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万見
- PDB-5uxt: Coiled-coil Trimer with Glu:Trp:Lys Triad -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uxt
タイトルCoiled-coil Trimer with Glu:Trp:Lys Triad
要素coiled-coil trimer with Glu:Trp:Lys triad
キーワードDE NOVO PROTEIN / Coiled coil / Triad
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 解像度: 2.197 Å
データ登録者Smith, M.S. / Billings, W.M. / Whitby, F.G. / Miller, M.B. / Price, J.L.
引用ジャーナル: Org. Biomol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Enhancing a long-range salt bridge with intermediate aromatic and nonpolar amino acids.
著者: Smith, M.S. / Billings, W.M. / Whitby, F.G. / Miller, M.B. / Price, J.L.
履歴
登録2017年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: coiled-coil trimer with Glu:Trp:Lys triad
B: coiled-coil trimer with Glu:Trp:Lys triad
C: coiled-coil trimer with Glu:Trp:Lys triad
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9114
ポリマ－11,8193
非ポリマー921
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area6620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.815, 38.516, 37.031
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.340, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド coiled-coil trimer with Glu:Trp:Lys triad


分子量: 3939.510 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.3 uL protein + 0.3 uL 50% v/v PEG200, 0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 6.2, 0.2 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.197→40 Å / Num. obs: 5259 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 30.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 1.127 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.282.30.3930.8220.2650.4771.31562.7
2.28-2.372.70.5020.7560.3180.5981.12473.7
2.37-2.483.10.4780.8070.2810.5581.10387.5
2.48-2.613.60.4520.8680.250.5190.99496.1
2.61-2.7740.3290.9060.1820.3791.15599.5
2.77-2.994.40.2790.9470.1490.3181.069100
2.99-3.294.60.2280.950.1220.261.126100
3.29-3.764.60.1080.9910.0580.1231.074100
3.76-4.744.60.0770.9940.040.0871.229100
4.74-404.40.0790.9970.0430.0911.17399.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.197→22.342 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2745 529 10.06 %
Rwork0.1938 --
obs0.2024 5256 91.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.99 Å2 / Biso mean: 44.9394 Å2 / Biso min: 19.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.197→22.342 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数782 0 14 57 853
Biso mean--77.4 46.33 -
残基数----96
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8381061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004131
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.037490
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1968-2.41770.3367960.2392910100671
2.4177-2.76690.32391390.23821226136596
2.7669-3.48390.29441510.197212681419100
3.4839-22.34290.24071430.170213231466100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.336 Å / Origin y: -0.703 Å / Origin z: 8.6277 Å
111213212223313233
T0.2594 Å2-0.0177 Å20.0559 Å2-0.1596 Å2-0.023 Å2--0.3211 Å2
L3.0068 °2-0.3353 °2-0.4453 °2-2.8057 °2-0.1996 °2--1.7198 °2
S0.106 Å °0.1863 Å °-0.0685 Å °-0.0641 Å °-0.0749 Å °-0.0598 Å °-0.0195 Å °0.0495 Å °-0.02 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 33
2X-RAY DIFFRACTION1allB0 - 29
3X-RAY DIFFRACTION1allC0 - 31
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 77
5X-RAY DIFFRACTION1allG1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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