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- PDB-5uv4: Crystal Structure of Maize SIRK1 (sucrose-induced receptor kinase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uv4
タイトルCrystal Structure of Maize SIRK1 (sucrose-induced receptor kinase 1) kinase domain bound to AMP-PNP
要素Putative leucine-rich repeat protein kinase family protein
キーワードTRANSFERASE / receptor-like kinase / leucine-rich repeat / sucrose-induced kinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Leucine Rich repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase ...: / Leucine Rich repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Putative leucine-rich repeat protein kinase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Counago, R.M. / Aquino, B. / Massirer, K.B. / Gileadi, O. / Arruda, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Maize SIRK1 (sucrose-induced receptor kinase 1) kinase domain bound to AMP-PNP
著者: Aquino, B. / Counago, R.M. / Massirer, K.B. / Gileadi, O. / Arruda, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2017年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative leucine-rich repeat protein kinase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0293
ポリマ－34,4981
非ポリマー5312
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.444, 74.532, 79.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative leucine-rich repeat protein kinase family protein


分子量: 34498.344 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 737-1045 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ZEAMMB73_708518 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 R3 / 参照: UniProt: K7VIQ3
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0,02M of each monossacharide (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine), 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.87 Å / Num. obs: 14190 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 55.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1492 / Num. unique obs: 1492 / CC1/2: 0.905 / Rpim(I) all: 0.341 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSMay 1, 2016 BUILT=20160617データ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L68

4l68


解像度: 2.3→39.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.296 / SU Rfree Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.196
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 652 4.6 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 14160 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.0965 Å20 Å20 Å2
2---12.7082 Å20 Å2
3----11.3883 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→39.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2180 0 32 65 2277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012258HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.063076HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d753SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes40HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes336HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2258HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.74
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion303SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2577SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.48 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 130 4.51 %
Rwork0.204 2755 -
all0.2056 2885 -
obs--96.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3148-0.3412-1.99876.0773.14086.34130.11940.1548-0.70990.14390.0213-0.49480.7060.1824-0.1407-0.23310.0657-0.0452-0.2656-0.0422-0.025416.925127.104144.9567
21.29212.9932-1.72254.9123-0.37390.03550.0364-0.0759-0.40160.0056-0.24710.54930.2011-0.18010.2108-0.24-0.086-0.021-0.0427-0.07560.03860.758931.577443.4059
31.4910.24240.15553.07350.29971.44710.1319-0.0281-0.45980.2276-0.0728-0.25470.34420.1477-0.0592-0.24610.0433-0.0135-0.1582-0.0102-0.128417.982637.584547.3062
42.46360.6044-0.27212.7957-0.26491.40210.1864-0.22140.06810.2181-0.2020.22080.0202-0.05220.0156-0.2968-0.00740.0492-0.1078-0.0681-0.17279.874648.216647.6202
54.58910.83242.34354.7121-0.97624.77570.1351-0.63910.44990.9111-0.16550.1635-0.4522-0.22680.0304-0.0898-0.06660.0971-0.1023-0.2052-0.136516.445763.097457.7091
64.8735-0.0519-0.51342.86611.69910.023-0.02220.06760.4852-0.0343-0.2120.4802-0.0551-0.13170.2342-0.24490.03520.0135-0.1102-0.0622-0.0049.932461.358742.3465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|744 - 791}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|792 - 810}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|811 - 860}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|861 - 962}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|963 - 1023}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|1024 - 1045}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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