PDB-5ux6: Structure of Human POFUT1 in its apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ux6

タイトル

Structure of Human POFUT1 in its apo form

要素

GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / GDP-fucose / Notch signaling / POFUT1 / T-ALL

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide-O-fucosyltransferase / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase activity / fucosyltransferase activity / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / O-glycan processing / regulation of Notch signaling pathway / fucose metabolic process / protein O-linked glycosylation / somitogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Xu, X. / McMillan, B. / Blacklow, S.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2017
タイトル: Structure of human POFUT1, its requirement in ligand-independent oncogenic Notch signaling, and functional effects of Dowling-Degos mutations.
著者: McMillan, B.J. / Zimmerman, B. / Egan, E.D. / Lofgren, M. / Xu, X. / Hesser, A. / Blacklow, S.C.

履歴

登録	2017年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ux6.cif.gz	423.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ux6.ent.gz	352.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ux6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ux6_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ux6_full_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示
XML形式データ	5ux6_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	5ux6_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/5ux6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/5ux6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uxhC 3zy4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uxh-1 4c2l-d 5kxh-d 5uxh-2 2z1d-2 5c1s-1 3kl3-1 5ky9-d 5u22-d 6d6n-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

B: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

ヘテロ分子

84.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.198, 132.236, 72.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1 / Peptide-O-fucosyltransferase 1 / O-FucT-1

分子量: 41872.039 Da / 分子数: 2 / 変異: N160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POFUT1, FUT12, KIAA0180 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H488, peptide-O-fucosyltransferase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16.5% v/v PEG3350, 0.05% w/v octyl-beta-D-glucoside, 0.5% v/v glycerol, and 100 mM sodium citrate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.087→50 Å / Num. obs: 52549 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 7.42
反射シェル	解像度: 2.09→2.2 Å / 冗長度: 2.6 % / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZY4

3zy4

解像度: 2.09→47.78 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.21

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	1993	3.79 %	Random selection
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	52549	98.3 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→47.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5635	0	34	632	6301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5875
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.71	7989
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.093	3499
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	839
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1024

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0871-2.1393	0.3617	125	0.3202	3498	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1393-2.1971	0.3354	164	0.2905	3622	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1971-2.2618	0.2942	124	0.2601	3623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2618-2.3348	0.297	159	0.2488	3622	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3348-2.4182	0.2697	132	0.2331	3625	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4182-2.5151	0.2326	153	0.22	3624	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5151-2.6295	0.2706	140	0.2025	3582	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6295-2.7681	0.2395	139	0.1879	3619	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7681-2.9416	0.218	148	0.1763	3604	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9416-3.1686	0.1974	133	0.1646	3629	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1686-3.4874	0.1698	150	0.1434	3620	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4874-3.9918	0.1824	143	0.1293	3649	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9918-5.0284	0.1676	137	0.124	3633	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0284-47.7879	0.2454	146	0.1737	3606	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2734	-0.4257	-0.5335	2.5492	0.2221	2.319	-0.0442	0.3693	-0.2019	-0.2429	0.0396	0.0762	0.1802	-0.2435	-0.0037	0.1993	-0.057	-0.0017	0.2236	-0.028	0.1202	14.1985	13.9642	6.474
2	0.7562	-0.4852	-0.5912	1.0071	0.5171	1.3235	-0.0624	0.0221	-0.0898	0.0095	0.0372	0.1006	0.0516	-0.0372	0.0308	0.109	0.0004	-0.0275	0.1246	0.0001	0.1429	8.8911	21.0343	28.8299
3	2.9245	-0.7972	0.2283	3.0619	-0.1939	3.0209	0.026	0.2173	-0.0795	-0.1605	-0.0351	0.0916	0.0713	0.0758	-0.0352	0.1374	0.0112	-0.0074	0.1117	-0.0018	0.1035	10.8811	58.5677	15.8646
4	1.8328	-0.303	-0.0343	3.1755	0.7126	2.0401	-0.0328	0.0894	0.0706	-0.1581	-0.1092	0.1978	-0.332	-0.0795	0.1285	0.1765	0.0209	-0.0383	0.1888	0.041	0.1498	6.2825	73.5937	14.9484
5	1.4119	-1.5812	0.5629	3.3917	-1.1262	1.5495	-0.0309	0.064	-0.1082	-0.1513	0.0103	0.2406	0.1015	-0.0555	0.0015	0.1482	-0.0233	-0.0036	0.1195	-0.0076	0.1295	10.2321	53.8455	21.4956
6	0.6987	0.0852	0.0862	2.642	2.0477	1.569	0.0151	0.0525	0.0276	-0.0179	-0.0293	-0.2517	-0.0653	0.0659	-0.0218	0.1237	0.0286	0.0223	0.1157	0.0225	0.1826	24.9671	53.7174	39.7168
7	0.565	-0.2412	0.1656	2.4179	-0.7311	1.7303	-0.0454	0.0131	-0.1463	0.1743	0.2214	0.3859	0.0764	-0.5415	-0.1503	0.2192	0.0011	0.0175	0.3091	0.023	0.2694	14.4173	60.1735	44.9083
8	2.1461	-0.0695	1.0121	1.8834	-0.7606	2.6788	0.0191	-0.0113	0.0846	0.0148	-0.0457	-0.1348	-0.008	0.0083	0.0247	0.1075	0.0303	0.0338	0.0976	-0.0156	0.1353	23.0258	44.0458	38.0292

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 28 THROUGH 165 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 166 THROUGH 384 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'B' AND (RESID 28 THROUGH 111 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 112 THROUGH 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 182 THROUGH 229 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 230 THROUGH 254 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 255 THROUGH 286 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 287 THROUGH 383 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)