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- PDB-5ury: Crystal structure of Frizzled 5 CRD in complex with PAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ury
タイトルCrystal structure of Frizzled 5 CRD in complex with PAM
要素Frizzled-5
キーワードSIGNALING PROTEIN / Frizzled 5 / CRD
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / Spemann organizer formation / intestinal epithelial cell maturation / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / chorionic trophoblast cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / glandular epithelial cell maturation / Signaling by RNF43 mutants / post-embryonic camera-type eye development / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 ...regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / Spemann organizer formation / intestinal epithelial cell maturation / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / chorionic trophoblast cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / glandular epithelial cell maturation / Signaling by RNF43 mutants / post-embryonic camera-type eye development / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / anterior/posterior axis specification, embryo / apoptotic process involved in morphogenesis / embryonic axis specification / cellular response to molecule of bacterial origin / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / regulation of mitophagy / Wnt-protein binding / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / eye development / Class B/2 (Secretin family receptors) / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / labyrinthine layer blood vessel development / regulation of bicellular tight junction assembly / bicellular tight junction / canonical Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / synapse assembly / Asymmetric localization of PCP proteins / positive regulation of interleukin-1 beta production / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of type II interferon production / neuron differentiation / positive regulation of tumor necrosis factor production / T cell differentiation in thymus / amyloid-beta binding / Ca2+ pathway / early endosome membrane / angiogenesis / perikaryon / Golgi membrane / axon / negative regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / lipid binding / synapse / dendrite / protein kinase binding / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-5, CRD domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily ...Frizzled-5, CRD domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / Frizzled-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.098 Å
データ登録者Mukund, S. / Nile, A.H. / Stanger, K. / Hannoush, R.N. / Wang, W.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Unsaturated fatty acyl recognition by Frizzled receptors mediates dimerization upon Wnt ligand binding.
著者: Nile, A.H. / Mukund, S. / Stanger, K. / Wang, W. / Hannoush, R.N.
履歴
登録2017年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-5
B: Frizzled-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7075
ポリマ－33,5382
非ポリマー1,1683
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13120 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)123.412, 123.412, 46.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-384-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Frizzled-5 / hFz5 / FzE5


分子量: 16769.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD5, C2orf31 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13467
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 659.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[LFucpa1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-2-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][a-L-Fucp]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C16H30O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.37 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.5, 22% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.098→50 Å / Num. obs: 24306 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Net I/σ(I): 28.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.098→42.986 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2065 1238 5.1 %
Rwork0.1704 --
obs0.1722 24291 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.098→42.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1924 0 80 138 2142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1762809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.407814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006365
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0984-2.18240.27181230.2232544X-RAY DIFFRACTION100
2.1824-2.28170.21951450.1932531X-RAY DIFFRACTION100
2.2817-2.4020.21521540.17712505X-RAY DIFFRACTION100
2.402-2.55250.22691400.18342537X-RAY DIFFRACTION100
2.5525-2.74950.21081480.18772550X-RAY DIFFRACTION100
2.7495-3.02620.23181230.19052551X-RAY DIFFRACTION100
3.0262-3.46390.20881520.17682552X-RAY DIFFRACTION100
3.4639-4.36350.16431330.14362587X-RAY DIFFRACTION100
4.3635-42.99510.21011200.16082696X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28640.277-0.07250.49920.45071.22180.04180.1148-0.1287-0.0797-0.0605-0.01160.2542-0.1938-0.00720.2335-0.0825-0.01220.2935-0.03730.2104-38.376645.2672-7.3434
20.81640.4324-0.02270.6561-0.4380.43320.0109-0.2210.23720.03880.08280.2045-0.0555-0.143-00.1846-0.00340.03240.35020.00250.337-53.440463.512510.7462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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