[日本語] English
万見
- PDB-5uzh: Crystal structure of a GDP-mannose dehydratase from Naegleria fowleri -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uzh
タイトルCrystal structure of a GDP-mannose dehydratase from Naegleria fowleri
要素NafoA.00085.b
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Naegleria fowleri / kinase / nucloside diphosphate / potential drug target / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-L-fucose biosynthetic process / GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose metabolic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / GDP-mannose 4,6-dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a GDP-mannose dehydratase from Naegleria fowleri
著者: Conrady, D.G. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NafoA.00085.b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8507
ポリマ－39,2731
非ポリマー1,5776
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC determined molecular weight is consistent with monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.730, 92.730, 94.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

MPD

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NafoA.00085.b


分子量: 39272.957 Da / 分子数: 1 / 断片: NafoA.00085.b / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
株: ATCC 30863 / プラスミド: NafoA.00085.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1W2VMZ8*PLUS, GDP-mannose 4,6-dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 164分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Rigaku Reagents Morpheus F12: (0.02M each D-Glucose, D-Mannnose, D-Galactose, L-Fucose, D-Xylose, N-acetyl-D-Glucosamine: 0.1 M Tris (base)/Bicine pH 8.5, 12.5% MPD, 12.5% Peg1K, 12.5% ...詳細: Rigaku Reagents Morpheus F12: (0.02M each D-Glucose, D-Mannnose, D-Galactose, L-Fucose, D-Xylose, N-acetyl-D-Glucosamine: 0.1 M Tris (base)/Bicine pH 8.5, 12.5% MPD, 12.5% Peg1K, 12.5% PEG3350) mixed 1:1 with 19.8 mg/mL protein in sitting drop vapor diffusion. Tray id 283244f12, puck kjy4-9.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月9日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.365 Å / Num. obs: 20179 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.611 % / Biso Wilson estimate: 33.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 24.67
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.25-2.319.8050.5665.1814620.9340.597100
2.31-2.379.8050.5035.814410.9460.53100
2.37-2.449.8350.4187.0413780.9640.4499.9
2.44-2.529.8180.3458.413400.9730.36499.9
2.52-2.69.8280.27110.2413050.9860.286100
2.6-2.699.8130.23311.7212680.9880.245100
2.69-2.799.760.18114.4912310.9920.191100
2.79-2.99.7670.14817.3811850.9940.156100
2.9-3.039.7560.11621.1211320.9960.123100
3.03-3.189.7330.09125.2110920.9980.096100
3.18-3.359.6860.0730.8610430.9990.07499.9
3.35-3.569.590.05637.139920.9990.05999.8
3.56-3.89.540.04741.939240.9990.05100
3.8-4.119.3460.0447.758740.9990.04299.9
4.11-4.59.3370.03552.658150.9990.037100
4.5-5.039.2870.03255.277390.9990.03499.9
5.03-5.819.1920.03354.1766110.03599.8
5.81-7.129.0530.03354.295700.9990.035100
7.12-10.068.6570.0360.554550.9990.032100
10.06-46.3657.3350.03255.952720.9990.03497.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2621精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T2A

1t2a


解像度: 2.25→46.365 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 2004 9.93 %
Rwork0.1468 --
obs0.1521 20178 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.57 Å2 / Biso mean: 36.8162 Å2 / Biso min: 16.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→46.365 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2712 0 101 159 2972
Biso mean--36.04 40.75 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.883926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.8262322
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2501-2.30630.24191500.170112701420
2.3063-2.36870.26331260.163712791405
2.3687-2.43840.23611140.164212911405
2.4384-2.51710.23821450.152412611406
2.5171-2.6070.22571650.149212521417
2.607-2.71140.23541270.154512961423
2.7114-2.83480.19241390.152212871426
2.8348-2.98420.19591340.152112951429
2.9842-3.17120.22531370.153413001437
3.1712-3.41590.18951320.144713001432
3.4159-3.75960.17071760.134712751451
3.7596-4.30320.16991280.121213351463
4.3032-5.42030.15931570.131413251482
5.4203-46.37480.23041740.172714081582
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.478-0.3320.11772.6601-0.23842.76470.12580.2466-0.586-0.32610.02650.10870.39190.026-0.15870.33180.0279-0.05870.2346-0.04140.2503-18.8423-12.16-13.7929
21.2794-0.0223-0.10531.1773-0.41870.81070.00090.1051-0.0264-0.01590.05350.10090.031-0.0933-0.0560.21550.0242-0.00760.23930.03220.2047-21.87652.712-4.3559
33.13442.4272-1.51612.8123-1.29532.6940.3491-0.347-0.03790.4573-0.16920.3274-0.1492-0.2582-0.18260.27350.0390.06350.34510.05540.3033-36.5731-2.610414.9902
44.50072.4821-1.55047.9599-6.6197.12650.00460.1609-0.0867-0.22390.40660.66140.2575-0.6353-0.50470.2296-0.0257-0.04680.34680.01820.2464-38.0211-4.6727-4.8478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 98 )A33 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 99 through 289 )A99 - 289
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 290 through 345 )A290 - 345
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 346 through 377 )A346 - 377

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る