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- PDB-5v0t: Crystal structure of an alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v0t
タイトルCrystal structure of an alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) from Burkholderia xenovorans in complex with glucose-6-phosphate
要素Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia xenovorans / alpha / alpha-trehalose-phosphate synthase / UDP / glucose-6-phosphate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / trehalose biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase / Glycosyl transferase, family 20 / Glycosyltransferase family 20 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / OXALIC ACID / D(-)-TARTARIC ACID / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Trehalose-6-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) from Burkholderia xenovorans in complex with glucose-6-phosphate
著者: Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
B: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
C: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
D: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
E: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
F: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
G: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
H: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)450,42187
ポリマ－441,4478
非ポリマー8,97479
水51,3432850
1
A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,45414
ポリマ－55,1811
非ポリマー1,27313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,69318
ポリマ－55,1811
非ポリマー1,51217
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2109
ポリマ－55,1811
非ポリマー1,0308
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,27111
ポリマ－55,1811
非ポリマー1,09110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,45312
ポリマ－55,1811
非ポリマー1,27211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,25310
ポリマ－55,1811
非ポリマー1,0739
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9665
ポリマ－55,1811
非ポリマー7854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1208
ポリマ－55,1811
非ポリマー9407
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.920, 105.950, 135.710
Angle α, β, γ (deg.)91.360, 90.370, 89.970
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / Osmoregulatory trehalose synthesis protein A / Trehalose-6-phosphate synthase


分子量: 55180.852 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxe_A1242 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q13W28, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
#3: 糖
ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 7種, 2921分子

#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-OXD / OXALIC ACID / シュウ酸


分子量: 90.035 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O4
#7: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2850 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MORPHEUS G2 (269140g2): 10% w/v PEG8000, 20% v/v EG, 20mM tartarate, citrate, oxamate, acetate, formate, 100mM MES/imidazole pH 6.5: 2mM UDP, 2mM glucose-6-phosphate, 2mM MgCl2: protein conc ...詳細: MORPHEUS G2 (269140g2): 10% w/v PEG8000, 20% v/v EG, 20mM tartarate, citrate, oxamate, acetate, formate, 100mM MES/imidazole pH 6.5: 2mM UDP, 2mM glucose-6-phosphate, 2mM MgCl2: protein conc 22.24mg/mL: dc: wpj5-2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月11日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 329972 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.994 % / Biso Wilson estimate: 24.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 11.68
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-21.9950.4221.95244500.7130.59795.3
2-2.061.9950.352.36237000.7660.49595.4
2.06-2.121.9950.2563.21230520.8590.36295.4
2.12-2.181.9950.2043.96225190.9050.28895.7
2.18-2.251.9940.1654.8217240.9320.23395.5
2.25-2.331.9950.1465.44210720.9470.20695.8
2.33-2.421.9940.1156.69204230.9670.16395.9
2.42-2.521.9940.0967.87195510.9750.13696.1
2.52-2.631.9940.0779.65188410.9830.10996
2.63-2.761.9940.06411.34180510.9890.09196.3
2.76-2.911.9950.05213.77170960.9920.07396
2.91-3.081.9950.04415.81162710.9940.06396.4
3.08-3.31.9950.03519.57152180.9960.04996.2
3.3-3.561.9940.02923141530.9960.04295.9
3.56-3.91.9940.02626.31129220.9970.03795.5
3.9-4.361.9930.02429.09116930.9970.03395.3
4.36-5.031.9930.02330.2102660.9970.03295
5.03-6.171.9910.02329.2887370.9970.03295.6
6.17-8.721.9860.02330.9366910.9980.03295.2
8.72-501.9510.02134.8635420.9970.0391.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4b14

