PDB-5uw3: PCY1 in Complex with Follower Peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uw3

タイトル

PCY1 in Complex with Follower Peptide

要素

Peptide cyclase 1
Presegetalin A1

キーワード

LYASE / Natural Product / Orbitide / Cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

oligopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccaria hispanica (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Chekan, J.R. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Characterization of the macrocyclase involved in the biosynthesis of RiPP cyclic peptides in plants.
著者: Chekan, J.R. / Estrada, P. / Covello, P.S. / Nair, S.K.

履歴

登録	2017年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uw3.cif.gz	609.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uw3.ent.gz	493.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uw5C 5uw6C 5uw7C 5uzwC 1qfsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uw5-1 5o3w-3 5uw7-1 5uzw-3 5uw6-4 5uzw-4 5o3w-2 5uw5-2 4ax4-d 5o3u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (4) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (4)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptide cyclase 1

E: Presegetalin A1

B: Peptide cyclase 1

F: Presegetalin A1

C: Peptide cyclase 1

G: Presegetalin A1

D: Peptide cyclase 1

H: Presegetalin A1

ヘテロ分子

351 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptide cyclase 1

E: Presegetalin A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptide cyclase 1

F: Presegetalin A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Peptide cyclase 1

G: Presegetalin A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.7 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Peptide cyclase 1

H: Presegetalin A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.495, 85.591, 137.720
Angle α, β, γ (deg.)	87.41, 78.28, 89.33
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: HOH / End label comp-ID: HOH / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	A	A - M	12 - 1031	38
2	1	TYR	TYR	B	C - O	12 - 1031	38
1	2	TYR	TYR	A	A - M	12 - 1031	38
2	2	TYR	TYR	C	E - Q	12 - 1031	38
1	3	TYR	TYR	A	A - M	12 - 1031	38
2	3	TYR	TYR	D	G - S	12 - 1031	38
1	4	GLY	GLY	B	C - O	5 - 1031	31
2	4	GLY	GLY	C	E - Q	5 - 1031	31
1	5	THR	THR	B	C - O	3 - 1032	29
2	5	THR	THR	D	G - S	3 - 1032	29
1	6	GLY	GLY	C	E - Q	5 - 1032	31
2	6	GLY	GLY	D	G - S	5 - 1032	31

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Peptide cyclase 1 分子量: 85600.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccaria hispanica (植物) / 遺伝子: Pcy1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R4P353
#2: タンパク質・ペプチド	Presegetalin A1 分子量: 1986.205 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 14-32 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vaccaria hispanica (植物) / 参照: UniProt: F6LNL5
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2061 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 16% PEG 8,000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 14 mg/mL protein, Protein was preincubated with 5 mM boric acid and 1 mM PSA1 [14-32]

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→44.9 Å / Num. obs: 201248 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.129 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.96→1.967 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2057 / R_sym value: 0.525 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QFS

1qfs

解像度: 1.96→44.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 4.122 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22409	9945	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18892	-	-	-
obs	0.19068	191296	95.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.961 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0.55 Å²	0.26 Å²
2-	-	-0.45 Å²	-0.19 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.96→44.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22650	0	20	2061	24731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	23248
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	21696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.952	31491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.461	3	49991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.545	5	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.297	23.981	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.469	15	3884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.257	15	145
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	26372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	5535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.825	1.781	11280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.825	1.781	11279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.71	2.661	14072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.71	2.661	14073
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.391	2.086	11968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.391	2.086	11969
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.729	3.023	17420
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.081	15.363	27947
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.952	15.164	27186
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	42209	0.1
1	2	B	42209	0.1
2	1	A	42052	0.11
2	2	C	42052	0.11
3	1	A	41917	0.1
3	2	D	41917	0.1
4	1	B	42313	0.11
4	2	C	42313	0.11
5	1	B	42586	0.1
5	2	D	42586	0.1
6	1	C	42377	0.11
6	2	D	42377	0.11

LS精密化シェル

解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	678	-
R_work	0.217	14335	-
obs	-	-	96.66 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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