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- PDB-5v0l: Crystal structure of the AHR-ARNT heterodimer in complex with the DRE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v0l
タイトルCrystal structure of the AHR-ARNT heterodimer in complex with the DRE
要素
  • (Aryl hydrocarbon ...) x 2
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*TP*G)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / AHR / ARNT / transcription factor / heterodimer / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


circumferential growth involved in left ventricle morphogenesis / negative regulation of calcium ion transmembrane transport / cellular response to 3-methylcholanthrene / regulation of heart growth / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / glomerulus morphogenesis / gland development / reactive oxygen species biosynthetic process / Phase I - Functionalization of compounds ...circumferential growth involved in left ventricle morphogenesis / negative regulation of calcium ion transmembrane transport / cellular response to 3-methylcholanthrene / regulation of heart growth / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / glomerulus morphogenesis / gland development / reactive oxygen species biosynthetic process / Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / kidney morphogenesis / omega-hydroxylase P450 pathway / arachidonic acid omega-hydroxylase activity / positive regulation of growth rate / lymphocyte homeostasis / regulation of adaptive immune response / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / cardiac left ventricle morphogenesis / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / negative regulation of osteoblast proliferation / reproductive structure development / cellular response to toxic substance / prostate gland development / aryl hydrocarbon receptor complex / B-1 B cell homeostasis / positive regulation of protein sumoylation / post-embryonic hemopoiesis / Xenobiotics / negative regulation of DNA biosynthetic process / vasculature development / camera-type eye development / negative regulation of systemic arterial blood pressure / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / blood circulation / blood vessel morphogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / negative regulation of vasoconstriction / branching involved in blood vessel morphogenesis / immune system process / blood vessel development / E-box binding / T cell homeostasis / aryl hydrocarbon receptor binding / B cell homeostasis / positive regulation of cell size / protein localization to nucleus / toxic substance binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / blood vessel remodeling / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ovarian follicle development / spleen development / positive regulation of endothelial cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of glycolytic process / xenobiotic metabolic process / B cell differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / liver development / circadian regulation of gene expression / Hsp90 protein binding / cell morphogenesis / response to organic cyclic compound / PPARA activates gene expression / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / protein-folding chaperone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / cell cycle / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily ...Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Aryl hydrocarbon receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Seok, S.-H. / Lee, W. / Jiang, L. / Bradfield, C.A. / Xing, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM096060-01 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural hierarchy controlling dimerization and target DNA recognition in the AHR transcriptional complex.
著者: Seok, S.H. / Lee, W. / Jiang, L. / Molugu, K. / Zheng, A. / Li, Y. / Park, S. / Bradfield, C.A. / Xing, Y.
履歴
登録2017年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22017年6月7日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
B: Aryl hydrocarbon receptor
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3248
ポリマ－67,7274
非ポリマー5964
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7740 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area27140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.199, 64.364, 157.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Aryl hydrocarbon ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear ...ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF1-beta


分子量: 31028.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNT, BHLHE2 / プラスミド: pQLinkH
詳細 (発現宿主): Vectors for co-expression of proteins
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27540
#2: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor / AhR


分子量: 27151.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ahr / プラスミド: pQLinkH
詳細 (発現宿主): Vectors for co-expression of proteins
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30561

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 5307.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 4239.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 10%-12% PEG 20000, 4-6% Tacsimate pH 7.0 or 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月12日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→50 Å / Num. obs: 6690 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.9 % / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.9→3.97 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 669 / Rpim(I) all: 0.592 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZPK

4zpk


解像度: 4→39.685 Å / SU ML: 0.72 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 46.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3226 332 4.98 %
Rwork0.2852 --
obs0.2872 6660 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→39.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2738 640 40 0 3418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6714971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5072051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0001-5.03810.4331640.35313143X-RAY DIFFRACTION100
5.0381-39.68670.29411680.26573185X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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