4b14


解像度: 1.95→50 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1777 1982 0.6 %
Rwork0.1554 --
obs0.1555 329927 95.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.22 Å2 / Biso mean: 32.7772 Å2 / Biso min: 11.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28448 0 575 2866 31889
Biso mean--36.97 39.4 -
残基数----3628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00730217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85641159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0534469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.13717932
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.99880.24151280.2307234302355895
1.9988-2.05280.26791370.2193232942343195
2.0528-2.11330.21061390.1976233892352895
2.1133-2.18150.21071220.1851234822360496
2.1815-2.25940.20191020.171233882349095
2.2594-2.34990.22761510.1693234572360896
2.3499-2.45680.20581540.1623234342358896
2.4568-2.58630.20071940.1591234352362996
2.5863-2.74830.18651590.157235182367796
2.7483-2.96050.19131160.1563236072372396
2.9605-3.25830.18941400.1549235542369496
3.2583-3.72960.1451410.1412234292357096
3.7296-4.69790.141110.1215233802349195
4.6979-42.37670.14861880.1471231482333695
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.77522.8325-0.3553.06391.7795.9043-0.0110.20630.1418-0.43760.01810.2592-0.194-0.3595-0.05940.2060.0078-0.09310.19740.01180.2375-10.9422.33063.5987
21.83770.14530.08461.477-0.10931.47250.071-0.1236-0.12570.075-00.17080.1695-0.2354-0.03830.1497-0.0574-0.01550.1386-0.00040.1844-6.813518.982918.1244
30.55850.007-0.00013.9094-1.53722.42060.17920.0932-0.2823-0.5713-0.1108-0.00130.860.1243-0.11630.22080.0039-0.03220.1508-0.04910.2623.46212.53936.8544
40.81490.0717-0.19641.8417-0.09091.1520.01890.09410.0855-0.1255-0.0286-0.0373-0.0745-0.04230.02960.10940.0131-0.00820.1156-0.00220.15935.436945.05954.4463
51.86770.10750.67682.3228-0.30882.15060.05910.2186-0.1215-0.2284-0.1058-0.16260.18380.28740.02770.17690.03280.04040.1535-0.02780.169111.418331.6688-0.9124
61.08860.3153-0.02511.6653-0.16441.2392-0.00120.2495-0.2193-0.4285-0.0296-0.19470.22590.06450.03640.24980.05990.03880.1828-0.03430.20319.385225.8664-4.2824
71.667-0.1657-0.13761.4893-0.06861.65590.05520.0770.11830.00420.01260.2358-0.16-0.2469-0.03230.14260.04980.02270.13460.00960.2226-49.736186.7259-15.2704
80.80210.0445-0.27864.1011-1.75592.81120.1073-0.09590.18660.5807-0.04050.0774-0.59980.0482-0.10450.08550.00060.00810.165-0.04470.2172-40.262185.6377-2.3086
90.75520.1213-0.01881.5405-0.08230.93220.0148-0.11150.0260.1773-0.0453-0.0916-0.0490.04070.02370.111-0.00960.00580.13430.00440.1518-34.569668.4697-1.276
103.1224-0.6071-0.5012.1782-0.77272.2028-0.1453-0.2223-0.17340.17330.0524-0.04510.0920.08440.02580.2672-0.0243-0.02620.1302-0.03030.1792-22.54120.123-16.4197
112.4107-0.31240.02253.7777-1.8912.87820.0844-0.00250.16440.103-0.4218-0.7356-0.12860.52280.17790.2326-0.0404-0.02940.21950.00160.3089-11.537926.0618-19.594
122.182-0.3979-0.05011.6457-0.36971.29360.0460.3351-0.0517-0.3342-0.0107-0.07690.2745-0.0674-0.02430.2973-0.03960.00490.1651-0.05050.1384-27.486423.7725-33.105
130.6807-0.044-0.30041.69611.98715.3306-0.08610.3042-0.4084-0.26820.01370.09271.0207-0.411-0.04820.5032-0.1164-0.0440.3233-0.10540.2965-36.757111.5042-33.0625
141.7146-0.7594-0.27074.2530.53491.9991-0.0434-0.3444-0.05040.53430.3033-0.26260.36640.0583-0.07970.2649-0.0201-0.05250.24690.02230.1804-36.587229.88414.1306
151.7677-0.3518-0.85431.64820.25231.99510.0370.00830.11660.06450.03920.080.0806-0.2605-0.07840.1636-0.0475-0.01340.15540.00960.1691-43.621241.7357-11.0833
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171.5665-0.5058-0.1410.6628-0.43451.81270.06940.016-0.2136-0.03920.03570.05270.3206-0.2673-0.02020.2377-0.1057-0.02340.17250.02270.1939-47.218726.8681-11.8588
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191.84250.18420.12051.7531-0.60451.4866-0.003-0.16930.08210.2217-0.0388-0.2078-0.2276-0.00870.01820.26760.0383-0.0270.1151-0.05560.186617.632782.610829.6928
201.0806-0.10130.29421.56781.50756.5465-0.1365-0.37530.46170.35940.0770.0799-0.868-0.4671-0.04520.50310.13770.03350.3098-0.11690.3115.631394.591634.0438
211.35560.18560.07763.78790.4791.4299-0.04550.26940.066-0.56750.1982-0.0633-0.31540.0184-0.04210.30320.01750.05290.25340.02920.2075.588276.1051-3.4143
