ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | 1.10_2155精密化 | PDB_EXTRACT | 3.22 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 解像度: 2.197→22.342 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.44
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2745 | 529 | 10.06 % |
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Rwork | 0.1938 | - | - |
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obs | 0.2024 | 5256 | 91.92 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 98.99 Å2 / Biso mean: 44.9394 Å2 / Biso min: 19.16 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.197→22.342 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 782 | 0 | 14 | 57 | 853 |
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Biso mean | - | - | 77.4 | 46.33 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 96 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 797 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.838 | 1061 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.038 | 113 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 131 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d25.037 | 490 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.1968-2.4177 | 0.3367 | 96 | 0.2392 | 910 | 1006 | 71 | 2.4177-2.7669 | 0.3239 | 139 | 0.2382 | 1226 | 1365 | 96 | 2.7669-3.4839 | 0.2944 | 151 | 0.1972 | 1268 | 1419 | 100 | 3.4839-22.3429 | 0.2407 | 143 | 0.1702 | 1323 | 1466 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.336 Å / Origin y: -0.703 Å / Origin z: 8.6277 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.2594 Å2 | -0.0177 Å2 | 0.0559 Å2 | - | 0.1596 Å2 | -0.023 Å2 | - | - | 0.3211 Å2 |
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L | 3.0068 °2 | -0.3353 °2 | -0.4453 °2 | - | 2.8057 °2 | -0.1996 °2 | - | - | 1.7198 °2 |
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S | 0.106 Å ° | 0.1863 Å ° | -0.0685 Å ° | -0.0641 Å ° | -0.0749 Å ° | -0.0598 Å ° | -0.0195 Å ° | 0.0495 Å ° | -0.02 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA0 - 33 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB0 - 29 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allC0 - 31 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 77 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allG1 | | | | | | | | | | |
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