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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5urz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Frizzled 5 CRD in complex with BOG | |||||||||
要素 | Frizzled-5 | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Frizzled 5 (Frizzled) / CRD | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / Spemann organizer formation / cellular response to molecule of bacterial origin / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / chorionic trophoblast cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / glandular epithelial cell maturation / Signaling by RNF43 mutants / post-embryonic camera-type eye development / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 ...regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / Spemann organizer formation / cellular response to molecule of bacterial origin / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / chorionic trophoblast cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / glandular epithelial cell maturation / Signaling by RNF43 mutants / post-embryonic camera-type eye development / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / apoptotic process involved in morphogenesis / anterior/posterior axis specification, embryo / embryonic axis specification / Wnt receptor activity / regulation of mitophagy / non-canonical Wnt signaling pathway / intestinal epithelial cell maturation / Wnt-protein binding / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Class B/2 (Secretin family receptors) / regulation of bicellular tight junction assembly / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / labyrinthine layer blood vessel development / bicellular tight junction / canonical Wnt signaling pathway / synapse assembly / Regulation of FZD by ubiquitination / positive regulation of interleukin-1 beta production / Asymmetric localization of PCP proteins / G protein-coupled receptor activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / neuron differentiation / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / Ca2+ pathway / T cell differentiation in thymus / amyloid-beta binding / early endosome membrane / perikaryon / 血管新生 / negative regulation of cell population proliferation / 神経繊維 / ゴルジ体 / lipid binding / シナプス / ubiquitin protein ligase binding / 樹状突起 / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.202 Å | |||||||||
データ登録者 | Mukund, S. / Nile, A.H. / Stanger, K. / Hannoush, R.N. / Wang, W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Unsaturated fatty acyl recognition by Frizzled receptors mediates dimerization upon Wnt ligand binding. 著者: Nile, A.H. / Mukund, S. / Stanger, K. / Wang, W. / Hannoush, R.N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5urz.cif.gz | 111.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5urz.ent.gz | 88.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5urz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5urz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5urz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16769.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD5, C2orf31 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13467 #2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 糖 | ChemComp-BOG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.5, 22% polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99999 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 20901 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 25.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.202→29.556 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.202→29.556 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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