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万見
- PDB-5ut3: JAK2 JH2 in complex with IKK-2 Inhibitor VI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ut3
タイトルJAK2 JH2 in complex with IKK-2 Inhibitor VI
要素Tyrosine-protein kinase JAK2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Pseudokinase Domain / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / : / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex ...interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / : / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / collagen-activated signaling pathway / interleukin-23-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor binding / Erythropoietin activates STAT5 / response to interleukin-12 / interleukin-5-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / positive regulation of leukocyte proliferation / post-embryonic hemopoiesis / erythropoietin-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / activation of Janus kinase activity / tyrosine phosphorylation of STAT protein / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of platelet aggregation / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / interleukin-12-mediated signaling pathway / acetylcholine receptor binding / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / positive regulation of platelet activation / interleukin-3-mediated signaling pathway / cellular response to interleukin-3 / regulation of nitric oxide biosynthetic process / Signaling by Leptin / Interleukin-12 signaling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-35 Signalling / positive regulation of signaling receptor activity / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor binding / growth hormone receptor signaling pathway / axon regeneration / response to hydroperoxide / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / extrinsic component of plasma membrane / peptide hormone receptor binding / Interleukin-20 family signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Interleukin-6 signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / negative regulation of cell-cell adhesion / interleukin-6-mediated signaling pathway / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Prolactin receptor signaling / MAPK3 (ERK1) activation / response to amine / negative regulation of DNA binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / mesoderm development / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of interleukin-17 production / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / response to tumor necrosis factor / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Regulation of IFNG signaling / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / post-translational protein modification / actin filament polymerization / SH2 domain binding / cellular response to dexamethasone stimulus / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / erythrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / endosome lumen / positive regulation of cell differentiation
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 5-PHENYL-2-UREIDOTHIOPHENE-3-CARBOXAMIDE / Tyrosine-protein kinase JAK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.501 Å
データ登録者Puleo, D.E. / Schlessinger, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007324 米国
Gilead SciencesYG-003-13 米国
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Identification and Characterization of JAK2 Pseudokinase Domain Small Molecule Binders.
著者: Puleo, D.E. / Kucera, K. / Hammaren, H.M. / Ungureanu, D. / Newton, A.S. / Silvennoinen, O. / Jorgensen, W.L. / Schlessinger, J.
履歴
登録2017年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7186
ポリマ－33,1211
非ポリマー5975
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.374, 57.641, 60.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK2 / Janus kinase 2 / JAK-2


分子量: 33120.961 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP resdiues 536-812 / 変異: W659A, W777A, F794H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60674, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-IK1 / 5-PHENYL-2-UREIDOTHIOPHENE-3-CARBOXAMIDE


分子量: 261.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11N3O2S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris, pH 8.0 0.2M Sodium acetate 12-20% PEG 4,000
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40.949 Å / Num. obs: 45642 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 27
反射 シェル最高解像度: 1.5 Å / Rpim(I) all: 12.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FVP

4fvp


解像度: 1.501→40.949 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1698 2220 4.87 %
Rwork0.1553 --
obs0.156 45623 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.501→40.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2113 0 40 327 2480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9752984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.071302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5011-1.53370.23711160.18692592X-RAY DIFFRACTION94
1.5337-1.56940.2021220.17072663X-RAY DIFFRACTION98
1.5694-1.60870.20141280.16612720X-RAY DIFFRACTION99
1.6087-1.65210.18171470.17372705X-RAY DIFFRACTION99
1.6521-1.70080.19841470.16512709X-RAY DIFFRACTION100
1.7008-1.75570.19371490.16522648X-RAY DIFFRACTION100
1.7557-1.81840.19121430.1622737X-RAY DIFFRACTION100
1.8184-1.89120.1851430.15732697X-RAY DIFFRACTION100
1.8912-1.97730.17051420.15642703X-RAY DIFFRACTION100
1.9773-2.08150.15881230.15482749X-RAY DIFFRACTION100
2.0815-2.21190.18311460.15122734X-RAY DIFFRACTION100
2.2119-2.38270.21411510.15972709X-RAY DIFFRACTION100
2.3827-2.62240.17631310.16252761X-RAY DIFFRACTION100
2.6224-3.00180.16291390.1572719X-RAY DIFFRACTION100
3.0018-3.78160.14231540.14282751X-RAY DIFFRACTION100
3.7816-40.9640.14261390.14622806X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9623-1.3048-0.89423.94090.02152.938-0.00540.09220.24810.31560.1662-0.0982-0.18720.1848-0.14250.139-0.0012-0.04140.1357-0.04640.0789-23.464122.520284.4764
21.0463-0.8644-0.27086.4118-2.36862.59450.03360.01180.09730.02180.11850.1929-0.17470.0235-0.22120.1506-0.0057-0.00380.0861-0.02380.1105-26.54526.801879.7189
32.5023-0.9527-0.17056.4785-2.5545.2860.0299-0.00190.1553-0.07890.0908-0.42560.12860.50590.25990.1176-0.0149-0.0320.2035-0.03860.2267-12.508414.322181.077
41.6085-0.10420.72452.43841.04353.5351-0.0247-0.14760.18410.05950.0641-0.194-0.20980.2853-0.07030.1195-0.0139-0.00230.1314-0.00540.1437-19.003621.445675.0618
51.058-0.2577-0.15892.1160.80392.1603-0.04490.0346-0.088-0.0597-0.12370.3590.0277-0.27860.09490.09390.0117-0.00930.11320.00680.159-30.20019.621566.3593
61.4052-0.1346-0.39492.27590.10621.7429-0.00150.18550.1072-0.0263-0.04380.2226-0.0694-0.24850.03790.07370.0133-0.01680.11760.0060.1034-28.76512.214265.4724
72.3895-0.04320.77822.11540.1952.1855-0.0368-0.0879-0.02440.09660.0135-0.18820.11590.18410.02370.07390.0211-0.00780.08060.00670.0825-16.9164-0.24772.4715
82.89250.23380.93643.5522-1.20236.3719-0.1172-0.0689-0.19860.0958-0.09040.11070.33090.06510.15940.1564-0.00070.05150.04710.00690.1402-24.5538-10.542271.9869
93.7131-1.12660.7125.6518-1.97864.870.05430.21340.0244-0.2641-0.1570.0565-0.05420.08680.07930.12970.01130.00080.0736-0.02680.041-20.1815-2.71157.3697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 537 through 556 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 557 through 584 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 585 through 602 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 603 through 622 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 623 through 666 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 667 through 697 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 698 through 748 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 749 through 780 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 781 through 808 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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