PDB-5utt: SrtA sortase from Actinomyces oris

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5utt

タイトル

SrtA sortase from Actinomyces oris

要素

Sortase

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane => GO:0016020 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Actinomyces oris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Ma, X. / Ton-That, H. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272200700058C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200026C	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Cell-to-cell interaction requires optimal positioning of a pilus tip adhesin modulated by gram-positive transpeptidase enzymes.
著者: Chang, C. / Wu, C. / Osipiuk, J. / Siegel, S.D. / Zhu, S. / Liu, X. / Joachimiak, A. / Clubb, R.T. / Das, A. / Ton-That, H.

履歴

登録	2017年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.3	2019年8月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.5	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5utt.cif.gz	290.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5utt.ent.gz	234.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5utt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5utt_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5utt_full_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示
XML形式データ	5utt_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	5utt_validation.cif.gz	46.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/5utt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/5utt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cuwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dop-d 1pz7-1 3ew5-3 3zwg-2 6dol-d 6jgu-d 6ix6-d 1zwl-d 6doo-d 6ivv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95888

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sortase

B: Sortase

C: Sortase

D: Sortase

ヘテロ分子

84.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sortase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sortase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Sortase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Sortase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.183, 75.085, 77.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Monomer as determined by size exclusion chromatography

#1: タンパク質	Sortase 分子量: 20927.277 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 71-257 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Actinomyces oris (バクテリア) / 遺伝子: AXE84_04905 / プラスミド: pMCSG7 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0X8K1J2
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris:HCl buffer

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月2日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.524
1	1	-h,-k,l	2	0.476

反射

解像度: 1.7→37.54 Å / Num. obs: 74465 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 15 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 1.483 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	2.8	0.619	1.92	2941	0.801	0.404	0.742	1.09	75.3
1.73-1.76	2.8	0.52			0.82	0.347	0.628	1.142	88.7
1.76-1.79	3	0.422			0.873	0.283	0.51	1.13	93.8
1.79-1.83	3.2	0.388			0.902	0.253	0.465	1.177	93.9
1.83-1.87	3.4	0.343			0.913	0.216	0.406	1.259	95
1.87-1.91	3.7	0.272			0.953	0.165	0.319	1.328	94.6
1.91-1.96	3.7	0.228			0.961	0.139	0.268	1.44	93.9
1.96-2.02	3.7	0.19			0.972	0.115	0.223	1.554	93.4
2.02-2.07	3.7	0.169			0.975	0.103	0.198	1.559	93.8
2.07-2.14	3.7	0.149			0.98	0.09	0.175	1.588	94.1
2.14-2.22	3.7	0.132			0.982	0.08	0.154	1.592	95.2
2.22-2.31	3.7	0.12			0.985	0.073	0.141	1.632	97
2.31-2.41	3.7	0.109			0.986	0.066	0.127	1.682	97.3
2.41-2.54	3.7	0.095			0.99	0.059	0.112	1.64	98.3
2.54-2.7	3.7	0.091			0.989	0.055	0.106	1.66	98.7
2.7-2.91	3.8	0.077			0.991	0.046	0.09	1.605	99
2.91-3.2	3.8	0.066			0.994	0.039	0.077	1.585	99.3
3.2-3.66	3.8	0.054			0.996	0.032	0.063	1.499	99.4
3.66-4.61	3.8	0.043			0.997	0.026	0.05	1.393	99.4
4.61-50	3.7	0.044			0.997	0.027	0.052	1.576	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CUW

5cuw

解像度: 1.7→37.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.344 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20454	3651	4.9 %	RANDOM
R_work	0.15988	-	-	-
obs	0.16202	70787	94.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.422 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-17.99 Å²	-0 Å²	0.29 Å²
2-	-	25.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→37.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5620	0	12	529	6161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	5792
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5337
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.936	7906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.812	3	12273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.494	5	726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.292	24.397	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.24	15	903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.029	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	6724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.849	1.124	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.85	1.124	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.38	1.682	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.38	1.682	3604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.26	1.294	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.26	1.294	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.015	1.885	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.694	10.255	6712
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.56	9.723	6524
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	273	-
R_work	0.232	4113	-
obs	-	-	75.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4757	0.1144	0.077	0.1288	0.0131	0.3352	0.0256	-0.0109	-0.0155	-0.0076	-0.0098	0.0127	0.0048	-0.0032	-0.0159	0.084	0.0026	-0.0032	0.0008	-0.0005	0.092	23.4015	27.407	-5.6553
2	0.7007	-0.1914	-0.1434	0.1305	0.0331	0.3568	0.0263	0.0139	0.0286	0.0022	-0.0192	0.0049	-0.0078	-0.0088	-0.0071	0.0838	-0.0026	0.0081	0.0035	0.0003	0.0908	54.5123	37.3989	-13.8112
3	0.6159	-0.1738	0.1606	0.1475	0.0319	0.2732	0.0266	0.0149	-0.0509	0.0122	-0.0002	0.0103	0.0005	0.0242	-0.0265	0.0801	0.0002	-0.004	0.0035	0.0026	0.0895	35.5896	27.2856	25.0389
4	0.7042	0.1241	-0.1232	0.1859	-0.017	0.3865	0.0281	-0.0066	0.0252	-0.005	-0.0277	-0.0015	0.0004	0.0122	-0.0004	0.0772	0.0046	0.0063	0.0049	0.002	0.0835	4.5071	37.2994	33.2912

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	78 - 503
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	78 - 503
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	78 - 503
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	78 - 503

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)