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- PDB-5uvm: HIT family hydrolase from Clostridium thermocellum Cth-393 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uvm
タイトルHIT family hydrolase from Clostridium thermocellum Cth-393
要素Histidine triad (HIT) protein
キーワードHYDROLASE / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad (HIT) protein / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / Histidine triad (HIT) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminiclostridium thermocellum DSM 1313 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Habel, J. / Tempel, W. / Liu, Z.-J. / Rose, J. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIT family hydrolase from Clostridium thermocellum Cth-393
著者: Habel, J. / Tempel, W. / Liu, Z.-J. / Rose, J. / Wang, B.-C.
履歴
登録2017年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年4月5日ID: 1XQU
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine triad (HIT) protein
B: Histidine triad (HIT) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,20336
ポリマ－32,7772
非ポリマー2,42634
水50428
1
A: Histidine triad (HIT) protein
ヘテロ分子

A: Histidine triad (HIT) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,26340
ポリマ－32,7772
非ポリマー2,48638
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/41
Buried area3310 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10140 Å2
手法PISA
2
B: Histidine triad (HIT) protein
ヘテロ分子

B: Histidine triad (HIT) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,14332
ポリマ－32,7772
非ポリマー2,36630
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_564x,-y+1,-z-1/21
Buried area4320 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.804, 78.804, 114.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Histidine triad (HIT) protein


分子量: 16388.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminiclostridium thermocellum DSM 1313 (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372
遺伝子: Cthe_1369 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DF72
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG 3000, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 16265 / % possible obs: 98 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1XQU

1xqu
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.343 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.187
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Metal ions were assigned as zinc based on amino acid residue types at the binding site and following precedence of PDB entries 4EGU, 3OJ7, ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Metal ions were assigned as zinc based on amino acid residue types at the binding site and following precedence of PDB entries 4EGU, 3OJ7, 3OMF. CAUTION: The ligand bound near Asp30 of chain B was tentatively identified as adenosine based on the shape of difference electron density and the presence of similar ligands in PDB entries 4EGU, 3OMF. Ultimate identity and origin of the ligand remain unknown. There is similar but weaker electron density near an equivalent site in chain A. Restraints for adenosine geometry were prepared on the GRADE server (GLOBALPHASING). We note the dubious fit of the Leu1 side chain to electron density and suspect a misassignment or mutation of this residue.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23292 495 3.1 %FLAGS TAKEN FROM PDB ENTRY 1XQU
Rwork0.20597 ---
obs0.20678 15683 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1742 0 52 28 1822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191823
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.9642492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0463.0023976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0595236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.7982572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25515294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.331156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9394.102925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9324.1924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3546.1391155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3566.1411156
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2594.303898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2574.303898
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0146.341334
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.56647.9421933
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.56147.9281931
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.304→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 33 -
Rwork0.256 1112 -
obs--95.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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