 - 410
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 26 through 59 )	B	26 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 60 through 116 )	B	60 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 117 through 234 )	B	117 - 234
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 235 through 257 )	B	235 - 257
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 258 through 296 )	B	258 - 296
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 297 through 410 )	B	297 - 410
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 25 through 59 )	C	25 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 60 through 116 )	C	60 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 117 through 215 )	C	117 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 216 through 257 )	C	216 - 257
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 258 through 274 )	C	258 - 274
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 275 through 296 )	C	275 - 296
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 297 through 331 )	C	297 - 331
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 332 through 410 )	C	332 - 410

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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