PDB-5uyd: YfeA from M9 minimal media supplemented with zinc - Zn wavelength

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uyd

タイトル

YfeA from M9 minimal media supplemented with zinc - Zn wavelength

要素

Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

キーワード

METAL TRANSPORT / polyspecific / transition metal / transport

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to iron ion / iron ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.927 Å

データ登録者

Radka, C.D. / DeLucas, L.J. / Aller, S.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of Yersinia pestis virulence factor YfeA reveals two polyspecific metal-binding sites.
著者: Radka, C.D. / DeLucas, L.J. / Wilson, L.S. / Lawrenz, M.B. / Perry, R.D. / Aller, S.G.

履歴

登録	2017年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uyd.cif.gz	76.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uyd.ent.gz	53.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uyd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uyd_validation.pdf.gz	433.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uyd_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	5uyd_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	5uyd_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uyd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uxsSC 5uxuC 5uy0C 5uy4C 5uy5C 5uyaC 5uybC 5uycC 5uyeC 5uyfC 5uygC 5uyhC 5uyvC 5uywC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uyc-d 5uy4-d 4udn-d 5uxs-d 5uy5-d 5jpd-d 5uyw-d 6q1d-d 1lne-d 3zk7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

ヘテロ分子

36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.786, 52.174, 112.796
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA 分子量: 36048.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yfeA, YPO2439, y1897, YP_2227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56952
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.88 % / 解説: tetragonal prism
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.3 詳細: 30% PEG 4000, 20mM Bis-tris propane, 50mM sodium chloride, 0.05% sodium azide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.28215 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月10日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28215 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.927→50 Å / Num. obs: 19305 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.727 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 54.8
反射シェル	解像度: 1.927→1.96 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique obs: 937 / CC_1/2: 0.937 / R_pim(I) all: 0.169 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000	v712	データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5uxs

5uxs

解像度: 1.927→39.184 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2011	3599	10.04 %
R_work	0.1619	-	-
obs	0.1659	19252	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.927→39.184 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2153	0	1	284	2438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2205
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.774	3002
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.165	1331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	388

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9272-1.9526	0.2845	121	0.2262	1111	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9526-1.9793	0.3122	140	0.2017	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9793-2.0076	0.2402	140	0.1785	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0076-2.0376	0.2297	137	0.1744	1210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0376-2.0694	0.2346	139	0.1619	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0694-2.1034	0.2205	141	0.1614	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1034-2.1396	0.2069	133	0.1611	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1396-2.1785	0.2049	141	0.1637	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1785-2.2204	0.202	140	0.1658	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2204-2.2657	0.2115	141	0.1755	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2657-2.315	0.2227	135	0.1679	1232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.315-2.3688	0.2407	138	0.175	1253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3688-2.4281	0.1892	138	0.1623	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4281-2.4937	0.2228	147	0.1727	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4937-2.5671	0.1864	144	0.1754	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5671-2.6499	0.2196	134	0.167	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6499-2.7446	0.1919	136	0.1541	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7446-2.8545	0.2215	135	0.1643	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8545-2.9843	0.2072	144	0.1664	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9843-3.1416	0.1967	132	0.1675	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1416-3.3383	0.2103	143	0.1628	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3383-3.5959	0.1797	142	0.1565	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5959-3.9575	0.1907	139	0.1495	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9575-4.5294	0.1954	141	0.1427	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5294-5.7038	0.1629	134	0.1473	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7038-39.1918	0.1771	144	0.162	1235	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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