221.30890.13390.49171.68370.19191.43720.02510.0024-0.0471-0.03850.01570.0099-0.0593-0.1612-0.06510.13990.03830.02190.13080.00210.16091.050662.015212.2433
230.99560.04990.30250.9063-0.13760.6907-0.0178-0.03470.20190.0110.01730.0276-0.2412-0.21560.03440.23310.08830.02040.17630.00450.2012-2.763281.335512.1535
241.88130.0368-0.26842.24770.10961.38230.0285-0.09570.13230.1382-0.0047-0.2705-0.04560.3648-0.01940.1238-0.0007-0.00730.28890.01360.178635.00530.298627.5895
250.908-0.6037-1.1421.56091.27926.2747-0.1585-0.1227-0.08540.27980.034-0.15080.78820.55050.06140.0961-0.0261-0.04210.23850.03580.205128.100119.794838.5152
260.9268-0.3087-0.09171.1502-0.04161.277-0.0239-0.0879-0.09070.12860.00680.00740.148-0.04620.01730.1486-0.0335-0.01370.18040.00370.119814.920627.345645.7167
271.5933-0.01340.25692.1423-0.03751.3376-0.00290.0359-0.1184-0.0893-0.0221-0.28050.00090.37930.0050.1184-0.02330.01580.33970.04060.2092-7.513976.9013-25.4935
281.05750.30590.29050.96370.07111.2818-0.05990.12080.0906-0.19090.0102-0.0285-0.16620.07020.05130.16590.00580.02320.19880.02290.1357-25.514979.1911-45.3795
297.344-0.92491.71461.74912.29354.6519-0.04860.60050.2082-0.65380.08040.4017-0.4437-0.40940.10380.4899-0.1184-0.21070.76390.20960.4903-66.054245.2626-53.0427
301.13620.5612-0.06731.3503-0.59411.48880.0150.0676-0.0133-0.32570.15650.2410.2605-0.5434-0.05280.2546-0.1178-0.11740.41430.03180.1944-51.020541.8703-48.9418
316.25161-0.97281.94021.89722.5289-0.0394-0.9635-0.09070.83810.10160.34180.4121-0.22030.14510.51890.16460.19430.9190.21920.4834-23.056161.666255.0423
321.0875-0.69860.12181.3778-0.72761.65760.0004-0.1105-0.00080.40220.19510.2469-0.3465-0.675-0.02230.27020.15110.13590.47310.02660.1999-9.249664.110949.7908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 43 )A10 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 209 )A44 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 210 through 252 )A210 - 252
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 253 through 379 )A253 - 379
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 380 through 419 )A380 - 419
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 420 through 467 )A420 - 467
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 10 through 209 )B10 - 209
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 210 through 266 )B210 - 266
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 267 through 467 )B267 - 467
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 10 through 50 )C10 - 50
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 51 through 78 )C51 - 78
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 79 through 210 )C79 - 210
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 211 through 242 )C211 - 242
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 243 through 266 )C243 - 266
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 267 through 318 )C267 - 318
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 319 through 379 )C319 - 379
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 380 through 419 )C380 - 419
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 420 through 467 )C420 - 467
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 10 through 210 )D10 - 210
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 211 through 242 )D211 - 242
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 243 through 266 )D243 - 266
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 267 through 355 )D267 - 355
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 356 through 467 )D356 - 467
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 10 through 209 )E10 - 209
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 210 through 266 )E210 - 266
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 267 through 466 )E267 - 466
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 10 through 229 )F10 - 229
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 230 through 467 )F230 - 467
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 10 through 50 )G10 - 50
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 51 through 467 )G51 - 467
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 11 through 43 )H11 - 43
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 44 through 467 )H44 - 467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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